出於戰爭形勢和實際戰鬥指揮需要，周士相決定組建軍一級編制。根據他的要求，軍部將從現有各鎮中選出10個鎮的精銳合編為5個軍。每軍下轄兩鎮，一個為純火器鎮，一個為步騎合編鎮。各軍實際定編戰鬥人員21000人，非戰鬥人員（後勤、參謀）2000。
新組建的軍編製取消衛一級，由伍、隊、營、團、旅、鎮六級構成。
一軍之將稱為軍長，以下為鎮將、旅校、團長、營官、隊正、伍長。軍長為都指揮銜（正二品），鎮將為指揮使銜（正三品），旅校為指揮同知銜（正四品）、團長為千戶銜（正五品）、營官為百戶銜（正六品）、隊正為總旗銜（正七品）、伍長為總旗銜（正八品）。
各軍仍編安軍使，軍一級安軍使稱總鎮，指揮使銜（正三品），鎮以下各級安軍使依等降級，鎮安軍使為指揮同知銜（正四品），旅一級為指揮僉事銜（從四品），團一級千戶銜（正五品）、營一級百戶銜，隊一級為總旗銜。伍一級不設安軍使。
除正式確定各級指揮和安軍使的職秩品級外，新建的軍編制設參謀部，部之長官稱參謀長，職銜略低軍長和總鎮，為從三品銜，負責一軍日常訓練和戰鬥指揮及情報搜集判斷、軍令文書等事。
軍參謀部下轄戰鬥工兵（營編制）、傳令特務兵（隊編制）、作戰參謀室（團編制）三個機構。
除新設參謀部外，軍一級增設後勤司，司之長官稱輜重官，銜定從四品的指揮僉事，下轄一個負責糧草輜重的運輸營。除與軍部直接交接糧草軍餉事誼外，輜重官還要負責和地方對接，如軍營安置、地方交道等事。
除增設參謀部、後勤司、取消衛一級編制外，各軍訓練和號令方面仍如從前。士兵仍分銳兵（老卒善戰者）、選兵（新入軍者），如需補充，則由在鄉保安隊挑選（備兵）。戰功評定和晉升方面，暫不變動。
新建的這五個軍將是太平軍的五大主力，戰鬥在最前，補充也是最優。在軍部提交的方案上，周士相第一次以公文形式明確了士兵退伍安置辦法。此辦法規定，士兵在軍中服役滿三年後，若未能晉升軍官，則給予退役轉鄉安置。
因目前太平軍治下還沒有大規模的工業誕生，即周士相前世所知的國營企業，故而無法提供足夠的工作崗位給這些退伍士兵，因此退伍兵的安置暫時只有縣鄉村的保安隊和鄉村一級政權的管理崗位可以接收落實。
除了安置外，士兵從軍中退伍後，可以一次性領取相當於白銀一百五十兩的糧票，並且在地方有一定話語權，再結合其入伍後家庭可以得到的軍屬優待，意味著從今往後，士兵不再是單純消耗的炮灰，而是一個可以提高改善家庭生活條件的好「工作」。前提是，能夠活下來。當然，如果不幸戰死，其家屬也可以得到一筆數目不小的撫恤金。但，再多的錢都沒有活著重要。
在一條條新建軍的組建條例中，有一條格外的顯眼，也格外的讓人動心。這一條便是士兵除了以戰功晉升外，還可以通過考取太平軍開辦的武備學堂轉為軍官。
士兵退伍後，因為學識有限，大多只能安置在鄉村，但軍官若是退役，則可以在各級官府任職。如旅校如果退役，可以擔任知府，總旗可以擔任縣令，不過在此之前，他們必須先在相關衙門歷練一至三年，通過吏部的考核後方能實任。
這一條是周士相給自己部下在朝堂上開的一個後門，因為經過三大案、江南暴亂及南都正在發生的事情，他已經清楚認識到這個時代的讀書人大半是不可能為他所用，所以他將過往對讀書人的幻想徹底放下，轉而開始全心全力打造扶持完全聽命於自己的新官僚。
什麼人和自己榮辱與共，什麼人知道人活著最需要什麼，什麼人最能知道韃虜的可怕，什麼人才能毫不遲疑的支持自己，無疑，周士相認為的答案只有一個，那就是他麾下的太平軍將士們。
雖然，大量的退役軍官充實到地方大小衙門，會引起相當長時間的政務混亂，致使官府運作效率變得低下。畢竟，軍官們習慣了帶兵殺敵，習慣了在死人堆里打滾，心性上也不將人命不當一回事。並且軍官的性格普遍暴躁，做事武斷，和官場上的老油條比，缺乏經驗，缺少圓通，有些事情由他們辦的話，恐怕效果會適得其反。但周士相仍是毅無反顧的決定推行此辦法，他也做好了面對麻煩的準備。
長痛不如短痛，只有將從上到下的軍政體系都完全掌握在手中，只有上至內閣下至小吏都能以自己的理念為核心，並且堅決落實貫徹，周士相方有可能推動大明這輛已經殘破的馬車往前進。
只是，周士相卻沒有想到，當第一批退役軍官進入各大小衙門「聽政」後，報名參加太平軍的讀書人卻一下多了起來，考武備學堂成了比考科舉還要熱門的所在。
千年以來，中國的讀書人們還是第一次發現，報名參軍除了可以在戰場上殺敵立功做萬戶侯外，竟然還能通過考軍校做到從前寒窗苦讀，科舉路上千軍萬馬過求而不得的仕途之路。
當官，也不一定非要讀聖賢書，只要識字，武備學堂同樣能讓讀書人當官。
周士相大刀闊斧的批判舊儒學，結果最後，他發現其實不需要殺太多人，不需要一定將孔老二批臭駁臭，從神壇上扒下，讀書人只要在軍中走了一圈後，就會自動的替他駁斥腐朽的儒家思想。這一切，只因「利益」二字。
新編的五個軍，分別定名新一軍、新二軍、新三軍、新四軍、新五軍。
定編新軍方案還沒有徹底出台時，軍部的人就管這即將組建的五個軍為太平軍的五大主力。誰要是成為五大主力，那無疑是極有臉面，也極有好處的事。沒有人懷疑，齊王殿下會不偏心五大主力；也沒人懷疑，未來的戰事恐怕都將由五大主力承擔。只要成為五大主力，不但待遇好，各式新式武器最先補充，建功立業的機會也比平常部隊要多得多。
成為五大主力之一，從消息傳出去後，就成了各地太平軍將領最熱衷的事。
而五大主力之首的新一軍，據說會成為大帥的近衛軍，這讓一些將領更是坐不住，能抽得開身去鎮江的都去了，實在抽不開的也想辦法派人去鎮江活動。能當五大主力更好，但是能當五大主力之首，那就是好上加好了的！
「只要當了新一軍，不怕韃子百萬軍」這句話，不知怎麼就流傳了開來。