如夢如幻的GN粒子海洋伴隨著歌聲的結束而漸漸消散在布滿夕陽餘暉的天空中。
在那消逝的粒子海洋中，一道巨大的黑影掀起滔天巨浪，從湖面之下直衝而上。原本聳立在湖面之上的MACROSS被隱藏在其身下的那道巨大身影衝散了。默默聳立在這片大地之上十年之久的這艘第一世代MACROSS，終於走到了屬於它的時間盡頭。
在散落的MACROSS殘骸中，那道巨大的黑影漸漸露出陣容。巨大的T字型軀體，墨綠色的硬殼依次有序地分布在那龐大的軀體各處，如同魚鱗甲那般為那龐大的身軀提供了強大的防禦。在T字型軀體的肩膀，腋下相對分布著四顆巨大閃爍著紅光的不明物體，在這兩者之間卻有著一對如人類眼眶相似的生物組織。在水花濺落間，位於T字型巨大身體正中央的那顆黃色圓球，閃爍了幾次光芒後，便緩緩地打開了，露出隱藏在後面的幽深通道。
「瓦鳩拉的母艦？好巨型！！那個？」早乙女阿爾特驚訝地看著從湖底騰空而起的那道巨大身影。
「早乙女阿爾特准尉。走吧！主人家發出邀請了。」這時何莫名打開了通訊說道。
菲尼克斯高達原來的飛行背包在雙爐爆發過後，終於再次發揮出原有的作用。配合著雙爐暫時僅有的減重效果，飛行背包推動著菲尼克斯高達朝著那道為了迎接何莫名等人而打開的大門飛了過去。
在剛剛交流中，以何莫名的變革者血統為橋樑，林明美的歌聲為主，雙方達成了基本的認可。基於這種情況，母蟲提出了邀請。邀請何莫名等人進入這艘超巨型母艦裡面進行更為深入的交流。何莫名稍加考慮了一下後，便答應了瓦鳩拉母蟲的邀請。
畢竟菲尼克斯高達的三紅狀態是有限的。在那短暫的時間內，是無法交流太多的信息。因此何莫名做出了這個大膽的決定。
菲尼克斯高達和VF - 25先後落在了通道口。稍加停頓後，菲尼克斯高達一馬當先地朝著深處走了進去，跟在後面的vf - 25也不甘落後，緊跟其後。
兩架機體在昏暗中行走一段時間後，終於來到了那處廣大的空間——母蟲的所在。
「啊！好大的蟲子！」林明美捂著嘴巴驚呼道。
出現在眼前的是一隻巨大，頭帶著一個銀色王冠的蟲子，儼然看去就是瓦鳩拉王后的縮小版。
放眼看去，在這隻蟲子的周圍擺放著散發點點螢光，如同花蕾般的球體。根據何莫名對原著劇情的回憶，這些應該就是瓦鳩拉的卵了。
「那是？」林明美眨了眨眼，她的注意力被那些散發螢光的卵吸引了過去。在這裡，林明美的秀髮一陣蠕動，一個綠色的腦袋從裡面鑽了出來。只見那綠色腦袋往四處瞧了瞧之後，便從林明美肩膀上蹦了下來，不停地在全周天監視屏幕上來回打轉。
看著被林明美取名為小綠的幼崽隔著屏幕圍著那些蟲卵打轉的模樣，何莫名不由得笑了笑。「明美，看好小綠了。那些散發著螢光的蟲卵可是它的兄弟姐妹。」
「原來這樣啊！小綠，回來。」林明美恍然大悟地點了點頭，朝著還在打轉的小綠招手道。小傢伙一聽到林明美叫它，立馬支起身體，來回幾下蹦噠就回到了林明美的肩膀上。
隨著菲尼克斯高達和VF - 25的靠近，兩座平台緩緩地從那仿佛是生物組織般的地面升起。迎著兩架機體的到來，兩座平台按照兩架機體的駕駛艙高度而人性化地自動調節高度，以方便何莫名等人穩當地站在平台上。
何莫名等人站穩後，從母蟲那龐大的身體上突然伸出兩條觸手，觸手末端有著一顆顆如同昆蟲般的複目系統，在邊緣那還帶著緩緩蠕動的小觸手。
「別動！沒事的。只是交流的用具而已。」何莫名注意到了站在另外一個平台上的早乙女阿爾特的戒備動作，連忙開口喝止道。
「可是……」早乙女阿爾特還沒說完，周邊的環境一變。從滿是蟲卵的巨大空間中突然變成了廣闊無邊的宇宙。
在早乙女阿爾特驚訝環境竟然變化之快的時候，突然從後方飛過了一架戰機。早乙女阿爾特眼尖地發現那架戰機便是自己的隊長，奧茲瑪 - 李的機體。
「隊長？！這裡是Frontier？！」早乙女阿爾特連忙轉身看了過去，發現Frontier就在遠方，而且還被戰火籠罩著。
「那是瓦鳩拉！！Frontier被瓦鳩拉攻擊了！！」早乙女阿爾特愣了一下，猛地轉身掏出手槍，正欲朝著母蟲射擊。
「准尉！住手！！」何莫名暴喝一聲，雙眼金光暴漲。早乙女阿爾特的動作被何莫名喝止了，連帶著他的腦袋突然間疼痛了起來。
「為什麼？」早乙女阿爾特痛苦地按著自己的腦袋，看著雙眼金光流轉的何莫名問道。「那雙眼睛？！你還是人類嗎？外星人？！」
「住手！准尉！你照顧好雪莉露便行了。」何莫名語氣淡漠地說道。隨即繼續把目光投向母蟲。
就在剛才，母蟲通過那根觸手向何莫名傳達了一個消息。一個由九條麗莎推測，何莫名幾乎確定了的消息。瓦鳩拉內部真的出現了挑戰者。當然，瓦鳩拉不知道什麼是挑戰者。他們只知道那名神秘人有著和瓦鳩拉極其相似的血脈，因此熱愛繁衍後代的瓦鳩拉便把那名神秘人歸納進了自己的種族。
由於那名神秘人不同於瓦鳩拉本身的關係網絡，具備了獨立思維的他能夠指揮一部分瓦鳩拉的兵力去完成他覺得必要去做的事情。剛開始的時候，那名神秘人確實給瓦鳩拉帶來了一定繁榮。畢竟瓦鳩拉整個種族的活動幾乎由瓦鳩拉女皇來決定。種群數量的龐大，也導致了女皇時不時會出現精力消耗過多而進入沉睡。在這個時候，那名突然出現並擁有獨立思維的「族人」便替代了女皇的作用。久而久之，有相當一部分瓦鳩拉在女皇不反對的情況，便聽命於那名神秘人。而現在正在進攻Frontier的瓦鳩拉艦隊正是那名神秘人率領的艦隊。
「看樣子，不止只有我掌控一個種群的大部分力量，其他人也能夠做到這樣的地步。」何莫名的目光在那隊正在進攻Frontier的瓦鳩拉艦隊上來回掃蕩，心裡暗暗想道。
「隊長！！」突然間，早乙女阿爾特發出了一聲驚呼。何莫名抬頭看去，竟然看到了奧茲瑪的VF - 25竟然和一隻紅色瓦鳩拉同時被爆炸的火花所吞噬了。
「母蟲。現在正在進行Frontier的是你們那個「族人」的私自行為，還是你們整個族群的決定？」何莫名看著那團火花，兩眼隱隱露出一絲殺氣，厲聲問道。
聽到何莫名這樣一問，剛剛還在與何莫名等人交流的母蟲突然間陷入了沉默。在寂靜中渡過一段時間，在早乙女阿爾特為被戰火籠罩的Frontier而感到心急如焚的時候，母蟲再次發出了動靜。
周邊畫面再次變換，一名有著青色長髮的人類女子突然出現在何莫名等人面前。
「想傳達，想傳達到，我們所想的事情，想傳達你們那裡去。」
女子這樣說道。
「開什麼玩笑！傳達？有這樣傳達的嗎？現在Frontier正在被戰火吞噬著，很多人的生命就這樣無緣無故地消失了。你們這些蟲子就是這樣傳達的嗎？」早乙女阿爾特一聽到那名女子的話語，便憤怒地反駁道。
出現在何莫名等人的面前青色長髮女子微笑著不再言語。在早乙女阿爾特憤怒反駁的同時，何莫名不由得地陷入了思考。在原著中，瓦鳩拉在理解到人類是具備感情的生物之後，便主動停止了和人類的戰爭，決定與人類共存。而在劇場版中，瓦鳩拉在結局中更是離開了當前宇宙，把母星讓給人類。按照這個規律推斷的話，眼前的母蟲，甚至於其背後的瓦鳩拉女皇的意思就很清楚了。
「母蟲。我明白你們的意思了。代我向女皇問聲好。等事情結束後，我會親自去見女皇一面的。」何莫名想通一切後，便微笑地向母蟲說道。
仿佛是回應何莫名的話似的，母蟲帶著那巨大的頭冠緩緩地點了點頭。
在離開之前，林明美捧著小綠問道：「小綠，你回去吧！」
小綠看著林明美歪了歪頭後，便連連蹦噠著順著林明美的肩膀，一路跳上了林明美的頭頂，蜷縮著尾巴躺了下來。看樣子是賴定林明美了。
「准尉，帶上雪莉露，我們要回去了！去救援Frontier！」何莫名看了一眼依然待在林明美頭上的小綠後，朝著早乙女阿爾特喊道。
「是！將軍閣下！」