武德九年六月四日，秦王府天還未亮就開始了調動，因為從女兒那裡知道了歷史，知道齊王會派人攻打秦王府，所以李世民派出李君羨帶領著錦衣衛、百騎司以及秦王府2000衛隊守衛親王府。
李世民帶領十名將領，長孫無忌、尉遲敬德、侯君集、張公謹、劉師立、公孫武達、獨孤彥雲、杜君綽、鄭仁泰、李孟嘗前往玄武門伏擊太子。
早上太子跟李元吉兩騎來到了玄武門，李建成看了看前來迎接的常何：「常何呀，今日跟父皇問話據說是秦王發起的，一旦有什麼變故孤要求你鎖死玄武門，並且帶領玄武門的800守衛隨孤清君側。」
常何抱拳：「常何願為太子肝腦塗地。」
李建成拍了拍常何的肩膀：「好好干，等到孤成為帝王定封你個十二衛一衛大將軍，賞賜國公之位。」
說完李建成跟李元吉兩騎並行進入了玄武門，他們進入玄武門之後城門就緊閉，他倆還以為是常何已經在做準備了，李建成、李元吉來到臨湖殿，察覺到了變化，立即調轉馬頭，準備向東返回東宮和齊王府。
李世民跟在後面呼喚他們，李元吉心虛，先張弓搭箭射向李世民，但由於心急，一連兩三次都沒有將弓拉滿，箭沒有射中。
李世民引弓反擊，他猶豫了一下箭射向太子李建成，知道了女兒口中的歷史，大家都說他李世民當得始皇之後的千古一帝，唯獨這囚父殺兄是一輩子的污點，甚至他之後的唐朝儲爭多伴隨著如同玄武門一樣的政變。
所以李世民這一箭是留了情的，他這一箭射中了李建成的胸腹但是並未傷及要害，但是李建成也隨之墜馬。
李元吉一見大事不好想著先自救再救李建成，隨即調轉馬頭向著李淵所在的武德殿趕去，這時候尉遲敬德率領七十多名騎兵趕到，尉遲敬德把李元吉射下了馬。
李元吉匆忙逃跑結果被尉遲敬德一鞭直接朝著天靈蓋砸下去，李世民大喊：「鞭下留人。」
尉遲敬德的鞭砸偏直接砸在了李元吉的肩膀上，李元吉直接失去了戰鬥力被擒住。
尉遲敬德抱拳：「秦王殿下，此時秘密回朝的侯君集、程知節、秦叔寶、段志玄、屈突通、張士貴等將軍已經控制了京師近八成的軍隊，在外李靖與李績也封鎖了入京的道路，一切已經萬無一失。」
李世民點頭：「薛萬徹兄弟那邊怎麼樣？」
這時有人來報：「報秦王，李建成的部下、東宮翊衛車騎將軍馮立與副護軍薛萬徹、屈直府左車騎謝叔方率領東宮和齊王府的精銳兵馬兩千人，急馳趕到玄武門。
危急時刻，張公謹臂力過人，他獨自關閉了大門，擋住馮立等人，馮立等人無法進入。薛萬徹又與雲麾將軍敬君弘裡應外合徹底剿滅了這波反賊。」
此時的玄武門外，馮立身上插滿了箭矢拄著自己的馬槊問薛萬徹：「薛萬徹，太子殿下歷來待你兄弟不薄，你為何要背叛太子？」
薛萬徹搖頭：「李建成待俺老薛是不薄，但是那都是金銀財寶高官厚祿上的不薄，他從來沒有把自己跟我們放在一個平等的地位上，太子殿下看我們始終跟奴僕一樣。
而秦王殿下當年抓了我們兄弟之後，徹夜不眠地照顧我兄弟二人的傷口，又於我等交心視我等兄弟如手足，這就是他們的不同。」
馮立恍然大悟：「原來你們從始至終就不是太子的人？」
薛萬徹冷笑：「對，你也可以死而瞑目，對了你們不是讓薛萬鈞帶領6000人前去攻打秦王府嗎？估計此時已經被萬鈞與馳援的程知節他們剿滅了。」
馮立仰天長嘯：「馮立愧對太子殿下的信重，無法為您報仇了。」
說完他要抹脖子自殺，這時候玄武門上李世民喝道：「誰說本王殺了太子，你看這是誰。」
馮立抬頭原來是中箭昏迷的李建成跟被尉遲恭砸碎了肩胛骨昏迷的李元吉，馮立單膝跪地：「太子殿下臣無能，但是您活著就好，臣先走一步了。」
說完他還是抹脖子自殺了，這時候玄武門外來了一支騎兵大軍，原來是薛萬鈞與程知節會合了侯君集帶來的1萬部隊。
薛萬鈞單膝跪地：「秦王，末將等已經攻陷齊王府與東宮，太子與齊王的家小以及一應謀臣都在這裡。」
這種事李世民倒是殺伐果決：「除了太子與齊王家眷其餘人等全部殺了。」
這時候程知節與常何以及後趕來的秦瓊跪倒在地：「我等與魏徵同出瓦崗，還請大王饒魏老狗一命。」
這幾個人在這次玄武門中起到重要的作用，李世民猶豫一下：「那就把魏徵暫時關押、另外山東以及關中氏族出身的也暫時關押。」
畢竟李建成的太子之位之所以一直這麼穩固與他獲得了山東氏族的支持有關，李世民則是靠著關隴氏族的支持，所以五姓七望出身官員的對待就要謹慎，好比東宮屬官王矽就是太原王氏的嫡系。
尉遲敬德這時候一身是血地走上前：「大王，現在太子之亂已經平息，我們接下來該怎麼辦？」
李世民一握拳頭：「隨我面聖，我倒要問問父皇為何對我如此不公，太子跟齊王屢屢向我下死手他卻次次包容。」
這時候長孫無忌來到張公瑾身邊耳語：「弘慎你有勇有謀，一會不管大王表現如何，我等逼迫陛下禪位的時候你讓尉遲將軍兇狠一些。」
張公瑾點頭表示明白，他們的從龍之功已經到了這個時候，沒道理再讓李淵在位，這老頭子壞得很經常和稀泥，要是讓他繼續把持朝政沒幾天李建成又活蹦亂跳地放出來了。
此時的李淵還在太液湖的畫舫上與幾位心腹大臣飲酒等著三個兒子的到來，皇宮內外早被李世民的暗自控制了，到了這時候也沒有人前來報信。
直到李世民帶領著長孫無忌、高士廉、張公瑾與尉遲恭已經過了內宮的門，才有元從禁軍匆匆忙忙地前來報告秦王帶著兵刃一身是血的前來見駕。