公司集團這邊的事業部制改革花費了大約半個多月的時間，劉清泉關於研究院的改革也被提上了議程。
現在的研究院原本有30個一直跟隨的人，再加上這後面陸陸續續到來的500多號人，整個研究院的人數占了公司的很大一部分，好在新來的人大部分時間都還是在接受教育培訓，進行基礎科學知識的鞏固、培訓，暫時還沒有下達研究任務。
劉清泉考慮了很久之後，還是決定按照阿爾法文明的科研體制來改革研究院，現有的管理制度在先階段來說還是適應當前的生產力水平，但是未來科技發展速度越來越快的時候，這個制度就會顯的不適應，它的弊端反而會阻礙科學技術的發展。
阿爾法文明的科研製度是經過無數年的實踐和探索才最終形成，也是宇宙高等文明通用的一種科研製度之一，能夠非常有益於促進自身文明科學技術的發展。
其中最重要的一條就是科研人員等級制度，將進行科學研究的人員進行等級劃分，一來像是軍銜一樣是一種榮譽，二來也跟相應的待遇、資源配置等等掛鉤，三來給科研人員一個向上奮鬥的目標，知道自己的級別，也明確下一個級別達到的標準，科研人員就更加有動力。
劉清泉將科研人員的等級設置為9級27階，每一級分為初段、中段、高段，1-3級算是初級科學家，4-6級別算是中級科學家，7-9級就是高級頂尖科學家，當然每一級劃分劉清泉都給了詳細的標準，比如在劉清泉第一次去洪城航空工業大學招聘的時候出的題目，按照劉清泉標準，能夠做到滿分的就應該勉強達到了1級初段，具有紮實的理科功底，能夠熟練的引用現有理論知識，同時對理科抱有非常巨大的興趣，勉強能算1級初段。
現在研究院大部分的新近人員，應該差不多勉強能算在1級初段，而像那30個一直跟隨劉清泉，且修煉了專門為科研人員開發的元力法門，這些人根據各自天賦、勤奮等，大概可以劃分到1級初段到高段之間，天賦好的也勤奮的，像江志鵬、莫青冥等人可以勉強達到1級高段的水平，其他天賦不高的也就是1級初段和中段。
當然，雖然說這30個人的水平只能算到1級裡面，但是放在地球科學界來說，這些人可都是最頂尖的科學家，大腦開發度高、思維活躍、記憶力超高、精力充沛……這些因素都是決定一個科學家價值大小的重要的標準，修煉專門給科研人員的元力法門，江志鵬等人大腦的開發度早就超過地球上最有名的愛因斯坦，而且江志鵬等人一個個脫離了厚重的近視眼鏡，精氣神等等各個方面都有非常顯著的提高，隨便一個出來百米賽跑都能跑贏世界冠軍，這也是他們30個人死死的跟隨劉清泉的重要原因之一，誰都希望自己有一個好身體，革命的本錢雄厚了才能更好的享受人生。
如果說地球上大部分的科學家處於1級階段的話，這一階段的科學家大部分從事的研究都是在原有的理論基礎上進行拓展，就像是一棵樹枝上的樹葉，連樹的分支都還不是，沒有開創出屬於自己的分支理論。
2級和3級的科學家就需要在原有科學理論的基礎上，有重大的開拓新發現，能夠提出自己的分支理論，這樣的科學家根據分支理論的大小可以劃分2級-3級，像哥白尼這樣的能夠在原有理論的樹幹的基礎上提出重要分支的，就可以算是3級科學家。
而4級-6級的科學家就是像阿基米德、巴斯德這樣的能夠依靠自己的研究而發現全新的理論，就是靠自己的能力種出一棵新的樹，而不是在別人種的樹上開拓和發展，根據這些人提出的理論能夠開拓、發展出的重要性劃分為4-6級科學家。
那麼像牛頓、愛因斯坦這樣的天才科學家就可以算到高級科學裡面去，他們開創的理論足夠後輩的科學家不斷的去開枝散葉，他們種下的科學種子是一顆能夠長成為擎天巨樹的科學種子。像牛頓奠定了物理力學，開創了經典物理力學原理，奠定了近代物理學的基礎，其中關於力學的牛頓三定律被譽為是物理學的基礎；而愛因斯坦的相對應，著名的質能方程式，詳細了物質於能量的關係，使一個指甲蓋大小的物質也能完全釋放出巨大的能量成為可能。
像牛頓、愛因斯坦這樣的科學家才是一個文明最寶貴的財富，每一個高級科學家的誕生都是一個新的科學體系 發展的開始，他們是文明的珍寶，宇宙法則的發現者，也是最為難得的寶貴財富。在宇宙文明中，每一個像這樣的科學家都被宇宙元力修煉有成的高手進行洗髓伐脈，改造他們的身體、基因等等，讓他們能夠修煉元力法門，儘可能的提高的他們的壽命，延長他們的價值，每一個文明都死命的想提高自己文明高等科學家的數量，那是衡量一個文明等級的重要指標，也是提高文明等級的重要依靠。
科學家等級進行了劃分，相應的待遇也是進行了調整，基本的工資劉清泉毫不吝嗇，即便新進來的都劃分到1級初段，工資待遇也都有30萬的年薪，那些一早就跟隨劉清泉的，但是成就並不太高的，劉清泉也都將他們劃分到了1級中段，薪酬待遇有50萬以上，至於像江志鵬、莫青冥一些劃分到了1級高段，薪酬待遇都是年薪過百萬。
當然薪資只是待遇的一部分，劉清泉賜予的宇宙元力法門才是最寶貴的，也許他們的薪酬並不算太高，放在世界水平來說只能算一般，但是傳授元力法門就瞬間讓所有的人都知道這個才是最重要的寶貴待遇，有修煉法門其他的都是浮雲啊。
薪酬和修煉法門外，清泉科技其他員工有的年底分紅，分配飛行汽車、未來清泉社區分房等等待遇自然是一個不能少，而且比起普通職能、生產人員來說，科學院的人要更加的優厚，可能別的員工分配的是套房，他們分配的就是別墅了。
同時劉清泉還對相應等級的科學家能夠申請的資源進行了相應的劃分，普通1級初段的科研人員每年可以申請50萬的研究費用，這些費用可以用來購買材料、研究設備等等，當然50萬其實也做不了什麼事情，只是要告訴他們你們也是科學家，也可以有自己的研究經費，可以研究自己感興趣的研究課題。
1級中段就可以申請成立自己的研究小組，配給幾個初段的助手，擁有200萬一年的研究經費；1級高段的就可以成立自己的實驗室，擁有幾個研究小組，配給完善的其他服務人員和獨立的實驗室，還可以借用劉清泉從種子空間拿出的研究設備，每年的研究經費至少也是有上千萬，如果需要更多經費也是可以向上申請。
當然配給科研人員的研究經費，並不是以金錢的形式發放給他們，只是告訴他們在這個額度內，他們可以調用的資源，經費是以資源的形式下發，需要的設備也是購買好給你，這也是為了轉款專用的原則。
劃分好了科研人員等級和相應的薪酬待遇以及資源配給，劉清泉還對未來要進行的科研項目進行了劃分，成立了幾個子研究院，材料物理學研究院、化學研究院、生物學研究院、航空航天研究院、信息科學技術研究院五個子研究院。
30個原先跟隨自己的都撥給資源，允許成立自己的研究小組，個別拔尖的可以成立自己的獨立實驗室，新來的幾百個人當中也有一些是非常優秀的，劉清泉也大方的給於對方1級中段的待遇，允許成立自己的研究小組。
研究院的改革進行的非常順利，所有的研究人員都看到了自己的未來發展的方向，那就是和玩遊戲一樣不斷的升級，努力修煉元力法門，學習科學知識，勤奮專研科研項目。
公司經過這麼一系列的改革，所有的事情都走上向了正規，為日後的發展奠定了堅實的基礎，公司的員工大多數都得到了妥善的安排，既照顧了老人，同時也對有才華的新人給於了大力的提拔，那麼多個子公司未來會產生成千上萬個領導崗位，現在在公司的一員，只要不犯錯誤，不離開公司，未來都會是公司的管理階層，最早的那一批員工現混的好如廖斌、胡輝榮、馬利這樣的才出校園一年的都已經是總監、董事級別，實在是能力不行，靠關係進來的如劉清泉那些表兄弟們也都安排在相對不重要的領導崗位，雖然不重要但好歹也是領導崗位，待遇什麼的都不會少。
很多後來進來的新員工，有表現優異的也都安排在了基層領導崗位，這讓其他一起到來的新人感到鴨梨山大，一起進公司的，短短一個多月就已經出現巨大的差距，領先一步成為領導，後面就有可能會拉出更大的差距，所有的新人放佛看到了什麼一樣，工作、學習起來更加的拼命，一再強調不鼓勵加班，可還是有無數的員工天天自發加班到很晚，其中研究院的人更是發狠，天天晚上下課之後還要充電到很晚，正是有壓力才有了動力！