拉格朗日4，殖民衛星榮譽。
這顆為了讓人類的腳步擴展在宇宙中的殖民衛星此時卻成為了一場密謀的中心點。不管是聯邦組建不到數年的A-LAWS，還是與此對抗的反ZF組織Katharon，都不約而同地圍繞著榮譽開展著自己的行動。一場風暴，不，應該說是自聯邦在擊敗天人後，將當時的聯軍轉化為A-LAWS那時候開始，這場風暴就已經開始出現了。眼下，只不過是風暴加劇的前夕而已。
遠方，距離榮譽還有2300距離的宇域中，一艘嶄新的戰艦正緩緩地向著位於前方的那顆殖民衛星移動。這是聯邦部隊A-LAWS最新型的宇宙巡洋艦。為了鎮壓隱藏在宇宙中的反ZF組織以及維持繁榮宇域的治安問題，這艘宇宙巡洋艦由此誕生。
亞瑟·古德文。身材臃腫的他此時已經成為A-LAWS的准將，實權准將。這艘嶄新的宇宙巡洋艦便是其的座艦，所有物。這一次，在發現了Katharon的蹤跡後，這位胖准將更是直接下達了進攻命令。
於是，由A-LAWS最新銳MS先驅式以及厄運式III組成的先驅式第一小隊便馬上準備出發。然而，就在他們出發的時候，艦橋的哲江中校卻突然提醒了帶隊的茲寧上尉要注意一下初次實戰的3號機機師沙慈·克羅斯洛德准尉，讓其感受下實戰的氣氛便可以了。
對於上級的命令，也出於對初次上陣的部下的關照，茲寧上尉很是乾脆地答應了來自哲江中校的提醒。然而，就在茲寧上尉帶領著自己的小隊出發的同時，在遠方也同樣有著一艘戰艦正盯著他們的一舉一動。
米麗娜·維斯達。這名綁著雙馬尾的青春美少女是伊昂·維斯達的女兒。她的加入是為了接替已經與里西典達爾·傑利成婚的克莉絲汀·席耶拉的崗位。因此，現在在托勒密II上執行CIC職務的人便是這位青春美少女了。
此時，她正在和處于格納庫中的提耶利亞進行通話。
「聯邦的最新型宇宙巡洋艦正在向榮譽發起進攻。」
可還沒有等米麗娜說完，她的父親，伊昂便一下子擠進了畫面。
「正如王留美所說那般，A-LAWS那群傢伙是準備向榮譽發起襲擊。」
提耶利亞緩緩地點了點頭，說道：「讓熾天使出擊吧！」
伊昂揚了一下眉毛，應了一聲後便馬上開始了熾天使出擊的準備。
看著眼前緩緩在起降機的托舉下進入彈射通道的熾天使，提耶利亞突然開始有了一種名為期盼的心情。本來在這數年間，提耶利亞在何莫名的幫助下，成功地獲取了VEDA的控制權之後，就一直隱藏在幕後旁觀著人類社會的發展，以及那位身為同伴，卻有著妄想成為神明的存在。
利馮茲·阿爾馬克，同樣是原始變革體的他，不履行自己的職責，反而妄圖控制全人類，奪取伊奧利亞計劃。這實在是讓始終堅決貫徹伊奧利亞計劃的提耶利亞感到氣憤，以及可恥。
但提耶利亞最終還是忍住了想要處決利馮茲的衝動，因為他知道何莫名之所以會留著利馮茲不處理，肯定是為了讓利馮茲處於一己之私去凝聚人類的統一。這一點在隨後的數年間，更是得到了證明。而如今，事態的發展已經隱隱到了需要天人再度復活，重新介入的時刻了。於是，一直處於數據狀態的提耶利亞重新進入了久違的肉體，再一次出現在了伊昂等人的面前。
只是，在這一刻到來的時候，他們還會回來嗎？
登上了熾天使的提耶利亞一邊開啟熾天使的系統，一邊想道：「會回來的。約定既然已經定下，那麼他們就肯定會回來的。不管是皇·李·諾瑞加，還是洛克昂·史特拉托斯，亦或是疾風。」
與此同時，距離L4殖民衛星榮譽更為遙遠的某處宇域中。
廣闊無邊而又漆黑深邃的太空中似乎出現了一絲難以被人察覺的漣漪，似乎是有些什麼東西隱藏在這深邃的黑暗中，悄悄地觀察著地月系中的一切。
一雙美目收回了放在屏幕上的目光，輕輕嘆息了一聲後，充滿智慧和知性的聲音緩緩響起了。「看樣子，我們已經離開了這裡四年時間了。而如今的情況，我從VEDA上的資料庫得知並沒有超出我們在四年前的所做出的預期估計太多。」
「嗯。」一聲男聲從一旁響起，他在回應著女子的話語。「這樣一來，我們可以施展的空間就大得多了。」
「呵呵。我的將軍大人。」豐滿的身材翩翩迴轉，親密地依偎在男子身上。「如果是我們四年前離開的數人規模的話，我倒是會傷腦筋。然而，現在，就算是地球的形勢發生天翻地覆的變化。我也不會感到一絲煩惱。畢竟，我的將軍大人竟然把他的艦隊給帶回來了。」
「哈哈。」男子乾笑了一聲，他在回來這個世界之前做出了一個驚人的決定，那便是將屬於他的艦隊半數以上的戰艦全數帶到這個世界中，為最終任務作準備。而韋羅斯也並沒有讓他感到失望，在其進入世界的一剎那便立刻發布了任務。
這一次，韋羅斯一次性地將關係這個世界人類生死存亡的關鍵任務全數頒布。
第一、在三年時間內完成人類政權，軍事，社會各方面的統一，並成立擁有高度統一的聯合政權為地球人類文明在未來的對話中爭取一絲生機。方法不論。
第二、擊敗跨越星系，妄圖同化地球人類文明的異星文明。
任務內容無比簡單，卻又無比艱巨，而且又環環相扣。第一個任務不完成的話，他們這一方就要在缺乏地球人類文明的龐大資源支撐下，迎擊跨越無數星系而來的異星文明了。就算是他們本身就攜帶了一支強大的艦隊到來，也無法在孤軍作戰下，做到面面俱到。
畢竟再強大的艦隊，也無法顧及到一些不必要的地方，也不能被一些繁瑣的事情去拖累精力，從而讓戰力下降。因此，地球人類文明的重要性確確實實地凸顯了出來。
沉默地看著投影屏幕上的那顆星球之後，男子低下頭看著正依偎在自己懷中的女子，緩聲道：「麗莎。按照原計劃去安排吧！另外，洛克昂想必也等不及了吧。就讓他去下L4那邊和我們的老朋友打打招呼吧！」
被喚作麗莎的女子緩緩點頭，在揚起頭吻了吻男子的下巴後，俏皮地說道：「那麼，我先下去安排了。我的何將軍。」
「去吧。」
原來這對男女的身份便是何莫名以及九條麗莎。在糾集了手上絕大多數力量之後，何莫名一行人便在韋羅斯執行終極卡片的力量下回到了高達00世界。
此時，何莫名帶來的力量有作為其旗艦的MACROSS菲尼克斯，以及以金剛，武藏為首的蒼藍海霧艦娘，總數人數近三百之多。機師部分更是有以洛克昂，格拉漢姆，阿爾黛西亞等人為首的精銳機師組成的部隊。這並不是為了征服地球人類文明，而是為了在最終決戰將勝利掌握在手中。
雖然已經在超維要塞中經歷了數個任務世界，也見識過廣闊無比的宇宙中所具有的多姿多彩，形式各異的文明。但在何莫名心中，依然是有著年少時閱覽科幻書籍時所銘刻在心中的那道法則——黑暗森林法則。而這一道法則在經歷了數個任務世界後，終於在即將迎來異星文明的高達00世界中發芽，迅速壯大，漸漸地開始主導著何莫名的思想。
非我族類，其心必異。
何莫名清楚地記得在劇場版中，人類方最終是依靠著格拉漢姆的捨身一擊，為剎那開闢了通往ELS核心的道路，最終讓幾乎覆滅的人類艦隊獲得了一絲生機。而剎那也作為人類與ELS的溝通橋樑，以量子躍遷的手段前往ELS的母星，進行最終的理解。至此，結局便以五十年後，地球人類在經歷了變革者之亂後，終於向著深空邁出第一步的同時，以完成ELS同化的剎那回歸而結束了。
然而，如今何莫名會按照原著那般的劇情路線走嗎？
答案是否定的。要不然，何莫名也不會把自己手底下的大殺器部隊也帶了進來。蒼藍海霧艦隊，有著與人類無異外貌的電子智能生命，其隨著時間的推移以及知識的積累會逐漸向著更高層次的進化。現在，跟隨了何莫名出入了多個任務世界，最終定居在超時空要塞世界，征戰在超維要塞防區的海霧艦隊到底進化到了什麼的程度？何莫名已經從金剛那裡得知了大部分相關信息，但還需要在實戰中才能看到真正的效果。
眼下，九條麗莎已經按照原計劃那般開始著手回歸天人的工作。那麼，接下來，何莫名還需要安排下一個計劃的進行。
這時，自動門打開了。一身身姿挺拔的金髮男子抬步走了進來。
「軍團長大人，有事找我嗎？」
何莫名微微一笑，看著來人說道：「克魯澤，這是你第一次進入的世界。感覺如何？」
感覺到何莫名話中有話的克魯澤嘴角微微翹起，朗聲道：「很不錯。這個世界潛藏的真相讓我著迷。」
「哦？是嗎？那樣我就放心了。」何莫名點了點頭，隨後話風一變。「克魯澤，有興趣毀滅世界嗎？」
「哦？」此時克魯澤臉上並沒有戴著面具，何莫名可以十分清晰地看到克魯澤聽到他的話後所表現出來的那份詫異。只見克魯澤很快就恢復了心態，邪魅地一笑：「如果是軍團長大人的願望的話，我很樂意。」
「那麼，勞·魯·克魯澤，去破壞世界吧！武藏所率領的緋紅艦隊暫時交由你指揮，另外，將會有另外一支部隊為你提供相關情報。」
「是！尊敬的軍團長大人。」克魯澤立正，行了一個軍禮。