團藏交出了根部，但是並非心甘情願，團藏總覺得自己會比別人做得好。
「謝了！團藏。」青雲其實也不想幹掉團藏，自己剛成為火影，就弄死之前得木葉高層，說不過去，能不動手就擁有了根部得力量，青雲自然是很高興。
隨後團藏直接召集了根部的所有忍者，隨後對他們說道：「根部是木葉的根部，而火影是青雲，你們從今以後要聽從火影的命令。」
「對了，團藏，他們應該有什麼咒印吧？可以麻煩您解除一下嗎？」青雲問道。
「知道了。」團藏隨後說道：「解！」
一個個根部成員也終於恢復了自由身。
隨後青雲揮了揮手，帶領根部回到了天台上。
在天台上，青雲將根部打散，讓部分根部成員加入了暗部，又讓部分暗部成員加入了根部，有的還成了上忍，最終，青雲選出了一些不錯的人，單獨成立了一個部門——影部。
至此，根部被解散，而影部則成為了新得部門。
影部直接聽命於青雲，暗部也是，青雲任命止水為暗部的隊長，任命水門為影部的隊長，這樣一來，整個木葉的忍者力量全部都在青雲的手裡了。
木葉的高層統稱為行政部，行政部的老大自然就是青雲，另外還有三個顧問，分別是轉寢小春、水戶門炎、猿飛日斬。
日斬老當益壯，身為前代，為了幫襯青雲，成為了顧問團中的一員，至於團藏，青雲沒打算給他任何的權力，老老實實告老還鄉已經是很好的結局了。
接下來就是暗部、影部、情報部，情報部門又分為了拷問班、審訊班、暗號班，青雲基本上維持原有的不變。
山中一族天生精神力很強大，適合入侵別人的大腦，青雲便提拔他們讓他們進了情報部以及結界部，奈良一族智商都很高，也很適合情報部門。
剩下的還有醫療部、結界部、警務部、教育部。
青雲說服了綱手，讓她留在了醫療部，成為了醫療部的負責人，綱手身為聞名忍界的醫療忍者在未來一定會幫到木葉。
當然前提是青雲幫助綱手還完了賭債。
結界部的負責是山中亥一，負責木葉村的防禦，張開結界有敵人入侵的話就能隨時感覺到。
警務部自然是由宇智波一族負責，不過因為之前的改革，警務部門不僅僅是宇智波一族了，其他的比如犬冢、秋道其他的族群也加入了警務部，宇智波當然也可以進入其他的部門，享有所有其他族群的權力，青雲的木葉對所有的族群都是平等的。
青雲也並不害怕宇智波一族暴動，族長宇智波富岳和青雲的關係也是好到了極點，村子的治安也是一天比一天好。
教育部負責人是一角老師，青雲第一天當火影就批了一些項目，青雲決定擴建忍者學校，以後招生的數量也會更多，青雲還鼓勵平民多生育，成為忍者還會有一些福利。
青雲另外還成立了一個部門，名為科學技術部，這個部門主要是研究科學忍具，以及一些技術的開發，招攬科學家進行創新。
另外為了避免創先的途中失去傳統，青雲又成立了忍術研究部，這個部門的長官青雲想要交給大蛇丸做。
青雲知道現在的大蛇丸應該是心灰意冷，沒有成為火影，很失落，隨時都可能黑化，不過目前的大蛇丸還沒有離開木葉村。
「去找找他吧，這裡暫時交給你。」青雲將事情暫時交給了鹿久水門止水，自己一個人前去找大蛇丸了。
青雲開啟了感知，就發現了大蛇丸的身影，隨後青雲便直接瞬移了過去。
「火影大人，找我有什麼事情？」大蛇丸看到青雲之後並不驚訝，直接問道。
「對了，之前的事情你考慮得怎麼樣了？」青雲問道。
「你現在是火影了，想要柱間得細胞還不容易嗎？團藏已經被你收了權力，我想做什麼也沒有辦法做什麼了，你想去龍地洞，我隨時可以讓你去。」大蛇丸說道。
青雲說道：「我哪有時間搞柱間得細胞，倒是你，禁術研究得怎麼樣？應該沒在搞人體實驗了吧？」
「沒有。」大蛇丸搖了搖頭。
「四代目，找我到底有什麼事情？說吧。」大蛇丸知道青雲還有別的事情，因此直接的問道。
「我成立了一個部門，這個部門有一定的自由，可以讓你研究禁術。」青雲說道。
「研究禁術？可沒有人體做實驗，進度會很慢，你該不會是打算提供活人吧？這可不是火影所為。」大蛇丸立刻說道。
「當然，活人的實驗是不行的，但是無論是科技還是忍術都需要不斷地發展，我希望能夠幫到你，也希望你能幫到木葉，你不是想要長生不老嗎？你研究就可以了，有什麼需要找我提，我儘可能的滿足你，你以後也不需要偷偷摸摸的研究了。」青雲自然是要留住大蛇丸的。
大蛇丸具有卓越的天賦，忍術開發和科學研究都很強，為了木葉的強大留下大蛇丸是必須的。
「你是認真的麼？三代目可不會支持這樣。」大蛇丸知道三代目比較傳統，絕對不會支持青雲這樣做。
「現在的火影是我，我相信你，就行了。」青雲拍了拍大蛇丸隨後道：「好好做，我這裡也有我的一些長生不老的方法，希望能夠幫助你研究術。」
「什麼！？」大蛇丸自然是對長生不老有很強的執念，大蛇丸經歷了兩場大戰，見到過太多生命的消逝，因此覺得生命是短暫的，只有長生不老掌握了所有的忍術，才能成為真正完美的存在。
雖然一直在做著禁術的研究，但是大蛇丸並沒有任何的收穫，不過青雲的一番話卻讓大蛇丸很是感興趣。
「科學技術部、忍術研究部這兩個部門，你暫時來做？我們一起加油？不計前嫌？怎麼樣？」青雲伸出了手。
「真是無聊。」大蛇丸並沒有和青雲握手言和，但是大蛇丸隨後說道：「我只是對你說的長生不老感興趣才幫忙的，知道了嗎？」
青雲一聽也是笑了，大蛇丸這邊就搞定了。