世上沒有後悔藥吃，若知道事態會發展到現在這般地步，湯效先是無論如何也不會讓丁主薄去白鶴寺，而是親自調兵將教寺連根拔起了。
丁主薄死的極冤也極慘，那兩個同他一起去教寺的六房書辦的屍體也在河灘的另一邊被發現。發現時，已經被河水泡得爛了。
白鶴寺的教民在亂首馬大龍的帶領下血洗了橫瀝、大閘埔等幾個鄉鎮後，終於想到了嘉定城。只是，等馬大龍帶領殺紅了眼的教民趕到嘉定時，縣裡早已經有了防備。
嘉定縣內並無駐軍，不過湯效先從松江府城回來時特意跟府里要了一隊兵丁護衛，大概有百人。這百多兵丁按府里的要求留在嘉定一月，待期畢回原駐地。教亂之後，這一百太平軍就成了嘉定守城戰的主力。縣裡還有保安大隊，不過是新組建的，訓練都不足一月，戰鬥力並不強。在於百恩的協助下，湯效先發動全城百姓，衙門的差役捕快和六房的人都上城防禦。
湯效先和於百恩抱了必死之心堅守嘉定縣城，一旦縣城被攻破，意味著什麼，二人心裡很清楚。他們已經沒有了退路，若不能將教民擋在城外，這嘉定，就如十七年前一樣，伏屍累累了。
此時，城外的情況已由逃出來的百姓陸續傳進了城中，城中百姓幾日前就受過教民的禍害，這一次當真是人人齊心，不要官府一錢一糧，也不要官府的重賞，自發的投入了保衛縣城的戰鬥中。
本來按計劃攻打嘉定縣城的還有縣內幾家被清欠打擊過的士紳，但當這些士紳組織的人馬知道教民見漢人就殺，幾個鄉的漢人都叫殺光後，除兩家對太平軍恨之入骨的士紳，其餘各家均是放棄了造反，改而聚集人手圍堵教民。那兩家執意和教民配合的士紳因為人手少，又聯絡不到教寺，不得已只好向崑山方向活動，期望能和崑山的造反軍一起拿下崑山縣城。
馬大龍部聚集了四千多教民撲向嘉定縣城，可之前他們威風無比，幾十人就能血洗一個漢人村子，這會面對嘉定城內的一百正規軍和差役捕快、青壯組成的守城隊伍，卻是攻了半天都沒能殺死城上一人。
湯效先是帶過兵的百戶，對教民觀察了半天，發現他們的武器不多，大多數教民拿的不過是竹槍，且指揮紛雜、隊形散亂，完全就是一幫烏合之眾後，果斷下令開門出擊。
為了贖罪，湯效先身先士卒，穿著那身知縣官服拎著大刀就衝出了城。知縣帶頭，衙役青壯自是人人倍受鼓舞，那一百太平軍也是沖在最前面。
馬大龍打了半天，沒打死城裡一人，手下教民卻死了上百人，正是怒急時，陡的發現城門大開，城裡的人馬衝出來，不由大喜，傳令教民們隨他去殺漢人。哪個不前的，當場就由教寺的人亂石砸死。
馬大龍高估了自己，也高估了手下的教民。他們能夠張狂到現在，血洗無數村莊，並不是因為他們有多能打，而是因為被他們屠殺的漢人百姓根本沒有防備。而一旦面對組織好的漢人，尤其是有正規軍在內的隊伍，哪怕教民人多，也是擋不住一個回合的。
僅僅不到半個時辰，數千教民就被嘉定守軍打垮。
重新拎刀殺人的湯縣尊沒了菩薩心，也沒了顧慮，此刻只想著報仇，想著為那些因為他的猶豫而喪生的百姓報仇。
教民頗是欺軟怕硬，發現自己由殺人的人變成了被殺的人後，教寺的人再如何威逼他們，他們也不願上前送死。可他們跑不了，城裡越來越多的百姓拿著官府發給的武器出城參加了追殺教民的隊伍，甚至一些婦人都參與其中。
湯效先在城外以知縣名義發布了「殺教令」，凡嘉定縣人，不論男女，不論官民，人人都可參與鎮壓教亂，殺人者無罪。甚至連獄中的囚犯也被放出來許多。
縣城破不了，城外也打不贏，隨馬大龍一起鬧亂的教民四分五裂，整個大勢已去。
馬大龍原以為能做出番大事業，將教寺發揚光大，可最終結局卻是這般，他十分的不甘心。可再不甘心也沒有辦法，面對四幫八方追殺則來的官軍，他只能跑了。
馬大龍最終還是沒能跑脫，他被兩個家在橫瀝的捕快當場擒住。那兩捕快原是要將馬大龍就地陣法，可聞訊趕到的湯效先卻阻止了他們，命將馬大龍和一眾被俘的教民押進城中大獄。
三天後，齊王駕下快馬傳令，著將馬大龍及被俘教首一律凌遲處死，余者皆斬首懸於高處示眾。參與暴亂教中之人，一律族滅。
嘉定的教亂從開始到被完全鎮壓，不過四天。可這四天，嘉定百姓付出的代價卻太大了。湯效先初步統計，僅嘉定一縣被發現的屍體就有三萬多，被火燒的無法統計，逃散的也不知多少，可以說是整個江南受災最嚴重的地方是松江，松江最嚴重的地方就是嘉定。
事後，於百恩從各鄉廢墟回來，哭著寫道：「定武二年三月間，殺氣瀰漫天。十餘萬人一朝盡，問誰不心酸。桃含愁兮柳帶煙，萬里黃流寒。闔邑子弟淚潸潸，染成紅杜鵑。清歌一曲信史傳，千秋壽名山。碧血灑地白骨撐天，哭聲達江南。」
找到丁主薄三人的屍體後，湯效先就立即從城中趕到。跪在河灘邊哭泣半天之後，湯效先突然起身，對左右隨從說道：「我為嘉定父母，嘉定子民卻因我而枉死數萬，我萬死也難辭咎，今唯有以死贖罪。」說完，縱身跳進河中。左右連忙跳河相救，經一番掙扎後，湯效先終是被救上岸。此後，他卻再也不發一言，也不飲滴水，不食粒米，竟是要絕食而亡。
數日後，有錦衣內衛前來嘉定縣城，出示駕貼，將湯效先解往南都。知自己被鎖拿後，湯效先卻是肯進食，解官問他為何不絕食到底，他言道：「從前絕食只因父母官，現在卻為罪官，身為罪官，如何能自己絕食，當受國法處置。」
半道，又有松江知府蔡文喚等民被鎖拿同解南都。一月後，蔡文喚因應對教亂不力被齊王怒斥無能典型，梟首示眾；湯效先亦已同樣罪名被革官，刑部擬處斬，臨刑前齊王特下王諭，著將湯效先解往安南，以戴罪之身贖罪。
松江境內除馬大龍部殺人甚多，另有教民白東干亦是殺人無數。其於起事之前，點火將自家房子和附近教寺引著，聲稱官府要清教，威逼裹挾數百教民和他一同造反。
白東幹部無甚目標，三五成群，由小團伙聚成大隊伍。他們一路燒殺搶掠，所經之處，血雨腥風，一片灰煙。聽聞金山衛有不少漢人商販於那聚集，白東干便率部轉往金山。至楊家灘時，附近漢民早就逃光，很多人逃進蘆葦叢生的河灘和海灘避難。有一村莊漢民逃進大金山中一山洞，被白部發現。因洞口在崖上，村民踩梯子進去後，把梯子抽掉，白部土匪上不去，進不了，便拔來乾燥的艻特蓬，此物有毒，架在洞口下面燒。濃煙上升，鑽進洞口，洞中一片慌亂，有村民暈過去了。
洞中有張姓青年，名全柱，尚未結婚，長得人高馬大，因家境較好，平時東遊西盪，喜歡幫人打架，又好賭搏，在村民中口碑十分差。不過此人因為沒事喜往大金山上鑽，所以知道山上這洞還有個隱蔽出口。於是他見情況危急，大夥都不能活了，便帶了一把鐮刀，往那隱蔽出口方向爬。
張姓青年另有個賭友叫劉二狗的，悄悄跟在張全柱身後。不過劉二狗卻不知道他後面還有個女人跟著，卻是村中蔣家的媳婦，肚中有七個月的身孕。到了出口處，張全柱才知道身後身人。都是一個村的，又是生死危急時刻，張全柱倒也沒有扔下二人不管。他先爬上去，拉蔣家媳婦上去，叫劉二狗在下面推蔣家媳婦的屁股。怎奈洞口太小，蔣家媳婦肚子大，怎麼也通不過。無奈，張全柱只能狠心硬拽，結果蔣家媳婦人是被拉上去了，可肚子裡的孩子也掉了。不過也算是將命保住了，要知道洞裡兩百多人，只活了他們三個。
因為流產，蔣家媳婦當時昏死過去，張全柱和劉二狗將她藏在僻靜處。兩人分頭尋找逃路。不想，劉二狗卻被教匪發現抓住，雙手向前綁在一起，在河邊一刀砍下，雙手斷落河水中，劉二狗疼暈過去。教匪揚手而去，劉二狗真是命大，卻沒就這麼死了，而是活了下來。因為沒了雙手，從此落了個外號，叫「劉沒手」。
張全柱也被教匪發現了，提著鐮刀在前面拼命跑，十來個教匪在後面追。跑得快喘不過氣來時，張全柱突然咬牙朝後瞄了一下，發現追得最快的一個教匪離他只有四五步時，他猛的轉身，一鐮刀砍在那教匪脖子上，只將那教匪脖子割了一半。用力抽回鐮刀，將那教匪身體踹倒後，張全柱接著跑，後面的教匪追得愈發瘋狂。又一個快追上張全柱時，張全柱再次猝然停步轉身，長臂一揮，鐮刀的亮光划過一道弧線，那教匪人頭落地，無頭屍體向前狂奔了好幾步，才栽倒在地，頸脖噴面的血濺得好高。
這一下，後面的教匪都怕了，沒了再追了。可他們不追，這張全柱竟是也不跑了，握著刃口都崩了的鐮刀猙獰的反過來追他們了！
就這樣，張全柱一人追著十三個教匪跑，前後被他攆上砍死的有五個，其餘的因為跑得太快，他實在攆不上這才叫他們跑了。
安全了之後，張全柱沒有獨自逃生，而是回到了蔣家媳婦的藏身之處，將她從地上抱起，帶著她一塊逃了出去。後來這蔣家媳婦就跟了張全柱。
江南亂事結束後，張全柱的事跡被發現，周士相親自題筆寫了「孤膽英雄」四字賜下，並破格任其為金山縣保安大隊大隊長一職。