不過這些也並不絕對，就算水無怜奈醒不過來，或許關於黑暗組織的相關情報以及後續行動沒法得知展開。→
但她與本堂瑛祐的關係，以及殺死伊森本堂的事，這其中的真相還是能夠調查出結果的，只不過可能過程有些艱難。
因為水無怜奈的身份成迷，所有的一切都是偽造的，就連FBI都查不出什麼，只知道她身為組織成員曾經殺害過CIA情報人員伊森本堂。
這本來也沒什麼，水無怜奈身為黑暗組織成員，沒見過血的，那想想也不可能，可偏偏她曾經在還未暴露之前，與諸葛提過她還有個弟弟，希望諸葛若是遇見能照拂一二。
可說是照拂，卻又沒提姓名，只是給他看了弟弟醬兒時的照片，本來諸葛也沒在意，茫茫人海那有那麼巧合讓他碰上。
可偏偏就是這麼巧，在她昏迷之後，本堂瑛祐出現了。
這個與水無怜奈口中的弟弟樣貌極其相似的高中生，還找到了毛利偵探事務所，與毛利小五郎牽扯上了。
但他姓本堂，與水無怜奈曾經殺死過的CIA情報人員伊森本堂一個姓，如果他們是姐弟，那麼就等於是在說，水無怜奈殺害了自己的父親，得是什麼樣的危局，什麼樣的對立才能犯下弒父之舉？
所以，又有另外一種可能，一切都是水無怜奈設下的局，本堂瑛祐非本堂瑛祐而是黑暗組織成員，具體身份不祥，他的出現是為了調查水無怜奈的失蹤。
畢竟外界或許會被她請假這個藉口唬住，但黑暗組織不會。
只是諸葛曾主動調查過本堂瑛祐，發現他是黑暗組織成員的可能性極低，也就是說，他跟水無怜奈的關係，或許真的如他所推測的那樣，是姐弟。
女兒殺死父親，這並不是多麼罕見的事，可是還缺少證據，缺少她的動機，以及證明他們是姐弟的證據。
FBI那邊為此已經展開過調查，首先就是本堂瑛祐的身份，可是在調查途中卻遇到了不明阻力，確認本堂瑛祐的身份不簡單。
調查受阻，在諸葛的建議下，轉頭去調查伊森本堂，確認他的兒女狀況，但具體的身份，如今也仍在調查當中。
本堂瑛祐與水無怜奈是姐弟，這是最好的結果，但也是需要警惕的，因為立場不明，就算關係上是姐弟，那麼身份呢？
是同為黑暗組織成員，還是另有隱情？
這點也是柯南在諸葛提供情報之後的顧慮所在，不是說確認了他們是伊森本堂的兒女之後就可以放心的，畢竟她如今的立場是黑暗組織成員基爾。ღ(¯`◕‿◕´¯) ♫ ♪ ♫ ❻９s𝓱ù𝐱.ℂσⓂ ♫ ♪ ♫ (¯`◕‿◕´¯)ღ
柯南更加傾向於她身為黑暗組織成員，與父親敵對後解決了對方，雖然這聽上去黑暗了些，但更符合實際，那麼本堂瑛祐就是需要警惕的對象。
但諸葛在這份警惕背後，又多了絲感性，他調查所知道的情報，比柯南要多上許多。
比如本堂瑛祐很可能喜歡上了毛利蘭，正在調查她的男友工藤新一，他可不相信一個黑暗組織成員還會談戀愛的，但這一切又都說不準。
畢竟說來說去，這些都是猜測，沒有證據無法坐實，心底自然也不會踏實，所以他雖然感覺上不認為本堂瑛祐是黑暗組織成員，但仍然委託了旁人繼續觀察。
觀古大街，諸葛偵探事務所的斜對面，砂夜子酒吧。
「花花子，小心謹慎，千萬別被發現了。」
「呋呋呋，我的無敵偽裝是天衣無縫的級別。」
「呵呵，單憑這份中二與高度自信，確實沒人會懷疑你。」
諸葛拜託了白天無事可做的脫線三人組，讓她們幫忙調查監視本堂瑛祐。
三人沒怎麼猶豫就答應下來，行動方針更是簡單明了，直接讓三人中最年輕的卡特-扶葉莎-花花子，潛入進帝丹高中跟目標做同學，而砂夜子以及宗像雫則在後方指揮調度。
諸葛剛剛從後門進入酒吧，就聽見了宗像雫的毒舌，確實，以花花子那脫線中二的性格，做高中生最適合不過了，因為本性如此，還不會引起旁人懷疑。
「這個金髮大波妹太礙事了，要不要我們把她約出來，XXXX了？」
宗像雫陰險的看著監控視頻里傳輸回來的影像，花花子被朱蒂拖著回到了教室，因為下一節就是她的英語課。
但花花子是她們的人，而且好不容易找到時機，可以去調查本堂瑛祐的鞋櫃，她們有信心從蛛絲馬跡上推理出這個傢伙的人格屬性，是不是變態，殺手，間諜什麼的，因為私密的空間往往最能展現人的本性。
「你們可別亂來，人家是FBI。」
諸葛站在一旁告誡著兩人，否則以她們那脫線大條的性子，成不成功不好說，但朱蒂絕對不好受，到最後別壞了大事。
「FBI？」砂夜子略感驚訝，「這些人難道也是」
「嗯，他們同樣在調查那個神秘組織，是友非敵，不過他們那邊的情況複雜，或許也被滲透了，總之，你們就當做不知道好了。」諸葛說道。
他到現在，都不算完全的信任FBI，因為朱蒂他們代表不了這個龐大的組織。
或許詹姆斯也有所察覺，所以雖然他沒有提過，但針對黑暗組織的行動，他並沒有特別聲張，以致於行動人手來來回回就那麼幾位。
「好一個保姆。」
宗像雫撇撇嘴，對FBI什麼的不太感冒，因為她們特殊警察，算起來，其實也差不多是一個興致，只不過是對內調查而已。
「總之，你們記住我說的話，當然你們也可以徵詢觀月部長的意見，不過我想她的意思跟我不會有太大差別。」
提起觀月部長，兩個人臉色就變了，砂夜子說道：「還是跟你匯報下調查情況吧。」
諸葛笑了，「好。」
她們在接到諸葛的任務後展開行動已經有三四天，這些天花花子不斷用她自己的方式接近本堂瑛祐，並且進行調查。但結果與諸葛的調查相差無幾。
本堂瑛祐居住在米花六丁目的浮葉公寓，每天就正常上下學，偶爾去毛利偵探事務所看看，並無發現他有與外人聯繫，看上去就是個有些迷糊的高中生。