在劇烈的爆炸火光中，那支被何莫名冠以叛軍之名的瓦鳩拉艦隊停止了所有的行動，靜靜地待在原地一動不動。不久前才與同族戰鬥的瓦鳩拉也停下了動作，如同石雕般靜止在虛空中。
在這一剎那，瓦鳩拉的異變直接影響到了剛剛擊沉了GALAXY的人類方艦隊以及VF戰鬥機機群，所有人都在何莫名的命令下，收攏兵力，靜待其變。
一縷光點緩緩地從那支瓦鳩拉叛軍艦隊中首艦升起，在虛空中盤旋數圈後，便衝進了FOLD航行展開的光環中消失不見了。
不用看便知道，那絕對是挑戰者。放虎歸山，後患無窮。但此時，何莫名根本行動不了。一層流轉著紫色光暈的能量場擋在了菲尼克斯高達前方。
「FOLD斷層？！！」何莫名瞳孔微縮，不用問這肯定是瓦鳩拉女皇搞出來的。女皇的意思很是明顯，就是要何莫名不要出手。而何莫名還沒來得及開口，韋羅斯的聲音突然出現。一個意想不到的任務如同晴天霹靂一般在何莫名耳邊打個響徹蒼穹的響雷。
「挑戰者663。恭喜你完成了主線任務二。現在鑑於你的特殊身份，以及你在時空特異點中所做出的行為。接下來的主線任務三將直接改成終極任務。」
「挑戰者663。請注意！本次終極任務內容只有一項：擊敗並清剿希望女神教！解決你在超時空要塞世界中活躍所遺留的諸多問題。另外，在本次任務中，所以非新統合陣營的挑戰者將強制加入希望女神教陣營。本次任務完成後，將獲得一項神秘獎勵。」
「挑戰者663。你完成了主線任務二。因此從現在起，第25號船團以及菲尼克斯艦隊都將歸屬於你的麾下。請靈活使用你所屬勢力的各項優勢，完成終極任務吧！！」
短短數句話，卻包含了一個讓何莫名意想不到的信息。希望女神教，這個在五十年前被那群被絕望逼瘋的瘋子創立的宗教，竟然在這一刻成為了本次任務世界的終極BOSS。這個突如其來的變化，讓何莫名即是驚訝，又是哭笑不得。驚的是何莫名發現自己對希望女神教的預料不足，哭笑不得是自己的注意力被劇情帶來的慣性所誤導了，從而將絕大部分注意力放在了GALAXY上。哪怕是對希望女神教的搞事能量做出了預計，也做出了防備。可最終何莫名卻沒想到竟然這個瘋子教派竟然會上升到終極任務的層次。
本來在和羅伊隊長見面後，何莫名便將希望女神教放在GALAXY後面解決的。如今卻是真的是放在GALAXY後面解決的。不同的是自己處理一件小事，和被人強迫去面對一個終極BOSS之間的差別。
兩者對比之下，瓦鳩拉女皇放走了那名挑戰者的行為就變得無足輕重了。對於瓦鳩拉這個擁有強大戰力的種族，何莫名自然是要拉攏的。畢竟經過五十年的發展，希望女神教的實力估計已經和新統合相差不遠吧！從羅伊隊長他統領的船團所遭遇的劇變就可以看出，更何況現在新統合內部也有著庇護他們，和他們狼狽為奸的高層在。在向希望女神教發起進攻之前，何莫名所面臨的困難就是要在最短的時間內將手上的力量全數擊中起來，收攏起來，狠狠地握成一個鐵拳，方能有力地揮動著拳頭，將這個遺留半個世紀之久的爛尾問題給解決掉！
「先解決手上的事情吧！」何莫名看了看拖拽著光帶，飛向女皇的無數瓦鳩拉默默地說道。
戰鬥中結束了。
瓦鳩拉女皇那龐大的身軀緩緩地降下，重新回到了底下那顆星球的巨坑中。根據在瓦鳩拉女皇回到坑洞後，進入休眠前的發出的一條命令。那隻和何莫名等人，第25號船團發生接觸的母蟲將全權負責和人類的交流事宜。
另外，這顆瓦鳩拉的母星也分出大部分領土提供給第25號船團休養，進行對主島的修復工作。當然在這一切做完，休養完畢後，瓦鳩拉還是很歡迎人類在它們的母星上定居的。畢竟瓦鳩拉對人類的生活方式很感興趣。特別是歌聲。
龐大的主島在眾多瓦鳩拉的護衛下，緩緩地穿越大氣層後，在反重力引擎的協調下，舉重若輕地落在了早已計算好的降落區域——一處靠近陸地的海域上。
在巨浪帶起的水花飛濺間，數架VF-25排著整齊的隊伍從主島邊上一掠而過，來了一次低空通場。
在巨大的轟鳴聲中，在旁邊盤旋的數隻成長期的瓦鳩拉被這隊VF-25戰機的舉動吸引了注意力，從而湊了上去，以不比VF-25戰機慢的速度一路尾隨著。
早乙女阿爾特看著高高在上的白雲，遠方那遙遠的地平線，心中一熱，感嘆道：「這就是天空！！真正的天空！！」
「嘿！准尉！去吧！現在戰鬥結束了！好好享受一下這片天空吧！」格拉漢姆看了看在編隊周邊飛舞的瓦鳩拉，笑了笑朗聲道。「御劍冥夜，愛麗絲蒂娜，你們也是。去吧！」
「是！感謝！」
三人齊齊地道了一聲謝後，便直接脫離編隊，朝著四周四散而去。
一道金光飛快地在蒼穹劃出一道耀眼的光線，在高空盤旋數周后，便飛向了以人人形姿態落在了主島旁邊的MACROSS菲尼克斯號的甲板上。
隨著菲尼克斯高達緩緩降落，半跪而下，早早等待在一旁的林明美便快步上前，九條麗莎也抬起腳步走了過去。
離開駕駛艙的何莫名和兩女稍稍說了些體己話後，便馬上進去了工作狀態。
「凱薩琳艦長，幫我聯繫霍華德總統。另外，向羅伊-福克中將所在的船團發出邀請信息。」何莫名回過頭看向走過來的凱薩琳說道。
「是！」凱薩琳愣了一下，下意識地回答一聲後，疑惑地了看了看四周。她的視線在那些來回飛舞在主島和MACORSS邊上的瓦鳩拉身上游移不定。「將軍閣下，瓦鳩拉？」
何莫名搖了搖頭，否定道：「不是瓦鳩拉。從今天開始瓦鳩拉是我們人類的朋友。接下來我們面對的不是瓦鳩拉。凱薩琳艦長，現在你的權限可以再往上再提一個等級。關於裡面的詳細情報，你可以找迅了解。」頓了頓，何莫名再說道：「接下來，我們所面對或許不只是外部的敵人，更有可能的是內部人！」
一聽到何莫名的所說的話，凱薩琳面上的神色立馬變幻數次。她這才意識到事情的嚴重性。「將軍閣下，我了解！現在就去辦！」
九條麗莎看著凱薩琳走遠的背影，細細想了一遍後，看向何莫名說道：「是下一個任務嗎？」
「嗯。」何莫名點了點頭，伸手撫摸著林明美的秀髮，卻沒想到被突然從秀髮中冒出一個綠色小腦袋撞了正著。自嘲地收回手後，擺出嚴肅的面孔說道：「是希望女神教那群瘋子。萬萬沒想到這個宗教會成為最終BOSS。」
「希望女神教？他們有這個能耐？」經歷了多個世界，林明美也知道了任務的規律。越是靠後的任務，就是困難。她也如同何莫名那般，對希望女神教的警惕心處於一個低估的狀態。
「嗯！恐怕是這樣。接下來，和瓦鳩拉達成友誼的我們恐怕會遭受到新統合內部某些人的紅眼了！」何莫名皺了皺眉頭，轉而看向九條麗莎問道：「麗莎，你那邊有馬克的通訊渠道嗎？」
「嗯，在臨走之前，馬克將軍留下了一個絕密頻道給我。」九條麗莎點了點頭。
何莫名便說道：「那麼，馬克那邊就交給你了。恐怕接下來，羅伊隊長那邊會出現一些無傷大雅，卻又令人頭疼的意外，不讓他過來這邊吧！」
「那我呢？」林明美捧著蹦噠在她手上的小綠問道。
何莫名伸出摸了摸小綠的腦袋，笑道：「自然是和瓦鳩拉打好交道咯！我的銀河歌姬小姐！」
隨著何莫名的一道道命令發出，整個菲尼克斯艦隊飛快地進入外松內緊的狀態。從表面上，所有人都按照戰後條例那般，該休假的休假，值班的值班，但實際上，警戒程度卻是上升了一個檔次。尤其是對地球方向的FOLD探測更是全天候打開，一絲一毫的縫隙都不容錯過。
在這情況下，何莫名收到了來自霍華德總統的邀請。在船團成功降落後，霍華德總統的領導班子第一時間便開始安排人員進行對瓦鳩拉母星的探索開發。
對新天地充滿熱情的開發人員，外加上提供援助的瓦鳩拉的雙重配合下，探索進度，和主島的修復，維持也順利地進入軌道。
而霍華德總統也終於抽出空暇和何莫名這位將軍見面。這一次見面，將改變船團的未來走向。