在舟山駐守了整整五天，預想中的喪屍瘟疫並沒有爆發，這讓朱由檢多少有些失望，他本來已經磨刀霍霍，囤積重兵，做好了各種準備，沒想到一個喪屍也沒出現。大軍糧草難以為繼，繼續留在幾座荒涼海島上，幾萬人會面臨挨餓的風險。
而且崇禎皇帝的野望早已突破東南，開始向東南亞發展，他不可能將精力長期放在幾個省份上。
鄭芝龍和多爾袞顯然沒什麼聯繫，喪屍病毒也沒有流入東南。
遼東氣候寒冷，喪屍爆發可以想像，然而在東南卻不必擔心這樣的問題。
七月的舟山潮濕而悶熱，人死後還沒來得及變成喪屍，屍體就開始腐爛，戰力自然迅速下降，遠不是明軍對手。
判定後方無憂後，朱由檢便率領三萬明軍繼續南下，準備收復廈門。
八月初，艦隊抵達廈門，駐守廈門的把總早已逃之夭夭，剩下一位海盜頭目與廈門知府。
兩人都是鄭芝龍死忠，沒有死在舟山只能說他們命大，不過在廈門就很難說了。
潛入城內的錦衣衛將城中守軍數量，兵力部署詳細稟告給了朱由檢，崇禎皇帝得以從容應對。
按照原先計劃，潛伏在廈門城中的特勤隊將發動突襲，裡應外合，一舉策應大軍攻城，不過為避免錦衣衛在這種地方遭受損失，也是為了將這把鋼刀用在更重要的地方，崇禎皇帝下令潛伏城中的錦衣衛暫停行動，他將以堂堂陣戰擊潰守軍，讓東南各地的海盜縉紳們見識一下大明皇帝的真正實力，如此才能收到殺雞儆猴的功效。
大軍壓境，方知府大概是對崇禎皇帝作戰信心估計不足，亦或是還不知道發生在舟山的事情，竟然派遣說客前來，向崇禎皇帝遊說一番，大致是說福建從來未與朝廷為敵，朝廷交代下來的剿滅海盜，禁止與海盜海貿，在此都得到了堅決貫徹執行。
那說客說這話的時候，朱由檢已經下令開始攻城，兩軍交戰，不斬來使，不過眼前這位使者表演實在太過浮誇，讓朱由檢產生一種生理上的厭惡。
「拖下去，祭旗！」
上千門紅衣巨炮從海面上發射出炮彈，如雨點般向廈門海防城牆砸去。
曾經固若金湯的廈門海防堤牆，在巨炮轟擊下，很快出現一個缺口，一萬兩千名登陸明軍沿著缺口進入廈門主城，鎮守內城的一千多名戰兵在明軍開始轟擊城門時便潰散大半，剩餘一些家丁見黑壓壓的明軍主力衝過來，幾個亡命之徒上前阻擋，旋即被火銃兵打成了篩子，剩餘家丁連忙丟下守城器械，匆忙向內城逃去。
不破不立是崇禎皇帝信奉的法則，只有將舊有的秩序徹底打破，才有可能建立新的富有朝氣的秩序。
廈門知府方一藻聽聞朱由檢率大軍來攻，未作任何抵抗，便棄城而逃，他乘坐一艘荷蘭人飛剪船，攜帶金銀細軟，連夜逃往台灣，那裡是所有反明勢力匯合的據點，也是他們最後的希望。