郭之奇回京之後，周士相原想渡江到揚州去視察江北方面收容流民的情況，不過卻接到了廣東巡撫廖瑞祥請辭廣東巡撫的奏疏。
周士相甚是擔心，以為廖瑞祥染病，不能任事，這才請辭，因此想著是不是將廖瑞祥接到江南來養病，他記得這位當初因為「反詩」下獄待斬的老人家鄉就是浙江紹興。
去年宋襄公就曾得過急病，著實讓周士相擔心了一陣。現在廖瑞祥再生病，亦讓他焦慮不安。
周士相是念舊之人，宋襄公和廖瑞祥是他起兵之後一直依重的兩位文人，現在一為兩廣總督，一為廣東巡撫，替他打理著廣東這個大後方，任勞任怨，不可謂不盡心。不管二人中的哪一個出了事，周士相都心中難安。
可是打開廖瑞祥的奏疏後，周士相卻愣了一下，旋即很是訝然。因為廖瑞祥請辭廣東巡撫，並非身體原因，而是他坦承自己追隨周士相數年，已然厭倦每日置身於大量政務之中，故而不想再當官，而是想做學問。
廖瑞祥所言的做學問，乃是提出由他組織人手重修《元史》。
這還真是一門大學問。
不過周士相有點丈二和尚摸不著頭腦，因為《元史》早在明初就已編修完成，何必重修？這不是吃飽了撐的麼？而且修史可不是什麼清閒事，實是一件浩大無比的工程，廖瑞祥放著好好的巡撫不做，卻要以年邁之身投入這項大工程中，實在是叫人難以理解。相較修史，巡撫要處理的政務，那恐怕是輕鬆的不能再輕鬆了。
周士相困惑無比，但當他仔細看過廖瑞祥的奏疏後，眉頭卻深深的皺了起來。
許久，他放下廖的奏疏，但腦海中思考的仍是這份奏疏所提到的大問題，一個大明開國之初就被刻意淡忘或者說忽視的大問題蒙元非中國，焉能為其修正史，視為中國正統王朝。
廖瑞祥認為當年太祖洪武皇帝起兵之時乃是以「驅逐韃虜、恢復中華」為口號，將蒙元視為胡虜，檄文有言天道好還，中國有必伸之理。那麼建立在「驅逐韃虜」基礎上的大明朝便是繼承宋王朝的正統地位，而蒙元乃是外來政權，根本不能視為中國傳統王朝，因此明初所修《元史》存在重大失誤，必須重修，將元朝視為遼、金、西夏等異族政權，而非大一統的中國傳統王朝。
為了佐證自己的觀點，廖瑞祥拿如今已是太平軍軍歌的《紅巾軍歌》舉例，歌中直言「手持鋼刀九十九，殺盡胡兒方罷手」，而明軍是紅巾軍的組成和繼承者，那麼顯然，在明軍眼中的蒙古人乃是胡兒，一個胡兒創立的王朝，卻被推翻他們的漢人王朝視為正統，並且還修史祭祀他們的帝王，這不是滑天下之大稽麼！
廖瑞祥認為這絕非太祖皇帝本意，因為太祖皇帝在賜高麗國書中直言「元非我類，入主中國百有餘年，天厭其昏淫，亦用殞絕其命。華夏潑亂十有八年，當群雄初起時，朕為淮右布衣，暴兵忽起北逐胡君，肅清華夏，復我中國之舊疆。」
又在賜日本國書中言：「上帝好生，惡不仁者。向我中國自趙宋失馭，北夷入而據之，播胡俗以腥膻，中土華風不竟。凡百有年，孰不與憤?」?
賜占城國書言：「曩者我中國為胡人竊據百年，遂使夷狄布滿四方，廢我中國之彝倫。」
賜爪哇國書言：「中國正統，胡人竊據百有餘年，綱常既隳，冠履倒置，朕是以起兵討之。」
洪武年間頒行天下的振興文教詔書更是言稱：「自胡元入主中國，夷狄腥膻，污染華夏，學校廢馳，人紀蕩然。加以兵亂以來，人習鬥爭，鮮知禮義。」?
在明軍大舉北伐時，太祖皇帝又在《諭中原檄》中稱「自古帝王臨御天下，皆中國居內以制夷狄，夷狄居外以奉中國，未聞以夷狄居中國而制天下也。」
廖列舉了很多洪武年間的詔書，向周士相證明太祖皇帝一直是將蒙元視為胡人，夷狄的。但為什麼明初還要修元史，承認元朝為中國正統王朝，祭祀從伏羲到忽必烈的16個中國帝王，又祭祀包括木華黎、博爾忽、博爾朮、赤佬溫等蒙古將領。
這個問題周士相也奇怪，堂堂正正推翻韃虜、恢復中華的大明朝，為何在立國之後反而會承認他們推翻的對象，將明興元亡視為正常的改朝換代，而不是一開始的種族反抗。
兩者結果是一樣，但本質卻完全不同，改朝換代相較漢民族因為百年壓迫而奮起反抗，性質上可是天地之別，是嚴重淡化了漢族所受的苦難，是美化異族侵略者。
廖瑞祥對此的理解，是文人的錯，儒教思想的錯。在他看來，主修《元史》的那幫文官，骨子裡和奮起反抗的明軍將領不一樣，他們對蒙元是親近的。在明朝討伐元軍的過程中，有大量漢人只尊元朝為正統，拒不承認明朝合法性。
如元朝戶部尚書張昶，被太祖皇帝軟禁之後就接受了明朝官職，可此人卻身在曹營心在漢，一直與元朝暗中勾結，後來事情敗露，太祖皇帝派人審問，張昶竟然不慌不忙的寫了八個大字：「身在江南，心思塞北」。
又如被朱元璋稱為「奇男子」的蒙元大將王保保，他帳下也有個名叫蔡子英的漢族官僚，此人對元朝忠心耿耿。蔡子英被明軍抓獲，然而卻誓死不降明朝，也不向朱元璋下跪，反而日夜大哭，思念元朝舊主。
便是如李善長、劉基、宋濂等開國文臣，對蒙元也都是持肯定而非否定。整個朝廷的文臣集團都是這個態度，太祖皇帝又能如何。只有承認了元朝的正統地位，明初那一大批曾經出仕元朝的官員才能洗清從前污點，極度阿諛蒙元的儒家才能繼續在明朝售賣他們的思想，繼續過著人上人的好日子。
廖瑞祥認為蒙元對漢人百姓極其殘忍，但對漢人的讀書人卻極其優容寬待，這也是導致為何元末有那麼多漢人讀書人誓死為元朝效力的原因。這一點，和滿清入關之初極其相象，正因為清軍入關之初全盤收納明朝的官員，承認明朝的士紳地位，這才迅速占領大半個中國。甚至於，順治五年以後對南方明軍的征討，完全是由這些投降的漢族士紳在主持。
所以，廖瑞祥在痛定思痛之後，深刻意識到甲申之後為何天下迅速淪陷於滿州異族之手，完全是因為元初對蒙元的不正確認識導致。
如果明初堅定的對蒙元清算，就絕不會有今日之局面。承認元朝，就是承認異族對中國有合法占領，就是承認那些為蒙元效力的漢族官僚不是漢奸，同時也是承認明興元亡是正常的改朝換代。那麼，儒家思想薰陶的漢族讀書人就可以心安理得的再次接受另一個異族入侵，從而在心理上得到安定，理直氣壯的做漢奸。
國可亡，教不可亡，便是儒教兩千年來立身之基，立身之論。
廖瑞祥奏疏上說了很多，周士相從中看到了對於儒家思想的批判，雖然廖並沒有完全提出民族主義這一概念，但顯然，他已經摸到了門檻，但離內在還有很大差距，畢竟，廖仍是這個時代的傳統文人，並非如同周士相一般接受了民族國家觀點的後世人。
但廖瑞祥做為這個時代的傳統文人，能夠看到這一點，已然是極其難得。有明一代，可從來沒有一個人敢於置疑《元史》的正統性，敢於否定蒙元。從這方面來說，廖是第一人。
時代塑造一個人，也塑造人的思想。周士相相信，廖瑞祥敢於提出蒙元非中國論，要求重修《元史》，完全是甲申以來中國之亂對他的影響。
為什麼會出現今天的局面，為什麼那些士紳蜂湧降清，爭先剃髮？原因還不是因為明朝承認了元朝，所以清朝這個異族同樣也可以是正統王朝。
不過廖的觀點有著很大的時代局限性，諸如將明初修元史，承認元朝為中國正統王朝完全歸咎於那些親近蒙元，或在蒙元治下享受好處的文官們，而不是太祖皇帝。
如果朱元璋不答應，憑開國之君和他那雷厲風行的手段，周士相不以為宋濂等主修《元史》的官員敢承認元朝，這件事，歸根結底還是權謀手段的體現，或者說是儒家思想的一種體現。
這種儒家思想就是典型的駝鳥思想，沒有辦法反抗，就把頭埋起來，裝作什麼都沒有聽到，沒有看到。只要這個外來者承認儒教，繼續尊孔，那萬千儒教的讀書人就當它是自己人。
等到了滿清入關，這個思想便再次有了用武之地。
也許，朱元璋自己也沒有認識到官方修元史，祭祀忽必烈等蒙古人會有怎樣的遺毒，他也許是單純的想用這個手段拉攏北方的士紳，也可能是真的認為自己順應天命，也可能他真的是被那萬千讀書人迷惑住了。這就是時代的缺陷，身處儒家思想「繁盛」的時代，哪怕是開國之君都不能從儒家影響中掙脫出來，反而要拉攏、重用儒教。
朱元璋，再雄武大略，也是封建統治者。
他給各國的詔書，給臣民的詔書都稱蒙元是胡人，異族，很可能是秉性而為，照心裡想法直說。但官方卻承認蒙元，修《元史》，在周士相看來，卻更多的是這位草根皇帝沒有將修史當作一回事。《元史》331天修成，恐怕也正是這位開國皇帝內心真實想法的寫照。然而他不當一回事，儒教卻當一回事，那些誰強奉誰的士紳地主們當一回事。
重修元史，是廖瑞祥理解的可以肅清思想的最好辦法，他簡單的將今日中國之局面和《元史》聯繫起來，他的觀點周士相總結了一下，就是蒙元非中國，或者說元清非中國。
蒙元肯定不是中國，這一點無庸置疑。元朝是由蒙古這個野蠻民族所創立，從創立之初，元朝就不曾將漢人當過他們的子民，而是視漢人為亡國之人。他們肆意屠殺、掠奪，無惡不作，完全視自己為漢人的征服者。這種政權，也就是那些儒家讀書人能厚顏無恥的稱其為中國，換作那些被壓迫的老百姓，就純碎是去他娘個逼了。
滿清和蒙元不是相象，而是一模一樣，都是壓迫奴役漢族百姓，拉攏漢族讀書人。而讀書人是漢族的天然精英，他們掌握著所有的資源，掌握著話語權，由著這些人去修史，後果自然是極盡讚美異族，否則，他們何以安身立命。
然，對於百姓而言，卻是苦了。一小部分人有屠殺大部分人的特權，有奴役大部分人的特權，自家的讀書人卻美其名曰統一大王朝，百姓們何想，何做。
元末，成千上萬的漢人聚集在黃河邊上，發出了華夏沉淪百年的最強音。現在，成千上萬的漢人聚集在周士相麾下，同樣發出了復仇的聲音。
不論前者，還是後者，都不是讀書人，而是他們視之為螻蟻的百姓。
周士相哪怕做皇帝，他也絕不會做封建時代的皇帝，所以他和朱元璋不同，他決定重修《元史》，徹底否認蒙元。不但重修《元史》，更要將忽必烈從帝王廟中遷出，將木華黎那幫蒙古人也從祭祀歷代名臣的廟中遷出。除此以外，他決定要大張旗鼓的宣傳蒙元非中國論、滿清非中國論，以此來否定儒教，否定滿州。
只有讓天下人知道蒙元和滿清並非中國，那麼接下來的問題就簡單明了。那些繼續替滿清效命的漢族士紳，要麼回到中國懷抱，要麼頂著漢奸的名聲死去。
至於前世所謂否定元清，就等於是將蒙古、東北、新疆、西藏等地分離出去，在周士相看來完全是個笑話。這些地方，在歷史上從來不屬於哪個民族，更不是哪個政權的私產。元、清固然統治過這些地方，可中國的漢、唐、明同樣也統治過這些地方。憑什麼認為元清非中國，就等於承認這些地方不是中國的呢？
蒙元也好，滿清也好，都是漢人的亡國史。歷史已經發生，事實不容改變，那我們就當勇敢承認，而不是不敢面對，不以此為恥，反以此為榮。
失敗不可怕，被征服不可怕，可怕的是我們的文明被中斷，我們的傳承被打斷。可怕的是面對征服者的屠刀，我們的讀書人卻在那高聲讚頌。
失去的，我們要自己奪回。
周士相一時難忍心中情緒，提筆回復廖瑞祥，讓他即日進京，主持重修《元史》。隨後，他以大都督的名義，命揚州、江陰、福州、廣州、贛州、南昌、太倉等曾經被清軍屠城地方，調查死於清軍屠殺的遇難者姓名，統一成冊，立碑立館紀念。
南都，親軍也接到命令，「組織」六部大小九卿衙門官員前往各地參觀清軍暴行。《揚州十日記》等記載清軍暴行的書籍、小冊也被大量從民間收集，由官方統一加印出版，成為各級學堂學子必讀書籍。
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