馬仲英在崇明島考察水師、安排下一步戰略方向的同時，楚軍控制區域內的廣西、廣東、福建、浙江、江西、湖廣和蘇松等地的舉人也陸續趕到了南都，準備參加大明光復後舉行的第一次科舉考試。
此次參加科考的舉人約有二千六百餘人，其中廣東、福建、浙江和蘇松等戰事不嚴重的省份有一千八百餘人，而飽受戰火摧殘的廣西和江西二省只有八百餘人，原本號稱「惟楚有才」的湖廣因為剛剛光復不久，只有長沙和衡陽等府有六十餘人參加。
這些參考的舉人中，只有一千人左右是此次各省鄉試考中功名的舉人，其餘的人都是清廷時期的老舉人，當然考中舉人的學子也不止這些，比如說，瓊州學堂就有三百餘人中舉，但其中有兩百三十人是通過內部關係中的舉，按馬仲英的意思這裡面大多數人都將留在廣西地方任職，來南都參加科考的瓊州舉子只有二十一人。
不過這也只局限於廣西一省之地，其餘各省也都是因為剛剛光復不久，地方上的士子還存了觀望的心思，並沒有參加各省鄉試，這也是文風鼎盛的江南只有一千多人中舉的原因。
此次恩科的考試內容，中書省已經擬定完畢，按太祖舊制，這次科舉考試共考三場，第一場考《四書》疑問，《四書》、《五經》本經義各一道（本經是指從五經中的《詩經》、《禮記》、《尚書》和《易經》、《春秋》這五項經義選一門專修）；第二場考試，禮樂論一道，並作詔、誥、表、箋這些公文；第三場試經史時務策一道。等中試十日後，所有考生還需複試五事，分別為騎、射、書、算、律等五項，最後的殿試則考時務策論一道。
為了此次恩科，中書省右丞相金光祖特意跑了一趟崇明，他過來的目的就是想在考題上與馬仲英和牛天宿進行最後一次磋商。
「殿下，禮部擬定的經義考題是：內諸夏而外夷狄，臣以為很符合我大明當前面臨的形勢，殿下要是認為合適，臣就批條子，就按此考題出卷了，至於五經考題，禮部侍郎錢孺怡和刑部侍郎唐甄二人各執一詞，錢孺怡說用內王外聖，唐甄卻說當用內聖外王，臣以為唐侍郎所言甚有道理，不過錢孺怡代表的是江南士紳，故臣難以斷決，還請殿下定奪。」
顯然，主持科考事宜的金光祖對大明重立以來第一次科考還是很上心的，所出的試題也非常符合當前的形勢。
偽清入關四十餘年，其殖民統治不說深入人心，但在新一代的百姓心中，已經是天下正統，這也是很多漢官寧死也不肯剃辮蓄辮，重投大明懷抱的原因，而新立大明朝的第一屆科舉，便是以改變人心為第一要務。
「內諸夏外夷狄！」這一句是出自西晉江充的《徙戎論》，其含義就是漢人要謹辨華夷之防，大明第一次科考，就拿這話作為科考第一場的考題，其目的不言而喻，就是告訴天下的讀書人，滿清朝廷其實是蠻夷所立，他們和漢人以及生活在華夏大地上的各族人民在本質上是對立的，華夏民族應該對他們充滿蔑視，而不是接受他們的殖民統治。
第二場科考的試題就值得商榷了內王外聖和內聖外王，聽起來只是調換了兩個字，其含義卻是大相逕庭。
「內聖外王」出自戰國時期莊子所著《莊子·天下篇》。莊子曾說：」天下之治方術者多矣，皆以其有為不可加矣。！……古之所謂道術者，果惡乎在？其意思就是對內行聖道，要讓天下百姓享受到朝廷優厚的福利，對外則行王道，凡是敢於侵犯大明者，或者有敢於傷及大明百姓之蠻夷，則必舉中原之眾伐之。
刑部侍郎唐甄一力堅持要用內聖外王為考題的原因是，他認為崇禎朝之所以滅亡，完全是沒有體恤百姓，拼命地加餉，而地方官員又拼命地壓榨普通百姓，因而四海之內，日益困窮，以至於國內出現了農空、工空、市空、仕空的現象。
他在《潛書》中所言：「當今之世，無人不窮，非窮於財，窮於銀也，國家財政枯竭，財帛盡落貪官之手。」這才是崇禎朝流民四起的原因，因此，新立的大明朝要想長治久安，就必須把民生問題放在第一位，此為內聖。
外王則是把東虜入寇的原因一直追朔到永樂朝，正是永樂帝安置了從通古斯跑到遼東的野人，並讓他們在建州繁衍生息，對他們大行聖道，可是夷狄就是夷狄，他們的欲望是無法滿足的，果不其然，東虜果然趁大明內憂之患時，作亂遼東，甚至攻入中原，大行屠城滅族之事，其意思就是夷狄都是養不熟的白眼狼，只有對他們保持足夠的軍事壓力，才能使他們敬畏。
而錢孺怡等東南士紳，他們的意思卻恰恰相反，他們認為，崇禎帝就是因為對李自成和張獻忠等流寇，行剿撫並用之策，那些協從的賊寇，甚至直接放人，這才是崇禎朝滅亡的根源，所以對國內敢於反抗的勢力，都應該斬草除根，要行王道讓他們恐懼。
至於外族夷狄，那就必須以恩義拉攏他們，為此，錢孺子還拿出了大明和朝鮮、蒙古的桉例作為反駁唐甄的依據，說只要對這些外藩刻意拉攏，他們就不會鬧出什麼么蛾子，就是當初的東虜，在薩爾滸之後，也是屢屢求和，只要求和大明互市，就願意繼續臣服大明，若不是萬曆帝和天啟帝一意孤行，說不定東虜早就彷蒙古例，再度向大明稱臣了，又豈會有甲申胡亂的事情發生。
「這幫迂腐書生，孤看他們還沒被偽清清欠的夠，內王外聖，虧他們說的出口，李自成、張獻忠剿之不盡，殺之不絕的原因還不是各地官員橫徵暴斂，以至於北中國的百姓無衣食可養，便是孤生在崇禎朝，恐怕也要造大明朝的反，你回去後，就按內聖外王來出題，至於殿試策論，孤來親自考，孤還就不信了，兩千六百個舉子，還尋不到幾個有真才實學的。」
錢孺怡和王可夫等江南士紳的看法，馬仲英氣的牙直痒痒，若不是看在這幫人都向金光祖（其實是他自己）上供了十幾、幾十萬兩的白銀的份上，馬仲英甚至想把這些人都趕回老家去。
不過，好在參與出題的官員現在都進了貢院，這種言論也不虞會流傳出去，再加上，馬仲英現在還需要這幫文人當牌面，因此最終還是忍了下來。
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