第154章 Sanger基因測序法
吳哲閃過剛剛看的資料,腦中是有那麼一點想法的。抬頭回道:
「嗯,有點想法,可是資料和數據還是太少,我需要鄭師兄幫我一起弄數據。」
唐夢精神不由一震,她是知道吳哲不是信口開河的人,連忙道:
「其實你可以直接開口的,鄭師兄人不錯,對我們這些學弟學妹還是很照顧的。」
吳哲點了點頭:「呃,我看出他人不錯,不然也不會真想著幫他減肥。真當我沒事喜歡給人畫畫啊!」
「那你給我說說,你有什麼想法?」唐夢露出好奇的神色。吳哲這才來一個上午,就有所發現。她也想聽聽吳哲的想法,科研不怕錯,就怕沒方向。
吳哲笑著道:「說起來容易,可能不能實現還兩說呢?我覺著有兩個方面可以著手,一是更換現在統計數據的算法,從數學方面入手,看能不能優化。第二則是考慮能不能更換以前的測序方法。」
唐夢聽完也是連連點頭。對著吳哲說道:「阿哲這兩種方法第一種還有可能,但是第二種的話很難,現在的測序標準你應該也知道,兩種方法都是二十多年前的方法。經過這麼多年了,從來沒有人再提出新的理論出來。」
現在的基因測序所用方法還是用的上世紀70年代年由桑格(Sanger)和考爾森開創的鏈終止法或者是由馬克西姆和吉爾伯特發明的化學法(鏈降解).
Sanger法的核心原理是:由於ddNTP(4種帶有螢光標記的A,C,G,T鹼基)的2』和3』都不含羥基,其在DNA的合成過程中不能形成磷酸二酯鍵,因此可以用來中斷DNA的合成反應,在4個DNA合成反應體系中分別加入一定比例帶有放射性同位素標記的ddNTP(分別為:ddATP,ddCTP,ddGTP和ddTTP),然後利用凝膠電泳和放射自顯影后可以根據電泳帶的位置確定待測分子的DNA序列。
這個方法現在是主流測繪方法,後面出現的焦磷酸測序法、連接酶法等等,他們的核心手段都是利用了Sanger中可中斷DNA合成反應的dNTP。所以現在的手段基本脫不開Sanger法。
所以唐夢才會說吳哲想要創造一種新的測繪方法會非常難。
吳哲笑了笑道:「我只是有這麼個想法而已,先從Sanger法上,看看數據計算上面能不能改進下方法吧!然後我要親自試驗下Sanger法的操作,別讓人覺著我進了基因所後,連個上手都不會。」
「那簡單,煩就煩在基因比對和讀取上,Sanger法的操作,基本所里的人都會。要不我教你?」唐夢嬌笑著看著吳哲,難得能碰上吳哲不會的。
「幹嘛這麼看著我?我又沒上手過,當然不會。你還真當我什麼都會啊!」吳哲看著唐夢,忍不住輕輕捏了下她的鼻子。
唐夢下午有課,待到上課前就回去上課了。吳哲則開始研究起前面的實驗數據起來。然後,把兩年來所有的實驗數據全部裝進了腦袋,腦中開始推演這些數據的共性和差異性。也順手拿起了草稿紙開始寫寫畫畫起來。
等鄭義仲回到辦公室,看著已經鋪了一桌子的草稿紙。開口問吳哲道:「我這剛離開幾個小時,阿哲,你這是準備幹什麼?」
吳哲頭也沒抬道:「鄭師兄,你中藥買了?我看看能不能優化一下算法。然後看能不能重新寫一個計算程序?」
鄭義仲立馬放下手中東西,走到吳哲身邊道:「能辦到嗎?這要是成了,那功勞可就大了,現在最缺的就是時間。」
然後目光看向了吳哲所寫的數學算法和模型。然而,他看了寂寞。這滿紙的拉丁符號,一個一個都還認識,可連在一起,那和道家的符籙差不多了。
見鄭義仲一直在研究的樣子,吳哲忍不住問道:「師兄,我上面哪裡有問題嗎?」
吳哲話一出口,鄭義仲拿紙的手都抖了下,然後清了清嗓子道:「師弟,這你算是問對人了,這裡問題大了去了。」
吳哲聽到這話也是一驚,不由放下了筆,抬頭看向了站在身前的鄭義仲。神情也是疑惑地道:「哪裡錯了嗎?你那才一個開頭而已。照理不會出錯啊!」
「嘿嘿嘿,別急嘛!我又沒說你錯,我想說的是你做數學算法怎麼數字都沒幾個的,滿紙都是字母?」鄭義仲尷尬地問道。
吳哲鬆了口氣,然後白了眼鄭義仲。你都看不懂,你還拎著研究個半天。不再理會他,繼續埋頭演算。
數學好就牛啊?得,這次讓一個大一的學弟給鄙視了。可這還真沒辦法。數學好的人牛逼起來是真牛逼,不會起來也是真不會。這數學學到後面就是符號比數字多了。
等到唐夢放學,吳哲還在建模。這可比在大學生數學建模大賽難多了。
唐夢的數學,明顯是過關的。翻著吳哲的演算紙,也大致明白也吳哲的思路。按吳哲的思路進行的話,比對時間可以提高三分之一,別以為這數據不怎麼樣。這已經是很大的進步了。
知道吳哲的思路後,唐夢也加入了進來。兩人搭檔,進度就快了不少。
天也慢慢暗了下來。
鄭義仲對著兩人道:「回去了嗎?我可先走了。」
吳哲笑著回道:「師兄先走吧,別忘了吃那中藥,過幾天看效果。我可還想你幫我的忙呢?」
「那沒說的,只要有用。我必然會遵守諾言。」行了,我就先走了。
吳哲和唐夢也沒到很晚,只要是吳哲不想唐夢餓著肚子陪她。再說演算的數據模型已經通過了他的數學演算。接著就是進行編程了。
「夢夢我們也回去吧!一時半會的肯定弄不好。」吳哲對還在那筆寫算式的唐夢道。
「好呀!等我這邊寫完。」唐夢寫好後,把自己寫的那一部分遞給了吳哲。
吳哲順手拿起後,快速地看了一遍。然後贊道:「真不愧是能壓住一個高中時代的人,這水平可不低啊!」
唐夢回了個你才知道的神情。
吳哲笑著把下午鄭義仲看草稿紙上面算式時的事情和唐夢講了一下。
「我還以為鄭師兄是個高手,也怕自己算錯了,還小心翼翼的看著他,他給我來一句:上面符號太多,數字太少。我差點沒繃住。」
唐夢聽到這,也是「咯咯咯」地笑了起來。
(本章完)