崇禎二十七年五月十五日，六萬明軍分東、中、西三路，在平南王李定國，兵部尚書張國維，台州游擊益田素子率領下，在浙東一戰擊敗倭國援兵，陣斬倭將田川七左衛門，田川七左衛門的另一個身份是鄭芝龍之子，是鄭森也就是鄭成功的胞弟。
朱由檢宅心仁厚，近來佛法頗有造詣，《金剛經》已經抄寫到第一千三百十七遍了，而且這位田川七左衛門在歷史上風評頗佳，後世倭國平成廢宅還將其作為偶像······朱由檢本不想妄殺，奈何田川七左衛門不遠千里從長崎趕來送死，而且臨行之前還將朱由檢設立在伊豆、薩摩、長崎等地的商業據點全部破壞，殘害明國商人無數，考慮到明國接下來將開拓東南，商業版圖將拓展到東南亞澳洲等化外之地，類似田川七左衛門這樣冥頑不靈之徒，不殺不足以彰顯天威。
於是這位原本歷史上可以安享晚年的田川七左衛門，在崇禎二七十年，被大明皇帝下令押送回京，凌遲處死，以儆效尤。
擊敗倭國援兵後，鄭氏盤踞舟山的艦隊很快被全部殲滅，三萬多冥頑不化的海盜或死或傷，考慮到這些海賊屢教不改，教化成本較高，崇禎皇帝下令，十三歲以上者，皆處死，屍體拋入大海，餵食鯊魚。
鄭芝龍高薪招募的荷蘭僱傭兵以及兩千多名幕府殘部，戰鬥到最後一刻，給明軍重大殺傷。朱由檢對這些人的堅毅果敢頗為欣賞，除將其將領斬殺外，其餘人等，既往不咎，皆送往北直隸血汗工廠，他們的餘生，將在礦場莊園中，發揮更大的價值。
舟山海戰，前後持續半月，附近海域，盡被血色染紅，上千艘海盜戰艦被擊傷擊沉，除十幾艘飛剪船僥倖逃脫，其餘全部覆滅。
縱橫大明東南海域十餘年，一度聽封不聽調的福建鄭氏，終於迎來了它的末日。
五月十七日，明軍正式登陸舟山，掃除鄭氏殘餘勢力，當天下午，賊首鄭芝龍及其親信藏匿之處被明軍發現，罪魁禍首鄭芝龍偽裝成水手，在一艘即將離港的飛剪船上被李定國手下截獲。
一起被俘的還有鄭森、鄭彪、鄭一虎等人。
鄭氏一族在舟山幾乎被一網打盡，除了幾個駐守廈門的鄭氏部將，其餘人等皆被朱由檢擒獲。
「你就是鄭森，崇禎十七年，朕不是賜你名叫鄭成功嗎？為何不用呢？」
鄭森歪著頭，一副大義凜然狀，眉宇之間卻流露出年輕人常見的桀驁不馴。
跪在他旁邊的東南王鄭成功滿臉堆笑，他雙手被反綁，卻不停朝崇禎皇帝扣頭。
「皇上，臣一時糊塗，聽了紅毛人鼓動，這才冒犯天威，臣有罪，皇上寬厚，不要殺臣！不要殺臣！」
他邊說邊使勁兒磕頭，朱由檢一臉肅然，目光投向遠方，見皇上這樣，鄭芝龍連忙扭著身子往前，想要朝朱由檢身上趟。
「皇上，臣冒犯天威，臣有罪，臣願獻出家財，獻出白銀三百萬兩，只求饒臣全家性命·······」
朱由檢臉上露出淡淡笑容，他對鄭芝龍的道德水準本來就不抱什麼期望，知道他會求饒，就像原本歷史上他面對滿清招撫時表現的那樣。
聽到三百萬兩這個數字，朱由檢嘴角微微抽動了一下，他知道鄭氏家族很有錢，卻沒想到竟然如此有錢，三百萬當然不是鄭氏的全部資產，不過鄭芝龍若真能拿出這筆錢，崇禎是可以饒他不死的。
「鄭大人，朕委任你為福建總兵，對你信任有加，你卻懷狼子野心，今日之事，三百萬兩，只夠買一人性命，你選吧？是要你自己性命還是你家公子，你家公子好像也不止一位啊。」
朱由檢說罷，回頭望向李定國張國維等人，充滿驚詫道：
「福建鄭氏，真是富可敵國啊，朕的大明，一年下來戶部收入也不過區區千萬兩，他們一下子就能拿出三百萬兩，真讓朕刮目相看，」
為對抗大明，鄭芝龍將全部財力都投在了艦隊上，朱由檢並不相信他現在還能拿出三百萬兩銀子，所以才讓他們父子三人只能選一個活，當然這樣做也是對這位海盜的最後折磨。
「臣，臣沒有這麼多銀子啊······」
身材高大肌肉爆滿的崇禎皇帝站在旁邊冷冷望著他不說話，雙眼血紅的益田素子已經開始朝左輪手槍中裝填子彈，鄭芝龍見識過這把左輪手槍的威力，他親自見到一顆子彈就可以把人頭轟掉一半，他全身發抖，汗水順著臉頰嘩嘩往下流。
「只能選一個，臣選，臣選，」
鄭芝龍還要說話，旁邊鄭森忽然狂叫起來，對他父親大聲道：
「父親，不可相信崇禎，崇禎連人都吃，十惡不赦，言而無信，這些年被他騙過的人不計其數，父親不要被他騙了，一兩銀子都不要給他，咱們在廈門還有上萬兵馬，他想要攻占廈門，沒那麼容易！」
朱由檢望著這個落魄英雄，臉上洋溢著勝利的喜悅，鄭森還要說話，忽然一計重拳砸在他胸口，他雙手被繩子綁住，沒法去擋，身體重重挨了一下，退後幾步，四腳朝天，摔倒在甲板上。
朱由檢笑呵呵望著地上的鄭森，哈哈大笑道：
「卿本佳人，奈何做賊？！你的弟弟田川七左衛門，朕已經先行送他上路了，實話給你說了吧，你和你父親，也不能苟活，即便朕想饒你們性命，天下百姓也不會願意，東南沿海遭受倭寇燒殺的百姓也不願意！」
鄭森不再叫罵，他被兩名明軍士兵按住跪倒在地，歪著脖子望向朱由檢。
「無恥暴君，要殺便殺，無需多言！父親！孩兒先走一步，你要跟緊了，「
朱由檢淡淡道：
「贊草不除根，春風吹又生，這次，鄭氏一族，一個也不能留，朕不會接受俘虜，不過你們暫時還不能死，如今天氣炎熱，屍體不易保存，所以你們幾人性命暫時留下，等大軍返回京師，關押詔獄，秋後問斬，傳首九邊，讓天下人都知道阻擋大明中興是什麼下場！」