林一理科成績很差，用班主任老師的話來說，你物理化學加起來都沒有60分，讀什麼理科。]|I{•------» «------•}I|[為了跟周小梔在一個班上學，他哪會管其他的。在他的堅持下，班主任只能同意他讀理科班。
接下來是林一和周小梔的高中生活，他們一起上學、一起看電影，一起早戀問題被老師教育，被老師請家長，其間穿插了一些歷史事件，比如大使館被炸。
陳佳怡覺得方致遠和周東雨演得很好，演出了那種青澀的、懵懂的、怦然心動的、小鹿亂撞的校園戀愛的感覺。不過她覺得這是應該的，方致遠還沒有滿24歲，剛離開校園不久，而周東雨才22歲，現在還是北電的學生，他們演學生是手到擒來。
她覺得這部分內容拍得不是很好，導演想把自己記憶中青春的細節都放進去，講了很多東西，但都沒有講透，導致情節十分跳躍，槽點漫天飛。如果導演不這麼趕，在細節上多下一點功夫，電影會出色很多。
雖然電影槽點不少，但還是敵不過方致遠和周東雨無敵的青春。
她真的挺喜歡這部電影。
跟所有高三學生一樣，林一也面臨填志願的問題。他希望跟周小梔一起上大學，毫不猶豫在第一志願寫下北平大學，因為周小梔想考北大。他告訴周小梔自己一定會考上北大。周小梔看了看他的志願表，第一志願是北平大學，第二志願是廈門大學。
鏡頭切到機艙，林一收回記憶，回到了現實。他微微嘆了口氣，眼睛裡是說不出的憂傷，最愛的女人馬上要結婚了，可新郎不是我。
林一回到家裡，見到了久別的父母。吃過晚飯，他回到房間，打開木盒子，拿出了那張他跟周小梔的合影，再次陷入回憶。
時間回到了1999年9月13日，林一到大學報導，他沒能考上北大，考進了廈門大學計算機系。🐸👊 ♞💲他做夢都沒想到自己會在廈大跟周小梔重逢。據周小梔自己說，她高考沒有考好，發揮失常了。
時間很快來到千禧夜，林一和周小梔在海邊散步，一起看煙火表演。林一問周小梔，馬上要到新千年了，你有什麼願望嗎？周小梔說，第一次見面就說了，想去斯坦福上學，還有一個願意不告訴你。林一堅持要知道。周小梔便告訴他，想在教堂辦一個獨一無二的婚禮，跟誰都不一樣。林一馬上表示，我答應你了。周小梔嬌嗔道，關你什麼事啊，你呢，你有什麼願望？林一想了想說，我想帶你去只有我們兩個的地方。
林一借來一台拍立得相機，在漫天煙花的背景中，拍下了那張放在木盒子裡的照片。周小梔終於答應林一做自己的男朋友，但她提了一個條件，每天只給林一五分鐘做自己的男朋友，而且還有一個前提，必須通過四級考試。
林一英語不好，想要通過四級很難，但他的室友做出了竊聽器，他們便利用竊聽器作弊，順利通過了四級考試。周小梔為了獎賞林一，將每天的戀愛時間增加到了20分鐘。之後由於林一跟同學打架，被學校處分。為了懲罰他，周小梔將戀愛時間縮短為13分鐘。
看到這裡，很多觀眾有點受不了周小梔，尤其是方致遠粉絲覺得周小梔太作，我家小遠這麼帥，跟他談戀愛是天大的福氣，你不但不珍惜，反而拼命折騰他，簡直太過分了。
粉絲們忍不住小聲滴咕起來：「周小梔好作啊，哪有這麼折騰人的！」
「我覺得這裡有點假，林一這種長相不管在那個大學都絕對是校草，不知道有多少女生喜歡，不知道有多少女生給他遞情書，周小梔怎麼敢這麼折騰他，難道她不怕林一受不了她的作，轉身跟其他女生好了？」
「我也覺得有點假，現實中要是這麼作，肯定會分手！」
「……」
聽到周圍粉絲的議論聲，陳佳怡露出了笑容。Ϭ९ʂհմ×.çօʍ她想起了電視劇《蝸居》，編劇六六想讓柳雲龍演宋思明，但導演滕華濤告訴六六，柳雲龍太帥了，根本不需要耍手腕，海藻都會心甘情願的跟他滾床單，大家會覺得帥哥美女在一起很正常，那你要展現的深層次的東西就會被忽略。
現在《同桌的你》出現了類似的問題，如果林一長得稍微普通些，周小梔這麼折騰，完全說得過去，但方致遠實在太帥了，不知道多少女生想要跟他滾床單，怎麼可能任由周小梔折騰，觀眾看到這裡就會覺得出戲。
電影繼續，林一接到了周小梔父親的電話，周父告訴他，去斯坦福一直是周小梔的夢想，但現在她不想去斯坦福了，他知道林一跟周小梔關係很好，希望林一勸勸周小梔。他還告訴林一，周小梔當初為你放棄了北大，現在不希望周小梔再為他放棄斯坦福。
林一覺得是自己拖累了周小梔，不想再拖累她，便提出分手。到了這個時候，周小梔也終於敞開了心扉，說出了心裡話。兩人緊緊擁在一起，他們感情因為這次爭吵增加了幾分。他們到酒店開房，完成了人生中的第一次。
跟國內所有的青春片一樣，《同桌的你》也出現了懷孕打胎的情節。周小梔懷孕了，她去找到林一商量的時候，林一手足無措，反而問她該怎麼辦，這讓她格外難受。
做完人流手術後，周小梔在寢室大出血，被送進了醫院。林一到醫院看周小梔，被她父親趕了出來。周小梔本來就對林一有點失望，住院期間林一竟然不來探望之間，她就更加失望了。身體康復後，她正式向林一提出了分手，將給林一的13分鐘收回。
時間很快來到了2003年，非典型肺炎來了，林一因為發燒被送到隔離室里。周小梔看到隔離樓有人因為感染非典被救護車拉走，擔心林一也被感染，晚上她叫上林一室友，搭上梯子爬到二樓要帶林一走。林一根本不聽她的，反而讓她趕緊走。
周小梔見林一不理自己，準備回床上睡覺，焦急萬分。她深吸一口氣，舉起手電筒，勐然砸在窗戶上，將玻璃砸得粉碎。
林一快步衝到周小梔面前，生死咆孝道：「你瘋了嗎？你！」他手忙腳亂的撒開一個醫用口罩，飛快地給周小梔戴上：「我都和你說了，這樓裡面有病毒！如果我被傳染怎麼辦？」
周小梔態度非常堅決：「我不管！要病就一起病！」
林一暴跳如雷，大聲吼道：「你馬上給我回去！馬上！」他又沖陪周小梔一起來的室友吼道：「李瀟，把她給我帶回去！」
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周小梔沒有絲毫畏懼：「要是你不出來，那我就進去！」
林一簡直快瘋了：「你怎麼這麼倔啊！」
周小梔目光突然變得溫柔起來：「你不是說，要帶我去一個只有我們兩個人的地方嗎？」她的眼眶噙滿淚水，哽咽著道：「要是你有什麼三長兩短，誰陪我去啊！」
林一怔怔看著周小梔，感覺鼻子發酸，眼睛不由自主地紅了。
眼淚從周小梔的眼淚里滾落出來：「哥哥，我把13分鐘還給你！」說到這裡，她將右手伸向林一：「跟我走吧！」
林一瞬間淚崩，快步上前，緊緊握住了周小梔的手。
幾乎所有觀眾都被周小梔的勇敢和執著打動，也被他們真摯的情感打動。雖然林一和周小梔因為誤會和矛盾分手，但他們心裡始終掛念和關心著對方。很多觀眾都紅了眼眶，甚至淚流滿面，一些女觀眾更是控制不住情緒，嗚嗚哭了起來。
陳佳怡也看得淚流滿面，不住掏紙巾擦眼淚。非典的時候，她正在讀大學，當時北平的大學全部封校。她男朋友在另外一所大學，為了跟她見面，男朋友每天都從學校翻牆出來，跑到他們學校外面跟她相會。那時候她以為會跟男朋友好一輩子，可後來還是分手了。
逃出隔離樓後果嚴重，有可能造成非典在學校大規模傳遍，林一他們被學校嚴肅處理，背上了留校察看處分。在學校公開處理他們的時候，他們的手緊緊牽在了一起。林一問周小梔，我能不能把13分鐘要回來。周小梔笑著說，我給你14分鐘。
畢業季來了，周小梔開始為考斯坦福準備。林一考不上斯坦福，他不願意跟周小梔分開，決定去美國公司應聘，這樣他就可以去美國陪周小梔。他全力以赴，不斷到美國公司面試，並最終拿到了職位。
畢業散夥宴過後，林一的畫外音再次響起：「2003年7月11日，禮拜五，我理所應當的和周小梔踏上了這片陌生而滿懷想像的土地。」
與此同時，銀幕上出現林一和周小梔在美國的畫面，手挽手在時代廣場逛街的畫面，在大橋上騎自行車的畫面，在中央公園野炊的畫面，最後甚至出現了林一和周小梔結婚的畫面。
林一略顯感傷地道：「記憶總是喜歡添油加醋，它會朝著你期待的方向修改。當你欣喜若狂之時，偶爾的馬腳會將你突然驚醒。這時你才會真正體會到，記憶並不等於真相。」
現場觀眾中很多是學生，平常看的電影不是很多，沒有看懂這一幕。他們小聲議論起來：「這是怎麼回事啊，林一和小梔一起到美國了，而且都結婚了，他們怎麼會分手啊，小梔又怎麼會嫁給其他人啊？」
「是啊，小梔後來回國了嗎，他們為什麼分手啊？」
「小梔穿婚紗的樣子好漂亮，林一也好帥啊，他們真的很般配啊！」
「……」
陳佳怡看到這裡，心裡感慨萬千。這一段明顯是在模彷《陽光燦爛的日子》，這些內容都是林一想像的。林一說「記憶會朝著你期待的方向修改」，而電影中出現了他跟周小梔結婚的畫面，說明他從來沒有忘記周小梔，一直幻想著她結婚。