三十年前，由伍德曼、威斯考特和艾蓮主持『精靈術式』儀式，卡蓮在遠程操作『顯現裝置』協助，匯集這個世界儲存的魔力和靈脈，創造出被稱為『精靈』的魔導生命。
這一位『精靈』的誕生，引發了一種前所未有的超大型空間爆炸，在日後被人們稱之為『空間震』，這個首次發生的『空間震』造成了一億五千多萬人員傷亡，成為人類史上最慘烈的災難。
『精靈』是四位魔術師為了向這個世界復仇而創造出來的「武器」，擁有毀天滅地的力量，只不過『精靈』的心智和初生的孩子一樣，對一切懵懂無知，在四位魔術師要將她帶走之時，她逃了。
『精靈』並不知道，自己並不需要逃跑，那四位魔術師，她的創造者，只是一幫掌握著超凡知識的人類，根本無法對她構成任何威脅，她甚至不費吹灰之力就能將那四人殺死。
漫無目的地四處逃跑，過程中，『精靈』無意識地引發了一次次『空間震』，這使得人類在悲痛的災難中，認識到這種現象的危害，各國開始想辦法應對，空間震預警、地下避難所、對抗精靈部隊……在後來慢慢發展成熟。
最後，『精靈』的「逃亡之路」，在降臨到某個島國的城市，與一位名叫『崇宮真士』的高中少年邂逅，畫上句號。
真士在爆炸的事發地，發現了一個赤身Luo體的少女，或許是出於惻隱之心，又或許是一見鍾情，真士在隱約猜到這名少女不是一般人的情況下，還是將她帶回家裡。
不出意料的，將一個來歷不明且沒穿衣服的美少女帶回家，真士的妹妹——『崇宮真那』，差點就要大義滅親、打電話報警了。
真士費勁口舌解釋，真那才勉為其難地相信自家哥哥沒有墮入犯罪的道路，也接受了暫時留下無名少女的請求。
之後，崇宮兄妹見識到了無名少女的異常之處，剛見面時還只能發出「啊」、「唔」之類的聲音，在博覽群書，又從電視和收音機接收了各種信息過後，無名少女就掌握了語言體系，能夠流利地說出各國語言。
這份恐怖的學習能力不只是體現在語言方面，無論是什麼知識和技能，無名少女都能一學就會，樣樣精通，並且學習掌握的時間極短，根本不是人類能夠做到的。
儘管非常震驚，但崇宮兄妹還是繼續收留了無名少女，給她取了一個名字『澪』，對外介紹是親戚，因此全名為『崇宮澪』。
無名的『精靈』，獲得了『崇宮澪』之名。
之後，崇宮兄妹與澪度過了一段快樂的時光，一起生活，一起逛街，一起玩耍……甚至，真士鼓起勇氣，邀請了澪一起約會，他喜歡澪，澪也在這段時間喜歡上了真士。
幸福的生活讓澪忘了自己的身份，忘了有那麼一群人，在鍥而不捨地追尋自己，於是某一天，『社』——四位魔術師創立的組織，實施大規模的抓捕行動。
真那被『社』作為人質抓了起來，真士在帶著澪逃亡的途中，不幸被威斯考特槍殺，真士的死，讓澪爆發了，悲憤交加地破壞周圍的一切，然後帶著真士的遺體離開現場。
真士死了。
澪在崩潰邊緣發了瘋思考，但即使是她，也無法讓人起死回生，她想過殉情，但嘗試了各種自殺方式後都失敗了，常規的手段根本無法將她殺死，只有與她同根同源的靈力，才能夠傷到她。
不知道過了多久，澪突發奇想——如果不能復活真士，那就將真士「製造」出來！
於是，澪吸收了真士的遺體，她要讓真士在自己體內重新孕育，並且融合自己的力量，這樣一來，真士就能獲得永恆的生命，再也不會受傷，不會被殺死。
因為人類的身體很脆弱，無法一次性吸收全部靈力，所以澪決定分批給予，起初只需要賦予『吸收靈力的能力』就行了。
「真士」順利出世了，一如普通人類母親那般，澪生下了「真士」，但在「真士」懂事之後，澪刪除了他的記憶，並暗中促使真士高中時期的同班同學、如今結為夫婦的五河夫婦收養了「真士」，「真士」隨五河家姓氏，取名為『士道』。
為了讓「真士」——士道如計劃那樣吸收靈力，澪將自身一部分力量分裂成十顆『靈結晶』，犧牲多條人命對其進行精煉，使得『靈結晶』能夠被人體安全融合後，開始選擇目標，人為製造精靈。
第一個被她賜予『靈結晶』轉化成精靈的是名為「本條二亞」的女性，爾後是「時崎狂三」、「冰芽四糸乃」……一個又一個少女被澪隨機選中轉變成精靈，被刪除了作為人類時的記憶，封入『鄰界』沉眠。
期間也不是沒有發生意外情況，比如二亞和狂三，一個使用『囁告篇帙』調查自己，一個使用『刻刻帝』對自己發射【十之彈】，藉助各自的『天使』，她們兩個找回了自己的過往，也知道澪這個「幕後黑手」。
又比如在將其中一顆『靈結晶』，賜予給一個為了救小孩子被車撞死的少女時，這個名叫「風待八舞」的少女分裂成了兩個人。
之所以會出現這種情況，是因為風待八舞原本應該作為雙胞胎之一出生，但另一個雙胞胎沒能順利發育，在子宮孕育時被風待八舞吸收。
在風待八舞被澪賦予『靈結晶』重生時，因為體內有另一個雙胞胎的因子，陰差陽錯之下，『靈結晶』一分為二，風待八舞也因此分裂成八舞耶俱矢和八舞夕弦。
除此之外，在製造『靈結晶』的時候，澪直接以『靈結晶』創造了一個精靈（反轉體），但因為是由純粹的靈力所化成，這個精靈有強烈的攻擊性，這讓澪放棄了用『靈結晶』製造精靈的思路，換成讓人類吸收『靈結晶』轉變為精靈的方案。
澪念在對方是完全由靈力構成的純粹精靈，如同她女兒般的存在，就沒有粉碎重造，而是將其變回『靈結晶』保留下來，那個精靈的意識就一直沉睡在『靈結晶』中，不曾想在此期間，誕生了一個新的人格。
相比於原本的人格，新生的第二人格如同初生的嬰兒，懵懂無知，於是澪解放了『靈結晶』，讓這個第二人格主導的精靈自由行動，而這個精靈就是十香。
在澪陸陸續續製造精靈的時候，士道也在五河家一天天長大，他也越來越像曾經的真士，而且只要士道按照她計劃的那樣封印精靈、吸收靈力，隱藏在基因中那份屬於真士的記憶，也會慢慢覺醒。
照這個趨勢發展下去，士道最後就會變回真士吧？
澪原來是這樣想的，但在暗中觀察士道的成長過程中，她的想法漸漸變了，內心深處認識到一個事實——即使士道擁有真士的外貌和記憶，但……他們終究不是同一個人。
真士已經死了，如今的士道，只是以真士的基因重新孕育的生命，真士可以算是士道的「前身」，但卻不能算是「前世」。
認清事實的澪，放棄了自欺欺人的願望，但她沒有放棄促使士道封印靈力的計劃，因為……她需要創造一個能夠殺死自己的存在。
只有和澪同根同源的靈力，才能夠傷到她，因此，如果士道按照她計劃的那樣吸收了十顆『靈結晶』的靈力，就能獲得和她相同的力量，能夠對她造成傷害，將她殺死！
既然真士註定不會回來了，那澪也不想活了，她渴望死亡，盼望能在死後和真士重逢，只是她怎麼也沒有想到，計劃出了差錯，自己被囚禁，吸收靈力的人不是士道，而是一個叫「秦時然」的人。
從那個囚禁之地脫困後，與分身融合得知這一情況時，澪是想回收『靈結晶』，重新制定計劃，讓士道吸收，但是當秦時然展現出強大的實力後，澪改變主意了。
如果秦時然能夠將她殺死，那就不需要重啟計劃，只要能讓她如願死亡，無論是誰都可以。
而且……讓士道，她的【兒子】，毫不知情地平凡生活下去，或許會更好吧……
『對不起，因為我的一己之私，傷害了那麼多人』
『謝謝你，讓我能夠迎來死亡，請允許我最後提一個請求，我的『女兒』……十香她們拜託你了，請讓她們一直幸福下去』
『士道……就讓他維持現狀吧，可以的話，請讓他和真那相認，但不要告訴他們真相』
『小士（真士）…我好想你…還能…再見到你嗎……』
……
「……這就是一切的經過了。」
櫻花莊公寓201室的房間裡，精靈們圍坐在一起，聽完秦時然的講述後，紛紛陷入沉默，久久不知作何發言。
在崇宮澪被【煉獄魅影】消滅後，秦時然不僅順利接收了她的力量，還意外收穫了一些記憶碎片，這些記憶碎片拼湊出了一份真相，崇宮澪一直以來的所作所為，都有了答案。
崇宮澪的一生是不幸的。
作為復仇的工具而誕生；
給心愛的人招來殺身之禍；
幾乎全知全能，卻挽不回逝去的生命，連死亡都成了遙不可及的奢望；
為了尋死，利用、欺騙、傷害、犧牲了太多太多人……
可恨之人，必有可憐之處，崇宮澪犯下的罪孽無法洗清，她的過往也讓人同情，一切的一切，都隨著她的消逝，畫上一個不算圓滿的句號。
良久，琴里假咳一聲，打破沉默的氣氛，語氣複雜道：「沒想到，令音…崇宮澪會是士道的親生母親，這件事…還是瞞著他吧。」
有時候，知道得越多未必是好事，一想到其中牽扯甚多，琴里決定還是對自家義兄隱瞞崇宮澪的事情，而且三言兩語也說不清，還是讓五河士道繼續普普通通的過日子吧。
「呵……到頭來，居然是因為這種理由，那個女人……」
狂三嘴角勾起冷笑，眼中卻流露出一絲惆悵，得知崇宮澪的過往，雖然還是恨她，但恨意多少沖淡了些許。
耶俱矢撓了撓頭，苦笑道：「說實話，本宮其實有點感激那個人，按時然所言，若不是她將吾等前身之八舞變為精靈，本宮和夕弦也無法像現在這樣面對面。」
「同意。夕弦的想法和耶俱矢完全一致。」
夕弦面無表情地說道，然後與耶俱矢默默對視，感慨萬分，假如風待八舞沒有被崇宮澪賜予『靈結晶』，那就死於見義勇為了，而她們也不可能誕生。
事實上，崇宮澪對於一部分精靈來說，算是恩人，除了八舞姐妹，狂三也是在遭遇事故時被崇宮澪救下，美九是在忍受不了失聲症和網暴自尋短見時被崇宮澪賦予「新生」。
除此之外，還有四糸乃和七罪，自從得知精靈可能曾經都是人類後，琴里就通過『拉塔托斯克』的情報力量調查過往三十年的失蹤少女，費了一番功夫，還真的查到了。
四糸乃還是人類時，全名為「冰芽四糸乃」，因為身患重病需要長期住院，家人就只有母親，一個很樂觀的女人，雖然為了醫療費辛苦工作，但在女兒面前從未表現出消極情緒，一直積極鼓勵四糸乃。
然而天有不測風雲，四糸乃的母親出了意外，不幸去世，就在當天，四糸乃突然病情加重，生命垂危，然後就失蹤了。
可以推測出，當時是崇宮澪將四糸乃轉化為精靈，讓她得以脫離病危，但也失去了和母親的記憶。
七罪的過往則是不堪回首，她的全名叫「鏡野七罪」，母親是別人的情 fu，也就說，七罪是個私生女。
在母親被拋棄後，七罪就遭到了母親的虐待，經常被打，還挨餓，慘到需要去喝公園水龍頭的水，營養不良導致她瘦得跟豆丁似的，被不少人嘲笑過，這也是她自卑的原因，這份自卑感，即使記憶被刪除，也依然保留下來了。