被火焰吞噬的世界終於燒成灰燼。
回到現實的武藏和大和被眼前的驚變所震撼。
在進入量子網絡世界的時候，金剛也只是剛剛將所有的計算力全數釋放。但經過量子網絡的異變後，大和和武藏才發現那僅僅只是開始。
出現在她們眼前的是一條條沿著規則路線蔓延了整片天空的光線，每道光線的節點上都有著一個超重力炮的圓形發射組件作為樞紐。在線與線之間的形成的棱形空間中有一門門的浮游炮台。而這蔓延了整片天空，如同蜘蛛網一般的光線的中心正是金剛號。
此時，金剛號上已經沒有了金剛的身影。但金剛的聲音依然從金剛號上傳出。
「大和，武藏。這就是我所設想的超越超旗艦的進化形態。今天我非常幸運地得到了那麼一剎那的機會和力量，將這個還處於設想中的形態在這個世界上展現出來。」
「這就是吾，我們，霧之艦隊應當追求的終極目標——進化！！」
一道道閃光不停地沿著那如同蜘蛛網一般的光網飛掠而過。那光網在經過那一道道閃光掠過之後，迅速從虛到實地凝固成晶瑩剔透的結晶體。折射出一陣陣紫色幽光的結晶體散發著一股股內斂的能量波動。飛掠而過的閃光每划過一顆顆超重力炮圓形發射組件時，都能瞬間點亮一個黑色能量閃電球。一個，兩個，三個，四個，無數個能量閃電球在短短數個呼吸間，便以金剛號為中心迅速地布滿了整片天空。
大和的眼瞳里倒映著那遍布天空的黑色閃電球，喃喃地說道：「這是？！」
但這一次金剛沒有回答她，回答她是布滿了整片天空的黑色能量閃電球。
那無數的黑色閃電球同時爆發出自己最強悍的攻擊。無數道黑色光柱在半空中匯聚，凝結成一道遮天蔽日的黑色光柱。那道黑色光柱如同實質一般，狠狠地朝著大和和武藏轟擊而過去。
大和的空間裝備瞬間被黑色光柱所散發的強大能量波動強制自行啟動。一個個幽深的黑洞，快速地移動到在大和前方，死死地抵住那道轟擊過來的黑色光柱。黑色光柱爆發出一陣高過一陣的能量波動，空間裝備在大和的全副計算力投入之下，也在不斷地吞噬著黑色光柱轟擊過來的能量。
但是金剛在孤注一擲之下，使出的最強攻擊並不是單靠大和一人，一艦能夠抵禦得了。
「咔嚓。」
一聲脆響，一道裂紋。
被大和投注全部計算力增幅的幽深黑暗終於出現了即將被黑色光柱能量撐爆的跡象了。如果在這樣下去，這場拉鋸戰將以空間裝備崩潰，大和的失敗而告終。
大和心有不甘，在她這些年裡，暗中安排這一切，主導著她所設想的那個計劃。在即將成功的時候，她萬萬沒想到，作為棋子之一的金剛竟突然擁有超乎她想像的力量。這一切在她試圖勸說金剛失敗之後，便已經脫離了她的掌控。
一道金色光芒突然以極快地速度串聯上了大和的計算網絡。
「這是？！」大和心裡突然泛起了一種久違的情感。
「姐姐，現在就讓我們聯手對抗金剛吧。」隨著千早翔像的納米人偶的崩散，武藏睜開眼睛看著大和，微微一笑說道。
大和愣了愣，隨即微笑著點了點頭。
在原著中相互廝殺至一方死亡方止的兩姐妹，超旗艦大和以及超旗艦武藏，終於在金剛這超出她們想像的力量壓迫下，放下了過去，聯手對抗金剛這個最大的敵人。
得到了兩艘超旗艦計算力的支援，得到了難以想像的增幅之後，原本出現一絲絲裂紋的幽深黑洞開始出現樂修復的跡象，而且速度越來越快，甚至在修復好之後，還往外擴張了一圈。
原本來勢洶洶的黑色光柱在此刻竟然出現了一絲被馴服的跡象。
「哦~真是感人呢！沒想到你們居然聯手了。」
金剛的聲音響徹天地，在金剛的聲音起伏間還隱隱約約地伴有一絲歌聲。
專心投入計算力對抗黑色光柱的大和，武藏在聽到了那一絲歌聲的時候，難免會出現了一絲動搖。
而這一絲動搖，在兩艘超旗艦的計算力聯合之下並沒有持續多久。但在這一絲動搖出現的一剎那，蓄謀已久的金剛便發起了她最為強大的一擊，發出那夢幻般的一擊。
黑色光柱突然消失得無影無蹤，正在以全副心思維持空間裝備抵禦黑色光柱的大和姐妹倆在這一瞬間變得無所適從。
但是在下一秒，一道看不見的，比起黑色光柱更為強大的攻擊瞬間擊中了抵禦黑色光柱已久的幽深黑洞。來不及錯愕的大和率先把自己的計算力全數傾注在空間裝備之上。可在武藏也隨即反應過來的同時，一聲脆響的響起，數片飛散在空中的碎片隨著被摧毀的幽深黑洞而飛快地消散在半空中。
「這是？」
武藏還沒開口說完一句話，便被一陣強光所淹沒了。在不遠處的大和也是如此，在被狂風撕裂的白色長裙中，伊歐娜的精緻面容瞬間消失在白茫茫的強光中。
一顆比太陽還要耀眼的光球瞬間出現在北極圈中，北半球的高緯度地區紛紛都能夠以肉眼觀測到這一天地巨變。在強光過後，一波極為劇烈的衝擊波瞬間從北極朝著赤道擴散而去。這劇烈無比的衝擊波所過之處，白雲，烏雲，雷暴雲通通被震散，通通被撕裂，通通被衝散得一乾二淨。夾帶著無上威勢的衝擊波在掙扎在陸地內部的人類那驚駭的眼神中，划過了西伯利亞，划過樂青藏高原，划過了地中海，一直蔓延到了赤道。一時間，從被北極圈到赤道為止的北半球的天空，出現了持續了一段時間的萬里無雲。
北極圈的天空上，尚未修復的大氣層空洞再一次遭遇比之前更為殘暴的摧殘。深邃漆黑的太空所籠罩的範圍在這驚天動地的爆炸中，再一次得到了擴展。從北極圈內迅速地擴展到北極圈外，幾乎蔓延到了人類的生存圈。
但是地球的生命力是頑強的，在失去了金剛的計算力維持後，那遮天蔽日的光網隨著斑斑點點的紫色光芒消散在海面上。
在這點點星芒形成的光雨中，一條光河出現了。在光河的匯聚下，金剛的身影再次出現在這個世界上。
似乎是嘆氣，似乎是因為剛才的超負荷發揮，金剛長長地嘆出了一口氣。在艦橋中，雪拉攙扶著力脫昏迷的林明美從舞台上走了下來。在把林明美安置在醫療艙後，雪拉急匆匆地調出了系統，啟動了所有的檢測程序。
在一陣手忙腳亂後，雪拉方才鬆了一口氣。檢查結果顯示，林明美因為傾盡全力為金剛增幅力量，導致精神極度消耗而出現了深層昏迷狀態。在經過一系列的緊急檢查後，雪拉即是鬆了口氣，又是緊張。因為林明美暫時是沒事了。但要甦醒過來，恐怕要回到超維要塞，進行治療才行。
「是嗎？明美沒事就好。照顧好她吧！雪拉。」金剛舉起半透明的雙手，囑咐著雪拉。再次長長地嘆了口氣之後，金剛把視線從雙手轉移到了腰身以下。和半透明的雙手不同，腰身以下幾乎看不清模樣了。勉力維持之下，也只是勾勒出了一個大致的輪廓。
「這就是窺取那一層力量的代價嗎？計算力低下，低於全盛期的五成。真是麻煩！」金剛低聲說道。
金剛的目光看向前方不遠處的海面，在那裡曾經有兩艘超旗艦一起對抗金剛，但結果卻是被金剛所窺取到的那層力量所摧毀。在那一刻開始，金剛便知道自己的道路是正確的。跟隨著何莫名這位艦長的腳步，走進一個個新世界，獲取新知識，然後以此為基石踏上永無止境的進化之路。
「我是正確的。大和，武藏。從今天起，我，金剛，便是霧之艦隊的總旗艦。」
滿天的光雨被一陣莫名的旋風劃到高空中，快速地凝成一個光球。一道道七彩光圈隨著光球的轉動而不斷地往外擴散。從北極圈到西伯利亞，到阿爾比斯山，到喜馬拉雅，到恆河流域，到阿拉伯半島，到非洲，到南極。金剛的聲音隨著七彩光圈的擴散在蒼穹中響起。
「今天，阻攔在吾霧之艦隊的前進之路上的大和，武藏已經被我，金剛所擊沉。在此，吾宣布，吾金剛以超旗艦之身登上霧之艦隊總旗艦之位。吾宣布全體霧之艦隊必須遵從吾，吾之艦長之令。全體霧之艦隊聽令！全面停止與當前世界的人類的戰爭，以最快速度前往北極圈集合。這是吾，總旗艦金剛的第一道命令！違令者死！」