千戶及其手下的士兵目睹此景，皆瞠目結舌，根本來不及做出任何反應。緊接著，王承恩便開始宣讀聖旨。
聖旨的內容主要是詳盡列舉這些將領的種種罪狀，像貪污公款、吃空餉、非法走私以及與京城朝廷人員相互勾結等等。這些罪名一經披露，讓一些此前並不知曉內情的士兵內心受到極大震動。聖旨的最後，嚴令所有士兵放下武器，接受審查。
聖旨宣讀完畢之際，在山西鎮外隱匿多時的九千錦衣衛恰好趕到，將所有士兵團團圍住。這些錦衣衛之前是不能跟隨王承恩他們一同進城的，否則，總兵必然會有所警覺，畢竟這可是多達一萬的錦衣衛。正因如此，他們直到此刻才現身。
早已混進邊軍的密閣成員，率先帶頭扔掉兵器。人嘛，往往都有從眾心理，有人開始行動，那剩下的人也就紛紛跟風效仿，這是崇禎專門給混進來的密閣成員下達的命令。
至此，整個山西鎮的局勢已然被控制住大半。在這個皇權至上的時代，聖旨一出，再加上錦衣衛的威嚴，即便沒有後續這九千錦衣衛的出現，他們其實也不太敢公然反抗。主將皆已殞命，千戶也盡數被錦衣衛所控制，已然到了無人能夠組織反抗的地步。
再者，這些年來，他們當中大部分人的餉銀髮放本就不足，如今聖旨說得明明白白，其中有一部分竟是被這些將領貪污了，如此一來，他們就更不願意反抗了。
接下來的操作就相對容易許多，依據密閣提供的情報，那些思想容易轉變的，就開始對其進行洗腦；而那些有前科的，則直接拖到角落處置掉。還有那些洗腦的沒效果的，也通通處死，亂世只能用重典。
同一時間，九千錦衣衛開始分兵，前往山西鎮下轄的其他衛所實施控制。如今所有將領均已不在，衛所那邊見是錦衣衛前來，也都未作反抗，錦衣衛很快就順利接管了所有衛所。至此，山西鎮被曹變蛟和王承恩徹底掌控。
剩下最大的難題就是山西府的行政中心——太原城。這裡有巡撫，還有總督，此等皆屬一方大員，若沒有極具分量的人物出面，恐怕難以將其鎮住。
此時，就需要某位大人物登場了，那便是——英國公張維賢。他身旁帶著的錦衣衛鎮巡使也是一位高手，此人是與朱友貞同科的榜眼，亦是當時朱有貞所推舉的幾人之一。
他的職位與朱友貞相同，然而在錦衣衛內部眾人皆知，他的級別稍低一些。為何如今處於同級別呢？原因很簡單，這朱有貞和他，都是通過武舉剛剛嶄露頭角，不能給予過高的官職，能給到四品已然是很高的待遇，若再往上提拔，大臣們定然不會同意。而且這幾人所統領的並非僅僅千人，給予千戶之職也不太合適。所幸都給了鎮撫使一職，待這次山西之事結束以後，再將他們分別晉升到應去的職位。
山西的巡撫一大早便接到通報，英國公帶著皇上的聖旨來了，當即被嚇得心驚膽戰。朝堂那邊他是有關係的，可是卻無人給他傳遞消息說近期會有朝廷的旨意送達。
所以他滿心疑惑，甚至還揣測自己在朝中的關係是否已被拔除？但想來也不應如此。畢竟他們同屬一個黨派，不可能人一下子都沒了吧。
來的可是張維賢，他是絲毫不敢怠慢的，一邊如此思量著，一邊趕忙出府迎接。等到見到來人時，所有的顧慮暫且被壓下，因為前來的不僅有張維賢，還有太監，更有一千的錦衣衛，聖旨也一直被這位老國公鄭重託舉著，這般陣仗，毫無疑問是真的，毋庸置疑。
和偏關的情況相同，召集官員、衙役，並請來了總督，反正大大小小的官員都被召集而來，光是召集眾人就耗費了一個上午的時間。因為張維賢表示聖旨內容與起義軍有關，所有官員都要聽旨，而且還專門調來了一部分總督的兵馬。錦衣衛依照密報點完官員人數之後，向張維賢不動聲色地點點頭，張維賢隨即展開了聖旨。
尚未開始宣讀，這邊錦衣衛就展開了血腥的屠殺，所有官員無一倖免。接下來的流程和偏關如出一轍，宣讀聖旨，掌控府衙。剩下的衙役和總督的兵馬自然是不敢輕舉妄動。這一千錦衣衛的威名，早就將他們震懾住了，不少人甚至忍不住叫好，感嘆陛下終於開始懲治這些貪官了。
其他州縣的情況則更為簡單，諸如縣令這類級別的官員，見到手持聖旨的公公和錦衣衛，皆嚇得魂飛魄散。
當日，整個山西的府衙、縣衙便都被秘密地控制住了。所有人都未曾察覺，整個山西已然發生了天翻地覆的變化。
山西這個地方，說白了就是處在一片山區之中，只要掌控了各個隘口，就會形成進不來也出不去的局面，這也是崇禎選擇山西的原因之一。
第二日開始，所有府兵、邊軍都喪失了反抗的勇氣，錦衣衛於是抽調大半人員，前往各個隘口進行駐守。只有一條命令，關閉城門，不許進，也不許出。有人不聽話，直接斬殺，無需向上稟報。
每個縣裡面，剩下的錦衣衛，都集結到了州府，以防生變。而那慘絕人寰的屠殺任務，就交給那些剛剛降服的邊軍了。經過一天一夜的洗腦，邊軍中已有將近兩萬人差不多能夠勝任。
啟用他們，主要是因為錦衣衛人手不足，又不能幹等著，畢竟多等一天消息就多一分泄露的風險，也只能趕鴨子上架了。反正各個隘口都已有錦衣衛駐守，就算這些人反叛，只要不出山西，局勢仍在可控範圍之內。
曹變蛟第二天就率領這兩萬人出發了，從北向南，一個縣一個縣地推進，一個鎮一個鎮地清查，一個村一個村地屠戮。
張維賢這邊也對總督的這兩萬人馬進行了篩選，如今還剩下一萬五千人，這兵馬都是招募而來，都是些走投無路、活不下去的人，所以其中需要清理的人相對較少。經過簡單的洗腦之後，這些人也紛紛上崗。
他們在錦衣衛的帶領下，前去協助那兩萬邊軍。畢竟那兩萬人是不停留的，殺完就走，總得有人收拾殘局，比如妥善安頓地主家的奴僕，收拾他們的家產並運回太原城。
至於那些安撫百姓、維護秩序的工作，則交給了那些經過各隊錦衣衛篩選並且進行了簡單洗腦的原來的府縣衙役。
邊軍在這個時候必須加快進度，越早完成清洗，山西就越安全。要是消息不慎走漏，那位於山西南面的一些地主之類的人物聽聞在對他們進行誅殺，必然會設法出逃，或者聯合起來抵抗，那樣又得大費周章。
整整用了十天的時間，兩萬邊軍才從山西的北方，一路殺到了南方。
而在山西局勢差不多掌控的時候，王承恩就帶著孫傳庭秘密返回了京城，然後才有了，孫傳庭匯報山西被叛軍占領，朱友貞帶領錦衣衛出征平叛的發生。