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孫元化在開春之後，便被劉不同裝上第一條返回台灣的船隻，運往了淡水城進行安置。
於孝天當時正在籌備北上的事情，所以兩個人走了個對頭，卻沒有見面，這次於孝天回來，自然是要見一下孫元化的。
孫元化到了淡水之後，已經知道這裡是什麼地方了，當然也猜出了這次把他弄來這裡的人是誰了。
對於孝天，孫元化是有所了解的，他本身是一個天主教徒，跟澳門的教會有很深的交情，要不然的話他這次到登萊任巡撫，也不能從澳門請去那麼多葡萄牙人充當炮術教官。
在長時間的和教會來往之中，他對南方的事情也是比較了解的，特別是對福建的海狼集團，他早有耳聞，通過教會了解了很多有關海狼和於孝天的消息。
澳門教會方面，對於孝天是相當推崇的，特別是於孝天開放台灣島，讓教會公開傳教，這件事讓教會方面，對於孝天非常滿意，多次在和孫元化的信件之中提及此事。
還有教會方面對於孝天控制能力以及手頭擁有的武力，也非常推崇，稱其為大明一個奇人，短時間之內，便打造出一支可以橫行中國海的水師，並且使用的是最先進的火炮以及戰船。
整體上來說，教會方面認為於孝天雖然不是教徒，可是也算是親教的人員，就算是他對教會在台灣島傳教控制很嚴，但是起碼也開了一個口子，讓教會能獲得一個公開傳教的機會。
所以孫元化對于于孝天並不陌生，起碼也算是神交已久，只是一直沒有機會見面罷了。
但是沒想到這一次於孝天會突然間對他施以援手，把他從山東綁架到了台灣島，並且給他安置了不錯的地方，算是相當善待他了。
原本孫元化對于于孝天這麼做，還是頗有微詞的，認為於孝天把他逼入了絕地，徹底斷絕了他的仕途。
原本他這次被叛軍釋放之後，還想要回到京中，利用老師徐光啟以及周延儒等人的能量，給他提供一些保護，起碼保住他的性命，就算是被革職查辦，以後只要他們還在朝中任事，遲早也有一天會被起復。
可是於孝天把他弄到這裡，他不明不白的就失蹤了，肯定朝廷就會為此震怒，那麼就算是以後他回去陸上，估計也沒有機會再入仕途了，掉腦袋那是最起碼的事情。
所以孫元化在初到這裡的時候，還對於孝天心懷不滿，認為是於孝天壞了他的前程，可是隨著京師方面各種消息傳回來告知他以後，孫元化漸漸的改變了這種想法。
特別是七月間朝廷下旨，將張燾斬首棄市，宋光蘭也被殺了，而朝中對於剿還是撫的問題，已經最終拿定了主意，皇帝力主以剿為主，開始調集大軍北上入剿孔李亂軍，這時候徐光啟和周延儒等當初主撫之人，都受到了聖上的呵斥。
甚至於一直主撫的兵部右侍郎劉宇烈也被朝廷罷官逮問，這就說明了事情的嚴重性，起初孫元化還指望著老師徐光啟和周延儒等人能保住他，可是後來看時局的發展，這種希望是極為渺茫的。
作為登萊巡撫，他才是主事之人，這次登萊之亂，本身就該歸結在他身上，由他背這個黑鍋，更何況在孔有德叛亂之初，他又一門心思想要招撫，結果導致貽誤戰機，另外主撫的問題上，確實有很大的問題，最初朝廷派兵進剿，諸將都一門心思的指望著主撫，結果被孔李叛軍打的大敗。
叛軍橫掃登萊等地，造成登萊生靈塗炭，就連後來的山東巡撫徐從治，都被叛軍亂炮打成重傷，以至於後來死在了萊州城之中。
所以他作為罪魁禍首，就算是當初跑回了京師，最終的下場也是可想而知的，肯定會被朝廷那些政敵大做文章，最終肯定也要被斬首示眾，甚至於弄不好，還會落得袁崇煥當初的下場，被凌遲處死估計都是有可能的事情。
所以當了解了這些事情之後，孫元化對於孝天的想法開始轉變了，他不知道於孝天為何會預料這麼准，朝廷肯定會幹掉他來泄憤，提前派人去把他給弄到了台灣島，但是不管怎麼說，於孝天算是保住了他一條命。
孫元化不是那種性情非常剛烈之人，完全可以之生死與不顧，要不然的話當初在登州城破的時候，他有一千個機會，可以自我了斷，可是他最終還是選擇了苟延殘喘，被叛軍所持之後被釋放了，又想跑回京師之中尋求庇護。
孫元化這個人，對於生命還是相當看重的，於孝天某種程度上來說，算是他的救命恩人，雖然他並不認可於孝天這種做法，可是卻也不得不承認，於孝天救了他的性命。
在孫元化抵達了淡水城之後，於孝天派人給他安排了一個獨院單獨安置，並且對外也沒有公開他的身份，只是稱其為先生，同時還給予了他相當的自由。
孫元化剛到淡水城之後，百無聊賴之際，想要出去走走看看這邊的情況和風景，立即有人便安排他，並且派出專人保護他陪同他，到淡水各處觀看這邊的情況。
甚至連一般人不許進入的水力工廠，孫元化都獲准進入觀看了一番，當孫元化看罷了淡水這邊的農業和工業發展之後，頓時就被震驚了，他絕對沒有想到，於孝天以前只是一個海盜，居然能在這荒蕪的台員島上，經營出這麼一個廣闊的天地。
而且海狼的各種工廠裡面靠著水力帶動天軸，傳動給各種機械充當動力，那些機械發出的轟鳴聲，製造出各種零件和產品，給他帶來了巨大的震撼。
孫元化師從徐光啟，被稱為大明最著名的科學家，接觸了非常多的西方文化，對於算數、幾何以及物理、自然等學科，涉獵都很廣泛，甚至於對於鑄炮，也非常精通，被稱作是大明最著名的炮術專家和火炮專家。
對於機械方面，他也是相當有研究的，可是當他看罷了海狼的工廠之後，卻發現他所學的東西，在這裡簡直太膚淺了一些，這裡的機械是他聞所未聞，見所未見過的東西，這些機械，在旋轉之中，可以切割鋼鐵，鋼鐵在這些機械之中，可以任意被切削成任意的形狀，最終又被組裝成新的機械。
效率之高，是他想都沒敢想過的，打聽了一下之後，他才知道，這些機械居然絕大多數都是於孝天所「創製發明」出來的，這就更讓他感到驚訝到了極點，雖然有人說一些機器是一個叫張鐵匠現在已經改外號叫張機器的人創製的，可是這個張機器卻也是得了於孝天秘傳之後，才有了這本事。
於是孫元化很是好奇，便求見這個張機器，後來居然也被准許了，張鐵匠現在可是個機械痴，見到孫元化之後，也不問孫元化是什麼身份，孫元化跟他談起了機器方面的事情，而且孫元化見多識廣，知識豐富，難得有人能和張機器說上話，於是張機器便立即如同找到了知音一般，和孫元化討論起了機器方面的問題。
孫元化聽了張鐵匠的話之後，起初還覺得張鐵匠為人粗俗不堪，並不像是個讀書人，可是越聊越發現張鐵匠不可小覷，他對於機械方面的事情，非常精通，說起機械方面的東西，可以說是滔滔不絕，很多見解連他都聞所未聞。
問一下張鐵匠，這些東西都是誰教給他的，張鐵匠立即露出了一臉崇拜的表情，說是他們的主公傳授給他的，要不是這輩子他遇上了於孝天的話，他一輩子都是個打鐵的，怎麼也不可能接觸到這樣的神一般的機械學。
孫元化聽罷之後，更是驚訝的要死，在淡水他聽到了許多人張口閉口說於孝天是主上、主公，這可是標準的大逆不道，可是在這些人口中說出來，卻那麼自然，孫元化立即心中暗吃一驚，差點驚呼了起來。
因為他感覺到於孝天弄出這樣的局面，而且身在福建為將，卻並不把這台員島歸入大明治下，卻將這裡經營成這樣一幅局面，明顯是心懷叵測，說他有自立之心，絕對不會虧說他，甚至於孫元化感覺到，於孝天弄不好根本就沒把台灣島這邊的格局放在眼中，其心之大，弄不好連逐鹿中原的心思都有。
於是孫元化真被嚇住了，雖然他是天主教徒，可是畢竟卻是從小讀聖賢書長大，腦子裡面根深蒂固的思想，是忠君思想，歷來都把這天下當成大明朱家的天下，哪兒曾經想過有人想要翻天的事情呀！
就算是建奴鬧得再歡，也不過只是要求大明能給他們一個平等相待的地位，卻也沒聽說過建奴想要謀奪這天下，可是從於孝天這裡，他卻看出了於孝天的野心。
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