在飛機上，柯南借用了妃英理的聲音進行推理破了案。
但是這一次破了案的柯南，並沒有像原來一樣，雙手插兜，擺出一副誰也不愛，臉上帶著囂張笑容的姿態。
柯南的臉色反而變得超級超級難看。
柯南不斷的掃視四周，正在頭腦風暴。
「究竟是哪裡不對勁？神谷嗎？他的手裡應該是炸彈，那個新莊功是怪盜基德偽裝的，正在阻止神谷皆月作死，是這個原因嗎？」
柯南立即否定了是神谷皆月的緣故。
「不，不是神谷的原因！是其他人！」
柯南回憶著上了飛機後所發生的一切。
柯南猛的嬌軀一顫。
「糟了！」
柯南焦急的對大家說道：「駕駛室的機長出事了！」
毛利小五郎不滿的斥責道：「小鬼，在飛機上不要開這種惡劣的玩笑！」
柯南急切的解釋道：「我沒有開玩笑！我之前親眼看到，駕駛室的兩位機長對牧樹里小姐做了吻手禮！」
毛利小五郎不耐煩的說道：「吻手禮？吻手禮又怎麼了？在歐洲吻手禮很流行的，是表示對女士們敬意.和感謝.」
說著說著，毛利小五郎也感覺到了不對勁。
吻手禮確實沒有什麼問題。
但是吻手禮的對象可就有大問題了。
皮膚上帶有神經毒素的牧樹里，機長要是對牧樹里做了吻手禮，很有可能將神經毒素，通過口腔進入了體內。
意識到問題所在的毛利小五郎嚴肅的對乘務員說道：「快聯繫機長，詢問他們的身體情況！」
乘務員立馬拿起話筒呼喚駕駛室的兩位機長，但是無論怎麼呼喚，駕駛室都沒有任何反應。
明白出事了的毛利小五郎，當即讓乘務員帶自己去駕駛室。
乘務員打開了駕駛室的門，看到了兩位機長正趴在操作台上。
毛利小五郎立即上前檢查，臉色大變：「沒了呼吸，已經死了！」
柯南緊咬著嘴唇，感到棘手無比。
機長死了，誰來開飛機？
忽然之間。
飛機一陣猛烈的顛簸，高度不斷的下落。
正在激情互動的神谷皆月和怪盜基德差點從座位上摔了下來。
神谷皆月將C4放了回去，和怪盜基德對視了一眼。
怪盜基德凝重道：「看來飛機出事了。」
「誰知道呢，去看看情況就知道了。」
神谷皆月和怪盜基德頂著飛機的顛簸，搖搖晃晃的起身前往駕駛室。
駕駛室內。
柯南朝著毛利小五郎喊道：「小五郎叔叔！快把機長的屍體拉開！」
毛利小五郎立即將趴在操作台的兩個機長屍體拉到了地面。
柯南跳上座椅上，雙手抓住操縱杆。
柯南用盡力氣慢慢的拉起了操作杆，飛機的高度重新攀升，直至重新恢復平衡。
柯南捋了一把額頭上的虛汗，在操作台上尋找著自動駕駛的按鈕。
這時候，一隻手出現，幫助柯南按下了自動駕駛的按鈕。
柯南轉頭一看。
「神谷！基.新莊先生！」
怪盜基德笑眯眯的說道：「看來你已經知道了啊。」
看到怪盜基德和神谷皆月兩個罪犯，作為正義使者的柯南卻感覺到莫名的心安。
毛利小五郎抓狂的用力抓了抓頭髮：「現在駕駛飛機的兩個機長都死了，那這架飛機該怎麼辦啊？！」
怪盜基德帥氣的甩了下額頭上的劉海說道：「既然如此，那就只能靠自己了，我先聯繫塔台問問情況。」
怪盜基德戴上了耳機，聯繫了塔台。
塔台的工作人員詢問道：「請問現在的飛行狀況怎麼樣？新莊先生你會看嗎？」
怪盜基德回答道：「目前高度是一萬兩千尺，速度是280節，自動操縱系統和降落指令都已經輸入了，機翼和起落架的操作我也懂一些，只要在時間上你們指示我就行了。」
塔台的工作人員說道：「目前其他飛機的起降已經完全中止，我們還緊急請了其他副機長到塔台，我們會指示新莊新生進行駕駛的。」
怪盜基德摘下了耳機，對聚集在駕駛室里的人說道：「由於事出突然，機長的位置就由我來坐，至於副機長.」
怪盜基德看向神谷皆月，詢問道：「可以嗎？」
神谷皆月攤了攤手：「我是無所謂，反正現在是自動駕駛，也不需要什麼操作。」
毛利小五郎不可思議道：「神谷老弟，連飛機你都會開？」
「嗯啊，我在夏威夷學的，不過這種客運飛機我倒是第一次開，我比較喜歡開戰鬥機。」回答完後，神谷皆月調侃似的朝著柯南挺了挺眉毛。
「切！」柯南不爽的偏過了腦袋。
「哇！神谷大哥哥要開飛機了嗎？我們也能開嗎？」元太、光彥和步美期待的問道。
神谷皆月二話不說，直接答應道：「行啊，等會兒讓你們感受一下。」
柯南嚴厲的呵斥道：「胡鬧！整個飛機上的所有乘客的性命，都掌握在神谷哥哥和新莊哥哥的手中！這不是在玩遊戲！」
柯南很清楚的明白，如果不阻止元太三人，神谷皆月很有可能真的會讓元太三人去開飛機。
「好啦，還有十五分鐘就降落了，我們就出去等著吧。」
淡定的灰原哀推著元太三人離開了駕駛室。
毛利小五郎拍了拍神谷皆月的肩膀：「神谷老弟，新莊先生，那就交給你們了。」
毛利小五郎一行人離開了駕駛室，並且關上了門。
怪盜基德和神谷皆月同時轉頭向後看去。
只見柯南正靜悄悄的坐在安全員的座位上。
神谷皆月疑惑的問道：「大腦袋，你留在這兒是算監視我們嗎？」
柯南不滿的噘嘴道：「別總叫我大腦袋！」
柯南看向怪盜基德：「我想那個真正的新莊先生，此時應該在函館的別墅吧？」
怪盜基德詫異道：「這你也知道？」
柯南自信的說道：「你上飛機的時候，樹里小姐氣的要命，她大概是為了餘興節目叫真正的新莊先生假扮成你了吧？」
「還真有你的，不過，還有一個人認為怪盜基德不會就此罷手，稍早就往函館出發去抓捕我了，現在他應該正追著那個冒牌基德到處跑吧？」
怪盜基德惡趣味滿滿的笑了笑。
柯南眼角抽了抽，不出意外的話，怪盜基德所說的那個『他』，八九不離十就是中森警官了。