不過一瞬間，基地里警報聲大作，所有的人員都拿出武器圍過來，對準了沈付一行人。
葛城美里更是第一時間衝過來把碇真嗣護在身後，她早在回來後的第一時間就把遇到神秘組織和神秘人物的事情匯報上去，沒有想到對方居然不請自來。
沈付沒有說多餘的話，只是看著被他抱在懷裡的凌波麗，看起來非常的虛弱，甚至非常的痛苦，但是透過那宛如沒有感情的雙眼，他看見了一股強大到讓人心顫的力量第二使徒莉莉絲的靈魂麼。
「你們，就是葛城二佐遇見過的魔法使？」
碇源堂一直面無表情的面孔第一次有了變化，伸出手指抬了抬自己的眼鏡，在這種時候忽然出現這樣一個聞所未聞的神秘勢力，可不是什麼好消息。
沈付沒有回話，只是把懷中的凌波麗小心翼翼的遞給站在一旁的艾米莉婭，然後所有人都看見那位銀髮少女的手掌心亮起柔和的光芒，凌波麗的痛苦表情肉眼可見的變得輕鬆。
「那麼，你就是這裡的負責人？」
沈付無視了所有指著自己等人的武器，而是四下看了看這裡的場景，最後停留在面前的巨大兵器身上，雙眼開始綻放著藍色的光芒並在眼瞳外圍處緩緩浮現出精緻而又玄奧的圖案。
「禁忌的人體煉成，盲目觸碰無法控制的存在，還有虐待兒童，這三件事中的每一件，都足以讓你們被囚禁在凍土極地的魔法塔上服苦役終生。」
碇源堂的心中微微一顫，當然不是因為沈付的威脅，而是他前面的兩句話，這麼短的時間裡，就已經發現了凌波麗的身份和EVA的內在嗎？劇本之外的存在為什麼此前從未聽過這樣的一個組織。
不過，現在卻不是思考這些的時候，他微微昂了昂下巴，「如果你們不是敵人，就把麗還回來，如果是敵人」
後面的話沒有說完，但是四周已經連續不斷傳來子彈上膛的聲音，威脅的意義不言而喻。
沈付嘴角勾起，似乎是露出不屑的表情，身形一瞬，霎那間直接懸浮在與碇源堂同一高度的地方，依舊綻放著光芒的雙瞳注視著他，來自精神的龐大壓力甚至讓碇源堂忍不住移開視線，不敢與對方直視。
而在下方，碧翠絲只是冷哼一聲，所有人都感覺到一股大力傳來，控制不住的讓武器從自己手上飛出，匯聚在那個小女孩面前乒桌球乓的掉落一地，就在這時，整個基地再次因為外面的進攻而震動，沈付不由抬起頭望了望上方，看起來情況不太妙，那個使徒明顯已經發現了這裡。
「現在，這裡我說了算。」
他的聲音清晰無比的傳遞到所有人的耳中，甚至嗡嗡作響，隨機直接瞬移到下方。
「貝蒂，試試能不能控制這個大傢伙，我能夠感受到，裡面應該有一個靈魂，一個人類的靈魂。」
涉及到了靈魂方面，沒有誰比身為神靈的碧翠絲更強悍了，而且沈付在剛剛的確從這台初號機中感受到了一個靈魂的存在，根據動畫中的信息來看，那應該是碇真嗣的母親。
不過這句話再次讓碇源堂心中一顫，他沉默了一會兒，開口道，「所有人，服從他們的命令，改變初號機核心組模，重新啟動。」
「了解，當前作業中斷，開始重新啟動。」
「改為測試模式成功。」
「啟動初始化命令。」
「」
整個基地內部再一次運轉起來，所有人開始來回奔波，沈付倒是有些稍稍意外的回過頭看了碇源堂一眼，不過現在的確沒有多少時間了，直接彎下腰把碧翠絲抱起來。
「艾米莉婭，你和萊茵哈魯特留在這裡，看住他們，艾斯德斯，你陪我上去負責支援。」如果能夠成功啟動初號機的話，擊敗這樣一個使徒非常輕鬆，也沒有必要把所有人都留下來，艾米莉婭畢竟是看過原著的，她和萊茵哈魯特配合也不怕下邊會出什麼亂子。
見艾米莉婭點點頭後，沈付就抱著碧翠絲直接進入初號機的駕駛艙，艾米莉婭也抱著凌波麗和萊茵哈魯特一起飛上碇源堂所在的控制台，很顯然，要控制住這裡只要控制住碇源堂就行了。
「第三次冷卻結束。」
「慣性輪停止旋轉，解除連接。」
「輔助電壓沒有問題。」
「了解，駕駛艙插入。」
EVA的駕駛艙是呈棍棒狀，整個插入後頸處的艙口位置，而現在原本只供一人駕駛的位置卻坐上了沈付和碧翠絲兩個人，理論上來說完全不符合啟動要求。
「駕駛艙固定，第一次接觸開啟。」
「駕駛艙，注水等等，失去信號源，失去信號源！」
正準備往駕駛艙內注入連接駕駛員的神經與EVA的LCL液體時，忽然警報聲大作，外部系統直接失去對EVA的控制信號。
「沒有關係，跳過後面的步驟，直接連接電源，解除鎖定栓。」
這個時候，沈付的聲音忽然出現在外面，所有人驚異的發現，在還沒有連接神經的情況下，甚至沒有進行神經連結與諧波同步的情況下，整個初號機的手指和脖子已經開始動彈。
EVA初號機的內部其實就是第二使徒莉莉絲的軀體，外部由人造裝甲進行束縛，比較落後的一點是因為沒有可供其長時間使用的清潔能源，戰鬥的時候外部需要接一根長長的電纜，一旦外部電源被切斷，內部電源只能夠供其使用五分鐘。
「電源已連接，一切一切正常。」
「第一鎖定栓解除。」
「母橋開始移動。」
「第二鎖定栓解除。」
「」
等所有束縛在機體外圍的固定栓全部解除後，整台巨大的機體開始如同正常人一樣抬起雙手，甚至小幅度的走動，但內部的實際情況，卻是碧翠絲已經撐起了自己神之領域，將整個駕駛艙包裹其中，小範圍的扭曲現實，使初號機中的碇真嗣母親靈魂誤以為是碇真嗣在駕駛，而實現控制效果。