三年後，大興十三年三月，第一次科舉開始進行，王離開始在朝堂進行大改組。
首先，王離恢復之前由於掌權初期而廢除的三省，門下省負責監察百官，下往各地設立監察御史。
尚書省下轄審批、執行兩部分，在門下省和中書省的政令下達後，由門下省初步審批，再由王離確認後明發七部以下的各層官吏。
中書省下轄七部。七部的所有行為由中書省協調控制。
但是，王離又重新設立了國防都督府，將原先七中部的兵部抽調出來，拆分成國防廳、統戰廳、戰略進攻廳。國防廳管轄外部進攻事件，協同統戰廳部署戰略防禦。統戰廳在發生戰爭時統領整個戰局，協同另外兩部攻防結合。戰略進攻廳協同統戰廳進行戰略進攻，反擊敵人。
另外，新設後勤部、練兵部、醫療保障部等部門，協調主要的三廳對全國軍務進行管理協調。
另外，王離將原先的六部改組，原六部加新增的仕部，去掉兵部，形成新的六部：吏、戶、禮、刑、工、仕。
吏部下轄地方官吏與中央官吏，協同戶部掌管官員的俸祿等，同時又管理中書省政令的起草，在起草後交給尚書省。
禮部主要職能不變，對於朝廷的祭祀、禮儀、官員的服飾、臣子對君王的禮節還起監督作用，規範臣子行為。
戶部下轄財政廳、戶籍廳、農牧管理廳、另外管理國庫，在國防都督府發起進攻或自衛反擊戰時，戶部與國防都督府互相協調。戶部還管理全國上下的人口田產、耕地面積、放養牲畜的登記造冊。
刑部下轄緝拿司、審問司、刑司。緝拿司的主要職能就是緝拿犯人，在各地設立官職，建設衙門。審問司主要負責在緝拿司抓捕犯人後審問其罪行，在登記完成後交由刑司議罪。刑司主要是掌管犯人罪名的判定、刑期等，三司互相協調。
工部下轄建設廳、水利工程廳、建築維護工程廳、防禦設施工程廳。建設廳掌管全國上下的建築建造工程。其餘幾個部門都是按照名字分工明確，協調建設廳和戶部建設全國基礎設施。
仕部是朝廷新設立的六部之一，下轄教育廳、教學保障廳、全國學校管理廳、考試廳。全方位管理全國上下的教育教學、學校基礎管理、考試錄取等事務。
如此，中書省的六部管理全國的基礎事務。
尚書省審核批閱並下達政令。
門下省充當皇帝的親信，彈劾監督百官。
國防都督府管理全國的軍事事務，負責朝廷對外的戰略進攻與防禦，國內的叛亂。國防都督府設立國防都督，在王離賜予虎符後，也可以帶兵。第一任國防都督就由張須陀擔任，史萬歲、來護兒等人協助。
就這樣，王離掀起了大興十三年改制。
王離新設置的六部有效的分化了事權，而且可以容納科舉制度下朝廷吸收的海量人才。
只是，在改制如火如荼時，王離又後院起火。