昌平皇家陸軍指揮學院，是在勝利日閱兵之後的崇禎三年正月二十一日，正式揭牌成立的，首批招收的學生，四百人全部從軍中選拔。
之後，則將以每年招收一屆的方式，從軍中和地方分別招收四百名學生，進行為期兩年和四年的初級指揮專業的培訓。
從軍中招收的初級指揮學員，接受為期兩年的指揮訓練，民間招收的，則將接受四年的軍事指揮培訓。
所有軍中和民間的學員，考核合格後，都將以預備軍官的名義，掛紅牌肩章，無軍銜標誌，在軍中進行為期一年的實習。
一年的實習期滿後，便可授予中尉軍銜，成為皇家陸軍中的一名光榮的中尉軍官！
最短都需要三年的皇家陸軍指揮學院的正規培訓，才能夠獲得中尉軍銜的初級指揮班，又被稱為長期班。
而在長期班之外，為了更快的完成軍事編制改革，將舊有的低級（把總以下）軍官，儘快的轉變為皇家陸軍軍官，在長期班之外，還開設有為期半年的短期班。
短期班學員，不招收民間學員，也不招收普通軍卒學員，只招收舊式軍隊中的把總、總旗和小旗等低級軍官，進行半年的指揮專業的培訓後，考核合格後，將直接被授予少尉軍銜，擔任皇家陸軍中的排長一級的指揮官。
而在初級指揮官培訓班之外，還有中級指揮官培訓班。
中級指揮官，培訓皇家陸軍的旅團一級指揮官，從營級指揮官，晉升團級指揮官時，必須接受為期半年的中級指揮官培訓班的培訓，考核合格後，才能夠獲得正式的任命。
學員以軍中的選拔和自願申請的方式招收，軍中選拔主要集中在皇家陸軍之中，在獲得中級指揮官（主要是團級）的任命後，必須接受中級指揮官培訓班的培訓，然後才能上任。
而自願申請，則主要針對皇家陸軍之外的其他兵營、地方衛所的千總及游擊將軍一級的將校，以自願為原則，提出申請。
經過皇家陸軍指揮學院的考核之後，獲得入學資格，跟皇家陸軍中的團級指揮官一同接受訓練，畢業之後，可以選擇繼續留在老部隊，也可以提出申請，進入皇家陸軍中任職。
按照明初設置的衛所軍戶，大明軍戶足有百萬之眾，這麼多『明軍』，要全部整編成新式陸軍，自然是不可能的。能夠獲得大明皇家陸軍稱號的部隊，也絕對不會超過十個師。
按照朱由檢的構想，有十個皇家陸軍師二十多萬人，再加上御營六師和羽林親兵衛，陸軍總兵力，也將達到三十多萬人！
有這三十多萬的新式陸軍，要鎮壓內亂，掃平邊疆女真韃子、蒙古部落，幾乎不會存在任何的懸念！
至少，在以明帝國現有的疆土為起點，往周圍輻射三千里，是絕對不會遇上任何的可以作為皇家陸軍的對手的敵人！
至於其他的以地方衛所兵為主的舊式明軍，最終的結果只會是解散或者被改編。
而且，就算是改編，那些舊式明軍，也幾乎不可能再得到皇家陸軍師的番號，更多的可能，還是作為國民警衛隊之類存在的地方軍警部隊，主要承擔地方守備的任務，並接受少量的低烈度的戰爭任務。
至於海軍，在沒有跟西班牙（包括葡萄牙）王國、尼德蘭共和國、法蘭西王國、英格蘭王國等西方海上強國接觸前，在明帝國周圍，也基本上不會出現太強大的海上強敵。
當然，按照朱由檢的計劃，在未來十年之內，朱由檢是絕對要建立起一支皇家海軍的。
現有的張可大的津魯艦隊、鄭芝龍的萊州艦隊以及毛文龍的江浙艦隊和東南閩廣一帶的鄭芝豹等人統領的鄭家艦隊，這些零零散散的屬於或者不屬於明帝國的艦隊，要麼接受帝國的改編，要麼，被殲滅！
十年後，縱橫在大明帝國沿海的，只可能是以大明皇家海軍為旗號的皇家艦隊，而這支艦隊的實力，也是以能夠整體殲滅鄭芝龍的鄭家艦隊，掃蕩整個帝國沿海海域為目標的！
鄭芝龍的鄭家艦隊，是以東南閩廣海商船隊，接受招安，整體改編的，現在雖然頂著朝廷水師的名義，而且被一分為二，分成了南北兩個部分。
但是，北邊駐紮在萊州威海衛外海劉公島中的鄭芝龍的登萊水師艦隊分艦隊，私下裡，卻依然跟遼東韃子往來過密，甚至完全代替了之前被朝廷封殺的山西晉商，成為了與遼東韃子往來貿易的最大的一股走私勢力！
軍中的密探，錦衣衛密諜以及宮中的情報組織的密諜人員，都有順利地安插到鄭芝龍身邊，將鄭芝龍這一年來在萊州的所作所為，事無巨細地稟報給朱由檢。
對於鄭芝龍與女真韃子進行走私貿易一事，朱由檢自然也是一清二楚的，只不過因為擔心引起沿海震盪，或者逼反了鄭芝龍，使之狗急跳牆，甚至直接引兵投降了女真韃子，朱由檢才在沒有絕對的把握下，只能採取睜一隻眼閉一隻眼的策略，全當不知道有這麼一回事罷了。
不過，鄭芝龍的事，早晚都要解決，朱由檢也絕對不可能一直放任自流，任憑鄭芝龍吃著帝國的飯，卻做出砸帝國的鍋的事情來！
單憑一個登萊水師，或者說津魯水師，要完全解決鄭芝龍的水師艦隊，還有些困難，再加之上崇禎二年，女真韃子入關，進犯京師這一件『歷史事件』。
在崇禎二年的時候，朱由檢對鄭芝龍基本上採取的都是綏靖的政策，對他所做的事情，全都是睜一隻眼閉一隻眼，權當沒看見。
不過現在好了，女真韃子已經被逐出了關外，而且在『己巳之變』中，可以說是碰了個頭破血流，傷筋動骨，損失了數千精銳。
至少，在陸一師調駐寧遠防線後，在短時間內，女真韃子是不可能再有能力進犯，更別說再次殺進關內，出現在北京城下了！
而且，陝西山西以及河南等地的亂民，也有了滿桂率領的關寧軍和秦良玉率領的一邊作戰，一邊接受整編的陸二師，兩支精銳部隊的鎮壓。
短時間內，山陝等地的民亂，也是不可能出現在河北和京畿附近的，山東河北等京畿州府，在近幾年內，應該是相對平穩的，朱由檢也終於可以騰出手來，解決鄭芝龍這個麻煩了！