此時的歐陽修已不再是當初那個初涉官場、個性衝動的年輕人了，遇到不平之事，他仍會管，卻不會再一廂情願，不理會現實情況。
在囑咐後輩們要三思而行、穩中求進的時候，他已不知不覺生出了些退隱之心。
一
又是一年夏天來臨，許多官員任職期滿，即將離開。歐陽修早已看過太多的分分合合，可是馬上就要與好友們分別，他的心裡還是會有些捨不得。送走一位又一位好友，他自己也要離開這裡了，朝廷已經下達了新的任命，任他為應天府兼南京留守司事。
在應天府的日子遠不如潁州那般平靜，或者可以說，是看似平靜，暗起旋渦。入職剛剛三日，便有官吏向歐陽修上報，稱此地五郎廟很靈，新官上職，必須前去拜祭，否則神靈發怒，便會危害地方。歐陽修一向不信鬼神之說，於是置之未理，誰知幾日後，他的筷子便跑到了神像的手中。
若是膽小怕事的官員，遇到這種事情，定會慌亂不已，信之有靈，急忙拜祭，以表歉意，而歐陽修只是命人將五郎廟上了鎖、貼了封條，下令此廟只有等他離開南京之後才可開啟。
手下的人照做後，一些人便等著看歐陽修的笑話，誰知老天似乎都在幫歐陽修的忙，自他封廟以來，南京不但沒有發生任何災禍，反而事事順利。因此，想借鬼神之力作亂之人由此明白這位新官不好惹，也不敢肆意妄為了。
一些官員懼於歐陽修的公正嚴明，有心討好和攀附，豈知他一生最厭惡的便是此類行徑。這些人討好不得，只能一個個灰頭土臉地回到府中，之後小心行事，以求儘量不要被歐陽修發現紕漏。
就職南京的日子裡，歐陽修也對過去的數十年進行了回顧，特別是「慶曆新政」那段時間裡所經歷的風風雨雨。他意識到，朝中許多弊端已經根深蒂固，想要一拔而後快是不可能的，只能從眼前的利害之處著手，一步一步地開展。他也用這些話勸導身邊志存高遠卻思想單純的朋友，以免他們如他一般遭到重創。
此時的歐陽修已不再是當初那個初涉官場、個性衝動的年輕人了，遇到不平之事，他仍會管，卻不會再一廂情願，不理會現實情況。在囑咐後輩們要三思而行、穩中求進的時候，他已不知不覺生出了些退隱之心。接下來的種種噩耗，更是讓他身心重創。
天下母親皆愛子女，只是愛的方式有所不同。歐陽修的母親鄭氏對兒子的愛，便是在他年幼時用盡一切去撫養、教育他，在他成年後則儘量遠離他。
鄭氏認為，如果自己常住歐陽修身邊，他難免分心，從而影響公務，所以當歐陽修仕途漸順後，她便堅持自己居住。
歐陽修明白母親的苦心，所以母親尚未花甲時，他也就由著她去了。隨著母親的年紀越來越大、身體越來越不好，歐陽修不再順從母親的意思，而是將她接到了自己的身邊，為她求醫問藥，精心照顧她。奈何生老病死是人之常事，即使歐陽修精心地照料著，鄭氏的身體仍然一天天地變得虛弱。
北宋皇祐四年（1052 年），歐陽修的母親鄭氏在南京病逝。由於南京居所為官舍，不得用於舉喪，而歐陽修又早在潁州置辦了房舍，打算致仕後定居於此，所以鄭氏的喪事理當移到潁州辦理。
在此之前，有小人意欲誣告歐陽修，宋仁宗派人去南京調查後，發現他不但不與誣告之詞同，反而在當地政績斐然，深受百姓愛戴。宋仁宗甚喜，正打算將歐陽修調回京城委以重任，誰知調令還未正式下達，便收到了他的告假申請，於是回調之事只得暫停。為了表示體恤，朝廷封鄭氏為「郡太君」。
福無雙至，禍不單行。就在歐陽修忙於母親鄭氏的入葬事宜時，他的岳母金城夫人也病逝了。歐陽修人在吉州，無法立刻趕去，只得命表弟鄭興宗代為祭奠。
母親的葬禮結束後，歐陽修便回到潁州家中守喪。在此期間，他極少過問外面的事情，也極少和外人來往。剛剛回到潁州時，得知范仲淹求知潁州，歐陽修還有些期盼，希望范仲淹能早日到達，與他促膝長談，然而天不遂人願，范仲淹剛到徐州便一病不起，最後病逝於徐州。
得知自己一生追隨的人也離開了人世，歐陽修既震驚，又心痛惋惜。與范仲淹共事朝堂的日子歷歷在目，仿佛就是昨天發生的，可回過神來，兩人已經陰陽相隔，再也無法相見。
接二連三的噩耗讓歐陽修徹底無心也無暇去理會其他的事情，於是他不再過問世事，居於家中，過起了單調的生活。守喪的兩年裡，歐陽修堅持「以孝事親」「以學立身」的家訓，將全部精力都用於學術研究，用學術上的成就來撫慰心中的痛苦。結合了眾多好友的修改意見，歐陽修於此期間終於完成了歷時十七年的《新五代史》。
直到守喪期滿，歐陽修才從閉關的狀態中走出來。恰在此時，他接到了宋仁宗召他回京的命令。雖然他知道，此次回京，等待他的是官復原職，可是這時的他已沒有了當年的那種激動的心情了。此時的歐陽修已不再年輕，數年之間所經歷的種種已經讓他疲憊不堪，相比於居朝中要職，他更喜歡這種身在小城安逸清靜的生活，但一切敵不過皇帝的詔書，畢竟聖命難違。
二
再度回到京城，回到久別的朝堂，歐陽修心中有千般滋味，當初與他同路之人都已經不在了，如今朝堂之中大都是守舊派的官員，這些人對歐陽修的回來並不歡迎，甚至極度排斥。他曾對仁宗表示想要被派到地方，但終被駁回，成了一名權判流內銓，負責對中下級文官進行選拔和考績。
歐陽修一上任便對官吏選拔之事進行了詳細的調查，而後他發現，此時人事方面的問題比他早年所見有過之而無不及。朝中為官者大多是權貴子弟，而真正有才能的貧寒士子卻只能一年又一年地等待，大好的時光就在等待之中錯過了。為了改變這種現狀，歐陽修提出應限制權貴子弟入仕，宋仁宗接受了他的提議。
歐陽修的這一提議從極大程度上損害了權貴們的利益，於是權貴們冒用歐陽修之名寫了一篇札子，字字針對當朝一些炙手可熱的宦官，並提出要徹查這些宦官。權貴們的這一招借刀殺人之法很快奏效，果然那些札子中被提到的宦官開始視歐陽修為異類，對他實施了報復。
為了平息眾怒，宋仁宗只得免除了歐陽修權判流內銓一職，此時距歐陽修上任還不到半個月。此事令歐陽修心灰意冷，他已經看得很清楚，當初同伴眾多，都沒能真正實施新政，以挽救大宋王朝，如今只剩下自己一個人，更是無法實現當初的願望。朝中有識之士見狀，紛紛向宋仁宗進諫，請宋仁宗不要聽信奸佞之人所言。最後，宋仁宗採取了劉沆的提議，以請歐陽修與宋祁等人一併修《唐書》為由，將歐陽修留在了京城。
同年九月，歐陽修被任命為翰林學士，兼任史館修撰，之後又被賦予管理三班院的權力。可是，即使身兼三職，有皇帝御賜的官服和金帶，也無法撫平歐陽修心中的傷痕。
新年將至時，歐陽修作了二十首《春帖子詞》獻給皇帝。以往，這種體裁的東西都沒有什麼實際內容和意義，然而在歐陽修的筆下，它們便有了新的生命和靈魂。
萌牙資暖律，養育本仁心。
顧彼蒼生意，安知帝力深。
——《春帖子詞二十首·皇帝合六首》歐陽修將這些原本用於討好皇帝、粉飾太平的東西變成含警示之意的詩句，宋仁宗讀過之後，感到非常有新意，也從中看到了作者的用意，便向侍者詢問這些帖子詞的作者。當得知作者是歐陽修後，宋仁宗由衷地稱讚他「舉筆不忘規諫，真侍從之臣也」。
北宋至和元年（1054 年），宰相陳執中的小妾將家中一名婢女毆打致死。
陳執中平日不學無術、為官不仁，早已激起民憤。朝中眾臣紛紛上奏宋仁宗，希望罷免陳執中，可是宋仁宗捨不得對陳執中施以重罰，漠視台諫，下令停止辦案。最後，為了平息群臣的憤怒，朝廷命陳執中在家中思過兩個月，以避風頭。
見宋仁宗漠視台諫，歐陽修冒死再次進諫，指出宋仁宗剛愎自用，縱容奸佞之臣。歐陽修的諫詞並沒有讓宋仁宗回心轉意，看到宋仁宗繼續偏袒陳執中，他失望極了，再次請求外任。這一次，宋仁宗同意了他的請求，將他派往蔡州。
殿中侍御史趙抃、知制誥劉敞紛紛上書，請宋仁宗三思，不要允許正直人士引退，否則朝廷失去羽翼，日後情況將危。宋仁宗重新考慮後，決定將歐陽修官復原職，留在朝中，並在歐陽修回朝之後，宋仁宗將陳執中罷免，任命文彥博和富弼為相。
三
年華易逝，容顏易老。歐陽修的鬢角出現了絲絲白髮，眼角也多了許多皺紋。多年來，他雖然憂國憂民，為國事操勞，可也一直沒有忘記自己心中的那個願望，就是通過科舉改革實現文學主張。歐陽修一直在尋找與自己志同道合的人，曾經的那些舊人大多已年老體衰，他們心有餘而力不足，還有不少人已經身故，他需要新的力量來協助他。所幸，宋朝人才輩出，不斷有才華出眾的年輕面孔出現於文壇，這給歐陽修帶來了希望。
北宋嘉祐元年（1056 年），蘇洵攜長子蘇軾、次子蘇轍一起入京。蘇洵早年不願苦讀，二十七歲之後才開始發奮，後寫得一手好文。歐陽修讀過其文，深感滿意。然而蘇洵參試多次，一直不中，也無緣與歐陽修結識。
這一年，蘇洵帶著托人所寫的推薦信和自己的多部論著再次入京，終於有機會與歐陽修相見。歐陽修與蘇洵談兵議政，頗感投緣。歐陽修又讀了蘇家二子所作文章，均是好文，他甚喜，讚嘆道：「後來文章當在此。」
歐陽修先向朝廷推薦了蘇洵，並隨之附上了蘇洵的著作，可是沒有得到答覆。他又請富弼幫忙，結果仍是不了了之。多年以來，蘇洵雖然一直沒能入朝為官，可他的名聲早已在京城之內傳開了，他所善用的文風也在當時引起了不小的反響。
相比於父親，蘇軾的運氣則稍微好一些。在科考當天，他的一篇《刑賞忠厚之至論》讓考官們眼前一亮，紛紛稱讚這篇文章文風灑脫、論點清晰，是篇難得的佳作。作者能夠將儒家仁愛的思想用自己的語言表達出來，又不失質樸自然，實在難得。
在當時，「太學體」風行於文壇，這種文體的特點在於文風險怪艱澀，既無平實質樸之心，又無典雅華麗之形。將這種文體發揚起來的不是別人，正是歐陽修昔日的好友石介。早年間，歐陽修就曾批評過石介那種譁眾取寵的怪異文風，可是很明顯，石介並沒有聽取他的建議，反而愈發起勁。
石介有一名學生叫劉幾，是「太學派」最出名的學生，也是石介最得意的弟子。其他「太學派」的學生都視他為偶像，爭相模仿他的文風，對此，歐陽修卻深惡痛絕。
北宋嘉祐二年（1057 年），歐陽修被任命為禮部貢舉，負責主持當屆的禮部考試。任命一下，歐陽修便打定主意，一定要在科考中選拔精英，打破當時「太學體」盛行的局面，讓新的文風文體得以嶄露頭角，為之後的人才培育與公正選拔開拓出一條路。
在審卷時，歐陽修讀到一篇非常怪異的文章，文章的最後幾句寫道：「天地軋，萬物茁，聖人發。」歐陽修對其他考官說，這一定是劉幾寫的，於是在卷上續了「秀才刺，試官刷」，又寫上「大紕繆」三個字。
宋朝的閱卷制度與現今相似，考卷上交後，考生的名字都會被遮蓋，以免考官與考生串通作弊，失了公平。歐陽修在審卷時看不到考生的名字，但是憑他對太學學生一貫的了解，斷定只有劉幾才會寫出這種晦澀難懂的文章。後來事實證明，他的判斷是正確的，此文確實出自劉幾之手。
歐陽修一連批了幾篇，都是太學學生們寫的不通之作，他有些失望，擔心此次科考又沒有滿意之人。直到讀到蘇軾的那篇文章，歐陽修才感到一絲欣慰，可是他誤以為此文是他的學生曾鞏所作，為了避嫌，他決定將這篇文章的作者排在第二名，另選了一名考生為第一名。
放榜之日，歐陽修打開封著的卷頭，發現被選為第一名的試卷上寫著曾鞏的名字，十分愕然。歐陽修從未想過，除了自己的學生曾鞏外，還有其他學生能夠寫出如此具有大家風範的文章。他急忙尋找當初那篇打動了所有考官的文章。找到之後，他才知道這篇驚人之作出自蘇軾之手。
按照慣例，中舉進士需寫信向主考官表示謝意。看過蘇軾的信後，歐陽修更加欣賞這位年輕人。在寫給梅堯臣的信中，歐陽修說：「讀軾書，不覺汗出。
快哉！快哉！老夫當避此人，放出一頭地也。可喜！可喜！」言語之間儘是對蘇軾的認同，還有一些敬佩和自愧不如。
歐陽修認為，蘇軾將在未來的文壇上掀起一場風潮，成為未來文壇中首屈一指的人物。事實證明，他的預感十分正確。由此事可看出，歐陽修不但有遠見，還十分有識人之能。
歐陽修因得才而欣喜，可是「太學派」的那些人卻不服氣。他們聚眾鬧事，製造謠言，稱考官們沒有認真評判考卷，才會讓一些無名鼠輩榜上有名，而讓他們這些滿腹才學的才子落榜。一些人不但對上榜之人進行辱罵和挑釁，還將一些考官圍起來強加指責。
歐陽修作為主考官，更加免不了受到這些人的攻擊。有的人憤怒難平，甚至給歐陽修寫了祭文，投到了他的家中。五十一歲的歐陽修不懼、不慌、不愁，為了讓文體、文風得到改革，他堅守著自己的立場，絕不妥協。
此次科考的結果是，所有參加殿試的進士都被賜予了進士及第或同進士出身。蘇洵、蘇軾、蘇轍和曾鞏都得到了在文壇上大展拳腳的機會，宋代文學的發展也步入了一個高峰期。
與之相反的，是歐陽修的身體狀況。現如今，歐陽修已經很少能收到舊友們的來信了，取而代之的是一封封充滿傷情的訃告。繁忙的工作和各種憂思讓歐陽修的身體越來越弱，當疾疫侵襲了汴京之後，他也終於因體力不支而病倒了。
身體稍微有些好轉後，汴京又迎來了雨季。暴雨連連，歐陽修所住之處地勢較低，本就容易被水浸泡，如今年久失修，屋頂也開始漏水。歐陽修只得一邊帶領家人清理積水，一邊開始考慮換個地方生活。可是這一願望想要實現卻並不容易。入京之後，他不止一次向皇帝請命調離京城，皇帝都沒有批准。
冬季里，歐陽修眼疾加重，視線越發模糊，難以辨別眼前之物，身體其他部分也出現了各種不適。歐陽修便以家在吉州，之前因忙亂不曾修葺好父母的墓地，希望回家鄉修葺雙親之墓為由請調，朝廷不但沒有批准他的調請，還增加了他的官銜，想以這些官銜束縛住他的腳步。
歐陽修不止一次在詩作中表達自己對舊時閒雲野鶴般生活的懷念，以及想要歸隱田園的心愿。在寫給朋友的書信中，他也多次提到自己的現狀以及病痛對他的折磨。
在這樣的情境下，歐陽修越來越想念當初在滁州的生活。他感到自己就像一隻陀螺，不斷地被鞭打，不停地旋轉，轉得他頭暈目眩。北宋嘉祐三年（1058 年），朝廷再次給他加官，命他兼侍讀學士。歐陽修堅決不肯接受，以理辯駁，朝廷只得作罷。然而沒過多久，朝廷又命歐陽修以龍圖閣學士的頭銜任開封府尹。
歐陽修此時已經無力身兼多職，他上奏朝廷，表示此事已超出了自己的能力範圍，若是勉強而為，恐怕辜負朝廷所託。當朝宰相富弼和韓琦均是歐陽修的老友，可是他們都沒接受他的請求，堅持讓他擔任這一要職。歐陽修無法再拒，只得勉為其難地走馬上任。
開封府中多是皇親國戚，這些人倚仗自己的特殊身份，蔑視朝廷律法，肆意妄為。一般官員礙於他們背後的靠山，不敢嚴管；還有一些官員知道即使重判，他們也會有辦法求得聖旨，免其罪過，於是只得睜一隻眼閉一隻眼。這樣的局面使得那些人更加放縱，為所欲為。
包拯上任後，無論犯罪之人是何身份，一概按照律法處置，不肯寬容半點，這些人才因此有所收斂。包拯任期滿後，上任的便是歐陽修。朝廷大抵是看中了歐陽修的正直敢言、剛正不阿，所以才將他安排在這個位置。
一些人以為，歐陽修上任之後，會效仿包拯的做法，或者比包拯還要嚴厲，然而事實並非如此。歐陽修上任後，依循人情事理，從沒有刻意擺出一副公正嚴明的架勢。對於一般的小罪之人，歐陽修酌情處理；對於有大罪之人，歐陽修則不留任何情面。
對於罪犯求旨以免除處罰以及皇帝時常下聖旨免人罪過的現象，歐陽修採取了一系列措施，如求情聖旨一律無效，求情請旨之人也將受罰，有罪之人親自請旨則處罰升級等。他認為，只有這樣才能嚴正法紀。
然而，繁重的工作使他的身體狀況越來越差，多年的眼疾和關節炎也越來越嚴重。歐陽修感到自己已經嚴重地透支了精力，再無力繼續勝任此職，於是連上三篇奏札請辭，朝廷最終同意撤去歐陽修開封府尹一職，但仍不允許他離京。