經點算，李部現有官兵4652人，家口4782人，馬350匹，象3隻，銃1200餘杆，虎蹲炮、大杆子銃各百杆，隨行官員126人。 另有少量被稱為兵的土司兵，人數大概在八百人左右。
因李部官兵長年在邊外得不到糧食補充，所以大多營養不良，並且缺少武器，短期之內難以迅速恢復往昔戰鬥力，投入對清戰事。故邵九公和李定國商量之後，將李部官兵分批遷往昆明安置，休整半年並補充之後，再行調用。
鎮江已將對李定國部的整編計劃快馬送至，按這份計劃，李定國和白文選所部將連同雲南吳軍被整編成三個鎮，一個甲級鎮，一個乙級鎮、一個丙級鎮，歸屬第三戰區統一指揮。
整編後剩下的老弱病殘一律就地裁撤，給予遣散費，安置在雲南各地，由各地官府重新上冊，發予田地，組織互助開墾，使他們能夠自食其力。李部隨軍家口也都安置在昆明。
三鎮兵分別由總兵吳三省、提督張大元、原孫可望駕前軍總兵、後在柳州大戰歸降太平軍的周國定統領。
李定國在了解了太平軍甲、乙、丙三鎮編制區別後，對這個整編方案沒有意見，反而很是高興。因為他的部下是被整編成甲級鎮，這意味著周士相對他麾下將士的戰鬥力是認可的，對他李定國也是真的極其信任的，不然，也不會將他的部下整編為太平軍的第九個甲級鎮。
經歷了孫可望降清、西南淪陷、邊外流落、屢次救駕卻被視為逆臣，一腔忠心換來的只是不斷的背叛之後，李定國現在真是看透了。從前，他一心扶保朱明，驅逐滿州，恢復中華。現在，他只想讓手下這些追隨了自己十多年的老弟兄這輩子還能返回他們的故鄉陝西，至於天子是何人來做，他倒是不再看重了。
早些年和孫可望爭權奪利的心思，李定國已然不存，甚至於他隱隱有些後悔當年不應該被朱由榔拉攏，背叛義兄孫可望，導致大西軍的基業全盤葬送。
朱由榔是怎麼死的，李定國根本不關心，對於這個懦弱無能的皇帝，他真的是寒透了心。他現在只希望周士相能夠諾言，讓他李定國能在戰場上再次和滿清對決，替死難的千千萬萬同胞復仇。
這種心態下，李定國自然不可能對部隊整編和各級將領安排有什麼不滿和異議，哪怕他看出這個這個安排有些防範他的意思，他也視若不見。倒是白文選眉頭皺了皺，心裡有些不痛快。
白文選不痛快的原因是因為張大元曾是洪承疇手下的鷹犬，提督雲南時沒少讓邊外明軍吃苦頭，所以張大元和他的部下是有血仇的。可現在此人卻搖身一變成了太平軍的鎮將，這難免讓他心裡有芥蒂。可想若非張大元除掉林天擎，雲南也不會這麼快易幟反正。便是再晚一些，木棉州城外都不知伏屍多少了，他和晉王也不定能活下來。
這麼想著，白文選對張大元的恨意就淡了些，可對周國定，卻是仍放不下恨意。這人，在他看來，就是一卑鄙無恥的小人，卻不知怎的走了這等狗屎運，成了太平軍的鎮將。
周國定知道自己被任命為雲南暫編鎮的鎮將後，心裡也是一咯噔。他擔心白文選會找自己麻煩，因為他當初曾隨白文選背叛孫可望投靠李定國，可在清軍入滇後，他卻立即倒戈降清，並參與了對白文選的圍攻，害得白文選倉惶南逃，連鞏昌王的金印都叫清軍繳獲了去。
這一仗，也是白文選平生所打的最狼狽，損失最慘重的一仗，他的妻子和兩個兒子就是在此戰被清軍所殺。
有這深仇大恨在，白文選對周國定這個叛徒咬牙切齒，周國定也肯定白文選恨自己入骨，所以他不想去雲南當這個鎮將，更不想和白文選碰面。對方雖說是郡王，可自己現在在太平軍中也是旅校，只要躲著他，白文選難不成還敢到他的軍營來找他不成！
周國定打定主意不去，請戰區重新任命人選，可戰區都督邵九公卻不理睬他，對他言明，除非他現在咽氣，要不然這個鎮將他不當也得當。
沒有辦法，周國定總不能真箇就把自己脖子抹了吧，於是只好在同是駕前軍出身的同僚陸三香等人「你多加保重」的眼神下，硬著頭皮去雲南上任。
走到半路，周國定卻一下精神振發，因為他想到白文選雖是個郡王，可落難的鳳凰不如雞，他若真敢找自己這個鎮將麻煩，大不了和他硬頂就是，想來白文選也不敢真的得罪太平軍。自己先前想的，完全就是自己嚇唬自己，他白文選剛從邊外被救回來，就敢對他這打進西南的太平軍有功將領下手？他真敢如此，那就是叛亂，自己大可領兵直接幹掉他。
念頭豁達之後的周國定，當真是有了萬般膽氣，這膽氣就是他身後站著的太平軍，是他的身份。他不相信白文選吃了熊心豹子膽敢動他這個太平軍的鎮將。
同時，周國定也在猜測，戰區都督讓自己這麼一個和李定國、白文選都不對付的人去雲南當鎮將，是不是也有監視李白舊部的意思？
這個念頭一出來，周國定越想越對，因為另一個鎮將張大元並非大西軍出身，和李、白二人走不到一起去，甚至和李、白二人還有仇恨。因此張大元和自己一樣，只有緊抱太平軍大腿這一條路可以走，絕不會倒向李、白。
雲南三鎮兵，現在就吳三省那個鎮是李、白舊部改編，另外兩個則是徹底投了太平軍，所以李、白想在雲南做什麼，只怕根本不可能了。
至少，周國定是這樣看的
周國定走後，邵九公搖了搖頭，他現在除了頭疼如何整編雲南吳軍和李定國部外，還得頭疼如何當好這個歸晉王節制的第三戰區都督。
邵九公這第三戰區都督真的不好當。
周士相善待李定國，希望李定國日後能在伐清戰事再次展現他李晉王的威風，因此沒有就此徹底削弱李定國，將他召至南都做個閒散王爺，而是明確交待第三戰區，除了接受大都督府的命令部署和將領職務任免外，實際戰鬥指揮由李定國負責。
有這道命令在，邵九公自然不敢違令，所以他請李定國和白文選到貴陽，為半年後的出川入陝之戰做準備。屆時，李定國將以親王之尊指揮第三戰區打進西北。
對李定國，邵九公雖是滿清綠營出身，但也是十分尊崇的，也願意接受李定國的指揮。可有些事情，他卻不能不提前考慮。大帥是敬重李定國，一點也不提防他，但第三戰區是太平軍的五大戰區之一，所轄新五軍也是太平軍的五大主力之一，其餘乙級鎮、丙級鎮多達12個。加上現在雲南整編的三鎮，整個第三戰區所轄的甲級鎮就有3個，乙級鎮4個，丙級鎮8個，總兵力達到了15萬多人。
如此龐大的兵力，是其餘四家戰區任何一家都趕不上的，雖然真實戰鬥力可能排不到前列，但畢竟實打實的兵馬在這裡。並且第三戰區也是地盤最大的一個戰區，負責廣東、廣西、雲南、貴州、四川（川東南）五省，並且承擔攻略陝甘的重任。
這麼一個大戰區，便是周士相真的完全放心交給李定國，邵九公和第五戰區的太平軍將領們也不敢真的就這樣做。
人無傷虎意，虎有害人心。
邵九公從最壞的角度考慮，如今李定國和白文選從邊外帶回的殘兵只有四五千人，故而他們沒有野心，也沒有這個實力去支撐這個野心。可真要全盤接手了第三戰區，面對五省地盤和十多萬兵馬，昔日那位假黃鉞、代天子出征的李晉王就真的無動於衷，徹底放棄權力了嗎？他願意，白文選又是否願意，那幫從邊外回來的明軍將領們又是否願意？
第三戰區如果生變，對整個抗清大業都是沉重打擊。邵九公不願看到那樣的事情發生，不願看到自家大帥有朝一日會和李定國兵戎相見，因此他做了這個「小人」。
任命張大元和周國定為雲南新編三鎮的鎮將，是邵九公防範的一個手段。同時設在貴陽的第五戰區都督府也加緊了對原吳三桂軍、降清大西軍的整編，一些被邵九公認為不可信的吳軍將領被他不動聲色的從軍中調開，或「保舉」到朝廷，或和其它戰區對調，以最大程度避免第三戰區內部因為李定國的歸來產生內部分裂的苗子
離開木棉之前，李定國派人攜帶大量藥材前往孟馬、孟養等地，盡力救治染疫士卒，並收攏流散在緬甸密林中的散兵。為了不讓一個士兵流落邊外，李定國特意讓勒統武在打洛和木棉設立兩處收容站，準備足夠的食物和藥材，保證每一個被找到的士兵都能活著踏入故國土地。
晉王李定國歸國的消息很快從雲南傳向四面八方，建昌的慶陽王馮雙禮、延安王世子艾承業第一時間派人前來雲南，表達他們對晉王歸國的喜悅心情。
夔東督師文安之在知道晉王歸國後，也立即派次子文協吉從夔東趕至貴陽，欲請晉王能夠至夔東坐鎮。這讓剛到貴陽的李定國感到十分為難。